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- PDB-4ykl: Hnt3 in complex with DNA and guanosine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ykl
タイトルHnt3 in complex with DNA and guanosine
要素
  • Aprataxin-like protein
  • DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
キーワードHydrolase/DNA / GMP / nucleotidyl transferase / HYDROLASE / Hydrolase-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


guanosine binding / adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / GMP binding / single-strand break-containing DNA binding / single strand break repair / mismatched DNA binding / mismatch repair ...guanosine binding / adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / GMP binding / single-strand break-containing DNA binding / single strand break repair / mismatched DNA binding / mismatch repair / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Aprataxin, C2HE/C2H2/C2HC zinc finger / C2HE / C2H2 / C2HC zinc-binding finger / HIT domain / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE / DNA / Aprataxin-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Jacewicz, A. / Chauleau, M. / Shuman, S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM46330 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2015
タイトル: DNA3'pp5'G de-capping activity of aprataxin: effect of cap nucleoside analogs and structural basis for guanosine recognition.
著者: Chauleau, M. / Jacewicz, A. / Shuman, S.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月10日Group: Database references
改定 1.22015年7月22日Group: Database references
改定 1.32016年7月27日Group: Data collection
改定 1.42017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aprataxin-like protein
A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,05210
ポリマ－26,2642
非ポリマー7888
水95553
1
B: Aprataxin-like protein
A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子

B: Aprataxin-like protein
A: DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,10320
ポリマ－52,5274
非ポリマー1,57616
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556-x,-x+y,-z+11
Buried area6740 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area21610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.083, 119.083, 36.564
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321

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要素

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タンパク質 / DNA鎖 , 2種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Aprataxin-like protein / Hit family protein 3


分子量: 23226.652 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-232 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: hnt3, SPCC18.09c / プラスミド: pet28b-His10-Smt3 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O74859, 加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*AP*TP*CP*AP*TP*AP*AP*C)-3')


分子量: 3037.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: chemical synthesis / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 5種, 61分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-GMP / GUANOSINE / グアノシン


分子量: 283.241 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H13N5O5
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.2 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% (w/v) PEG-3350, 0.15 M Mg-Acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.77 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.77 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→59.54 Å / Num. obs: 14369 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.2 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rsym value: 0.073 / Net I/σ(I): 20.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 0.722 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XBA

4xba


解像度: 2.25→59.54 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2402 866 6.03 %Random selection
Rwork0.18 ---
obs0.1836 14364 99.94 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 44.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→59.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1593 202 47 53 1895
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1882620
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.471717
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044289
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006291
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2501-2.39110.27761570.21272203X-RAY DIFFRACTION100
2.3911-2.57570.26241340.21312239X-RAY DIFFRACTION100
2.5757-2.83490.25951360.20652253X-RAY DIFFRACTION100
2.8349-3.24510.26231390.19342224X-RAY DIFFRACTION100
3.2451-4.08840.24531250.16712282X-RAY DIFFRACTION100
4.0884-59.56230.21751750.16532297X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.19320.0896-0.04770.0455-0.03850.0452-0.1485-0.39480.10290.4580.40750.5016-0.5458-0.28280.00030.50980.00220.05310.5001-0.03540.4986-24.585283.678232.5301
20.7508-0.3538-0.25130.8964-0.30890.86820.0977-0.25680.14370.1328-0.0320.0291-0.1444-0.1007-0.00010.3056-0.0447-0.00390.4451-0.00770.2721-19.425673.516228.5211
31.5102-0.03540.25982.25030.03580.10690.0264-0.14321.0452-0.254-0.0427-0.2198-0.70390.31280.16310.4091-0.1788-0.02650.3274-0.07160.4206-13.500690.085423.8774
40.4332-0.35560.11570.85250.41851.1491-0.02230.0325-0.0378-0.0770.0676-0.21250.27030.27660.01350.27220.02670.01750.46280.03160.3569-11.036471.888120.5309
50.846-0.89110.25711.0797-0.23921.1341-0.11990.5095-0.3042-0.1676-0.1196-0.0640.6860.40760.00350.43740.0340.05330.3913-0.01860.44-16.800661.27512.5791
60.38790.41440.30411.0559-0.1170.3866-0.1175-0.1060.0118-0.16160.06650.0801-0.0302-0.0180.00420.2543-0.04240.00580.3257-0.02420.2939-23.61879.870515.0257
70.0047-0.0219-0.02630.04260.11520.3248-0.18470.02080.33580.1315-0.30410.2034-0.3077-0.89350.00240.53320.1064-0.10330.370.05930.6617-27.614990.41029.1605
82.21910.0250.21550.997-0.25490.49280.10080.5466-0.0557-0.5701-0.12170.17650.05650.0362-0.16010.4047-0.0244-0.03120.3801-0.02350.3012-31.664669.47934.9807
91.10280.1115-0.36020.151-0.480.57480.28-0.56880.557-0.28750.25820.4736-0.62860.12150.15650.44910.0109-0.03960.26720.09780.7233-48.033581.54618.5756
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 33 through 43 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 44 through 76 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 77 through 93 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 94 through 119 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 120 through 132 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 133 through 183 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 184 through 195 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 196 through 230 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 1 through 10 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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