PDB-4yg2: X-ray crystal structur of Escherichia coli RNA polymerase sigma70...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4yg2

タイトル

X-ray crystal structur of Escherichia coli RNA polymerase sigma70 holoenzyme

要素

(DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
RNA polymerase sigma factor RpoD

キーワード

TRANSFERASE/TRANSCRIPTION / RNA polymerase / TRANSFERASE-TRANSCRIPTION complex

機能・相同性

機能・相同性情報

sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / : / : / : / : / : ...
類似検索 - 分子機能

Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 ...Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Sigma-70 factors family signature 1. / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helix non-globular / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)

Escherichia coli K12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.7 Å

データ登録者

Murakami, K.S.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2013
タイトル: X-ray crystal structure of Escherichia coli RNA polymerase sigma70 holoenzyme
著者: Murakami, K.S.

履歴

登録	2015年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年3月18日	ID: 4IGC
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月22日	Group: Database references
改定 1.2	2017年9月20日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4yg2.cif.gz	2.8 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4yg2.ent.gz	2.3 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4yg2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4yg2_validation.pdf.gz	591.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4yg2_full_validation.pdf.gz	831.6 KB	表示
XML形式データ	4yg2_validation.xml.gz	256.8 KB	表示
CIF形式データ	4yg2_validation.cif.gz	342.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4yg2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yg/4yg2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4yfk 4yfn 4yfx
類似構造データ	5uaq-1 4jk2-1 4kmu-1 6cux-1 4kn7-1 4kn4-1 4yfk-1 5uaq-2 5uah-1 4ljz-1 4xsx-2 5ual-1 6byu-1 5uaj-1 4zh4-1 4zh3-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#253 - 2021年1月エクスプレソーム (Expressome) 類似性 (12) #40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1) #48 - 2003年12月異化活性化タンパク質 (Catabolite Activator Protein) 類似性 (26)

登録構造単位

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

920 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

F: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
460 kDa, 6 ポリマー
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2

G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta

J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'

K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega

L: RNA polymerase sigma factor RpoD

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
460 kDa, 6 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	187.308, 205.901, 309.185
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha 分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: rpoA, Z4665, ECs4160 / プラスミド: pGEMABC / 詳細 (発現宿主): addgene #45398 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A7Z6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta 分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: rpoB, Z5560, ECs4910 / プラスミド: pGEMABC / 詳細 (発現宿主): addgene #45398 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8V4, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta' 分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: rpoC, Z5561, ECs4911 / プラスミド: pGEMABC / 詳細 (発現宿主): addgene #45398 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A8T8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質	DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega 分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: rpoZ, Z5075, ECs4524 / プラスミド: pACYCDuet-1_Ec_rpoZ / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A802, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FL

#5: タンパク質	RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70 分子量: 70352.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pGEMD / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 2種, 8分子

#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.05 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.978 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→30 Å / Num. obs: 123448 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 10.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

解像度: 3.7→29.978 Å / SU ML: 0.55 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.94 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2601	6179	5.01 %
R_work	0.1914	-	-
obs	0.1949	123398	96.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.7→29.978 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	55733	0	8	0	55741

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	56551
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.697	76329
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.088	21815
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	8695
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	10012

