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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yp6 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Methanobacterium thermoautotrophicum NMNAT in complex with NADP | ||||||
![]() | Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | ![]() nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Pfoh, R. / Christendat, D. / Pai, E.F. / Saridakis, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Nicotinamide mononucleotide adenylyltransferase displays alternate binding modes for nicotinamide nucleotides. 著者: Pfoh, R. / Pai, E.F. / Saridakis, V. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 129.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 99.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 38.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 171 / Label seq-ID: 3 - 171
NCSアンサンブル:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20536.715 Da / 分子数: 3 / 変異: R11K / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H 遺伝子: MTH_150 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: O26253, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.84 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: ammonium sulfate, glycerol, TRIS |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年2月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→28.89 Å / Num. obs: 78167 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 1.52 % / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 11.83 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.99 Å / 冗長度: 1.48 % / Rmerge(I) obs: 0.471 / Mean I/σ(I) obs: 3.68 / % possible all: 97.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EJ2 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / WRfactor Rfree: 0.2041 / WRfactor Rwork: 0.1867 / FOM work R set: 0.867 / SU B: 2.327 / SU ML: 0.067 / SU R Cruickshank DPI: 0.0992 / SU Rfree: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 118.44 Å2 / Biso mean: 27.323 Å2 / Biso min: 13.68 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.899→1.948 Å / Total num. of bins used: 20
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