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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yp5 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Methanobacterium thermoautotrophicum NMNAT in complex with NADP | ||||||
要素 | Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å | ||||||
データ登録者 | Pfoh, R. / Christendat, D. / Pai, E.F. / Saridakis, V. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr. D Biol. Crystallogr. / 年: 2015 タイトル: Nicotinamide mononucleotide adenylyltransferase displays alternate binding modes for nicotinamide nucleotides. 著者: Pfoh, R. / Pai, E.F. / Saridakis, V. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yp5.cif.gz | 120.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yp5.ent.gz | 92.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yp5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yp5_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4yp5_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | 4yp5_validation.xml.gz | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yp5_validation.cif.gz | 29.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/4yp5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yp/4yp5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 171 / Label seq-ID: 3 - 171
NCSアンサンブル:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20564.729 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (strain ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H) (古細菌) 株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H 遺伝子: MTH_150 / プラスミド: pET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold (DE3) 参照: UniProt: O26253, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.75 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: ammonium sulfate, glycerol, TRIS, NADP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年11月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.21→20 Å / Num. obs: 45535 / % possible obs: 89.3 % / 冗長度: 1.27 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.68 |
反射 シェル | 解像度: 2.21→2.31 Å / 冗長度: 1.15 % / Rmerge(I) obs: 0.255 / Mean I/σ(I) obs: 4.84 / % possible all: 87 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1EJ2 解像度: 2.21→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.2064 / WRfactor Rwork: 0.1923 / FOM work R set: 0.8659 / SU B: 3.895 / SU ML: 0.097 / SU R Cruickshank DPI: 0.1729 / SU Rfree: 0.1446 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.173 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 103.02 Å2 / Biso mean: 37.612 Å2 / Biso min: 20.14 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.21→20 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.205→2.262 Å / Total num. of bins used: 20
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