+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xba | ||||||
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Title | Hnt3 | ||||||
Components | Aprataxin-like protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / GMP / nucleotidyl transferase | ||||||
Function / homology | Function and homology information guanosine binding / adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / GMP binding / single-strand break-containing DNA binding / single strand break repair / mismatched DNA binding / mismatch repair ...guanosine binding / adenosine-5'-diphospho-5'-[DNA] diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA-3'-diphospho-5'-guanosine diphosphatase / DNA 5'-adenosine monophosphate hydrolase activity / GMP binding / single-strand break-containing DNA binding / single strand break repair / mismatched DNA binding / mismatch repair / double-stranded RNA binding / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Schizosaccharomyces pombe (fission yeast) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.5 Å | ||||||
Authors | Jacewicz, A. / Chauleau, M. / Shuman, S. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: Nucleic Acids Res. / Year: 2015 Title: DNA3'pp5'G de-capping activity of aprataxin: effect of cap nucleoside analogs and structural basis for guanosine recognition. Authors: Chauleau, M. / Jacewicz, A. / Shuman, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xba.cif.gz | 188.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xba.ent.gz | 147.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xba.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xba ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xba | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 4yklC 3szqS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 23226.652 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 33-232 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (yeast) Strain: 972 / ATCC 24843 / Gene: hnt3, SPCC18.09c / Plasmid: pet28b-His10-Smt3 / Production host: ESCHERICHIA COLI (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: O74859, Hydrolases |
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-Non-polymers , 5 types, 362 molecules
#2: Chemical | ChemComp-GMP / | ||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / | #5: Chemical | ChemComp-5GP / | #6: Water | ChemComp-HOH / | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.07 Å3/Da / Density % sol: 41 % |
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Crystal grow | Temperature: 295 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 8 Details: 16%(w/v) PEG3350, 0.15 M Li2SO4, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0 PH range: 8 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 24-ID-C / Wavelength: 0.9795 Å |
Detector | Type: PSI PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 20, 2014 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9795 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.5→72.51 Å / Num. obs: 59945 / % possible obs: 99 % / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 13.4 |
Reflection shell | Resolution: 1.5→1.58 Å / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.831 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 3SZQ Resolution: 1.5→50.261 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 19.81 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.5→50.261 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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