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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yhh | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the 30S ribosomal subunit from Thermus thermophilus in complex with tigecycline | ||||||
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![]() | RIBOSOME / protein synthesis / antibiotic | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation ...ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / tRNA binding / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schedlbauer, A. / Kaminishi, T. / Ochoa-Lizarralde, B. / Dhimole, N. / Zhou, S. / Lopez-Alonso, J.P. / Connell, S.R. / Fucini, P. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural characterization of an alternative mode of tigecycline binding to the bacterial ribosome. 著者: Schedlbauer, A. / Kaminishi, T. / Ochoa-Lizarralde, B. / Dhimole, N. / Zhou, S. / Lopez-Alonso, J.P. / Connell, S.R. / Fucini, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2zm6S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-RNA鎖 , 1種, 1分子 A
#1: RNA鎖 | 分子量: 489348.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTV
#2: タンパク質 | 分子量: 26159.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#3: タンパク質 | 分子量: 22862.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#4: タンパク質 | 分子量: 24242.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#5: タンパク質 | 分子量: 17067.834 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#6: タンパク質 | 分子量: 11988.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#7: タンパク質 | 分子量: 17919.775 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#8: タンパク質 | 分子量: 15868.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#9: タンパク質 | 分子量: 14279.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#10: タンパク質 | 分子量: 11398.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#11: タンパク質 | 分子量: 12161.841 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#12: タンパク質 | 分子量: 13804.311 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#13: タンパク質 | 分子量: 13494.739 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#14: タンパク質 | 分子量: 7027.529 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#15: タンパク質 | 分子量: 10447.213 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#16: タンパク質 | 分子量: 10152.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#17: タンパク質 | 分子量: 12194.460 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#18: タンパク質 | 分子量: 8497.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#19: タンパク質 | 分子量: 9455.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#20: タンパク質 | 分子量: 10921.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
#21: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2960.475 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
-非ポリマー , 3種, 106分子 




#22: 化合物 | ChemComp-T1C / | ||
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#23: 化合物 | ChemComp-MG / #24: 化合物 | |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.88 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: HEPES-KOH, MgCl2, NH4Cl, beta-mercaptoethanol, MPD, spermidine |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 192315 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.5 % / Rsym value: 0.162 / Net I/σ(I): 4.45 |
反射 シェル | 解像度: 3.4→3.58 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 6.995 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / % possible all: 84.3 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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-
解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2ZM6 解像度: 3.417→48.716 Å / FOM work R set: 0.611 / SU ML: 0.67 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 42.54 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 103.251 Å2 / ksol: 0.231 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 476.6 Å2 / Biso mean: 212.93 Å2 / Biso min: 42.71 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.417→48.716 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 最高解像度: 3.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 306.8429 Å / Origin y: 179.115 Å / Origin z: 33.1229 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: resname T1C |