PDB-4yhn: Dabigatran Reversal Agent

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yhn

タイトル

Dabigatran Reversal Agent

要素

aDabi-Fab3 heavy chain
aDabi-Fab3 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / antibodies

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.31 Å

データ登録者

Schiele, F. / Nar, H.

引用

ジャーナル: Mabs / 年: 2015
タイトル: Structure-guided residence time optimization of a dabigatran reversal agent.
著者: Schiele, F. / van Ryn, J. / Litzenburger, T. / Ritter, M. / Seeliger, D. / Nar, H.

履歴

登録	2015年2月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年2月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yhn.cif.gz	348.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yhn.ent.gz	285 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yhn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4yhn_validation.pdf.gz	445.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yhn_full_validation.pdf.gz	453.9 KB	表示
XML形式データ	4yhn_validation.xml.gz	34.2 KB	表示
CIF形式データ	4yhn_validation.cif.gz	49 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yh/4yhn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ygvC 4yhiC 4yhkC 4yhlC 4yhmC 4yhoC 1c1eS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2pcp-2 2uyl-4 1aj7-d 3inu-2 5b6f-3 5i1a-1 6d9g-1 1iqw-d 5mu0-5 4gaj-d 4yhi-2 2gcy-d 5b6f-2 1yy8-1 6w4w-d 5vsh-4 2ajy-d 1bfo-4 5vsh-2 5nyx-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (2) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (2)

登録構造単位

A: aDabi-Fab3 heavy chain

B: aDabi-Fab3 light chain

F: aDabi-Fab3 heavy chain

L: aDabi-Fab3 light chain

95.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: aDabi-Fab3 heavy chain

B: aDabi-Fab3 light chain

ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: aDabi-Fab3 heavy chain

L: aDabi-Fab3 light chain

ソフトウェアが定義した集合体
47.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.621, 56.142, 78.526
Angle α, β, γ (deg.)	88.87, 84.87, 65.67
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: 抗体	aDabi-Fab3 heavy chain 分子量: 23767.514 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ)
#2: 抗体	aDabi-Fab3 light chain 分子量: 24116.936 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Cricetinae (ネズミ)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 325 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.06 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM PCB buffer (pH 6) and 25% PEG 1500

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.91 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.31→29.98 Å / Num. obs: 33587 / % possible obs: 89.4 % / 冗長度: 1.7 % / B_iso Wilson estimate: 39.75 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 10
反射シェル	解像度: 2.31→2.81 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.38 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 89.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.6	精密化
XDS		データスケーリング
XDS		データ削減
BUSTER-TNT		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1C1E

1c1e

解像度: 2.31→21.22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.9057 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.8782 / SU R Cruickshank DPI: 0.497 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.467 / SU R_free Blow DPI: 0.236 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.242

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2202	1677	5 %	RANDOM
R_work	0.1822	-	-	-
obs	0.1841	33555	88.85 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.49 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	9.6799 Å²	4.4728 Å²	-6.042 Å²
2-	-	4.1812 Å²	-2.3831 Å²
3-	-	-	-13.8611 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.284 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.31→21.22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6705	0	0	325	7030

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	6878	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.11	9363	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		2275	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		140	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		1004	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		6878	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	3.24
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	16.6
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		909	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		7866	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.31→2.38 Å / Total num. of bins used: 17

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2389	110	4.72 %
R_work	0.2127	2220	-
all	0.214	2330	-
obs	-	-	88.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5606	0.0701	0.0057	1.137	-0.8499	1.6781	-0.0223	0.0659	0.0723	-0.093	-0.0063	-0.1344	-0.0077	0.1591	0.0286	-0.0703	0.0429	0.0443	-0.1309	-0.0014	0.0399	-3.3728	-36.6018	16.791
2	1.1995	0.3475	-0.4395	1.2337	-0.1933	1.1748	-0.0993	0.1233	0.0616	-0.1559	0.0646	0.0571	0.107	-0.1284	0.0346	-0.1137	0.0444	-0.0057	-0.1591	0.0021	-0.0669	-19.7923	-43.8883	18.2876
3	1.5667	0.2841	-0.6929	0.5022	-0.1454	1.9824	0.1037	-0.2407	-0.0148	0.1178	0.0189	0.0704	0.0082	-0.1948	-0.1226	-0.0848	0.0272	0.0104	-0.1066	0.0467	-0.012	7.8669	-22.9394	-37.8838
4	2.0048	0.8778	-0.5494	1.109	-0.5762	0.8593	0.1825	-0.4362	0.2407	0.1931	-0.2276	0.1273	-0.2375	0.2361	0.0451	-0.0911	0.019	0.0391	-0.1869	-0.0697	-0.0714	21.6135	-11.9054	-39.2438

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|* }
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ B\|* }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ F\|* }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ L\|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)