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.7-3.742	0.4059	183	0.3229	3529	X-RAY DIFFRACTION	88
3.742-3.7859	0.3661	203	0.3035	3827	X-RAY DIFFRACTION	97
3.7859-3.832	0.3393	203	0.2955	3879	X-RAY DIFFRACTION	96
3.832-3.8804	0.3808	197	0.316	3796	X-RAY DIFFRACTION	95
3.8804-3.9313	0.4634	196	0.3688	3667	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9313-3.9851	0.3787	194	0.2865	3704	X-RAY DIFFRACTION	92
3.9851-4.0419	0.3293	202	0.2486	3875	X-RAY DIFFRACTION	97
4.0419-4.1021	0.3149	203	0.2393	3848	X-RAY DIFFRACTION	97
4.1021-4.166	0.3221	205	0.2299	3877	X-RAY DIFFRACTION	97
4.166-4.2341	0.287	203	0.2167	3871	X-RAY DIFFRACTION	97
4.2341-4.3069	0.2946	204	0.2086	3881	X-RAY DIFFRACTION	97
4.3069-4.385	0.2851	204	0.2012	3881	X-RAY DIFFRACTION	97
4.385-4.4691	0.2455	204	0.198	3892	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4691-4.56	0.2669	206	0.1949	3863	X-RAY DIFFRACTION	97
4.56-4.6588	0.2651	204	0.1874	3870	X-RAY DIFFRACTION	97
4.6588-4.7667	0.2457	206	0.1818	3898	X-RAY DIFFRACTION	97
4.7667-4.8855	0.2532	208	0.1811	3927	X-RAY DIFFRACTION	97
4.8855-5.017	0.2438	207	0.1791	3925	X-RAY DIFFRACTION	98
5.017-5.1639	0.2441	209	0.18	3937	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1639-5.3296	0.2783	210	0.1782	3940	X-RAY DIFFRACTION	98
5.3296-5.519	0.2586	211	0.1791	3968	X-RAY DIFFRACTION	98
5.519-5.7385	0.2593	208	0.1803	3986	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7385-5.9977	0.2867	209	0.1846	3988	X-RAY DIFFRACTION	99
5.9977-6.3111	0.2716	211	0.1967	4015	X-RAY DIFFRACTION	99
6.3111-6.7024	0.2645	209	0.1924	4028	X-RAY DIFFRACTION	99
6.7024-7.2132	0.2651	213	0.1909	4027	X-RAY DIFFRACTION	99
7.2132-7.9269	0.2491	215	0.1672	4038	X-RAY DIFFRACTION	99
7.9269-9.0463	0.1978	216	0.1428	4048	X-RAY DIFFRACTION	98
9.0463-11.2951	0.1727	211	0.1294	4052	X-RAY DIFFRACTION	98
11.2951-29.9789	0.2285	225	0.17	4182	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.423	-0.3346	0.5355	0.2958	-0.299	0.7414	-0.0559	-1.1088	0.0271	0.954	-0.0178	0.1787	0.7869	0.4029	0.0001	1.7406	0.0617	0.0471	1.3566	0.1486	1.0336	91.6885	10.237	46.3268
2	1.4461	0.8029	-0.6669	4.816	-0.8776	3.391	-0.0123	-0.3392	0.3756	0.2721	0.193	0.2702	-0.4673	-0.1258	0.0003	1.3672	0.1748	0.0628	1.3028	-0.1182	1.0383	101.9202	41.8093	34.2683
3	1.3542	-0.3801	-0.1781	1.1857	0.571	1.3269	0.3127	-1.1229	-0.2602	1.3188	-0.1081	0.2816	0.6277	0.7766	-0.0015	1.8469	0.1825	0.1941	1.5313	0.1056	1.2069	90.2772	12.3939	45.1955
4	1.0462	-0.9252	-0.5253	0.879	-0.6642	0.5338	-0.2466	-0.7751	-0.1775	0.263	0.3959	-1.3104	-0.3045	0.019	-0.0008	1.9028	0.1105	-0.104	2.0344	-0.0909	1.9243	66.4497	56.8896	23.3888
5	1.695	-0.563	-0.1356	0.296	0.3978	0.5817	-0.419	-1.0972	0.2248	-0.5378	0.0523	0.5058	0.337	-0.7313	0.0013	1.1969	-0.1856	-0.0274	1.3551	0.168	1.1727	75.0312	11.9774	30.5032
6	2.2126	0.301	-0.8456	1.3454	1.0405	1.276	-0.025	-0.1337	-0.3681	1.6525	0.304	0.6417	0.8088	-0.4736	0.0017	2.5488	-0.2814	0.5547	1.9715	0.4664	2.0102	68.7014	-21.6689	37.9901
7	1.8879	-1.281	0.3932	1.5156	-0.2713	2.0446	-0.1894	-0.1604	0.5052	0.3923	-0.3524	2.3157	0.4335	-0.1422	0.0527	1.557	-0.147	0.5102	1.4846	0.2642	1.1609	75.0162	9.8034	32.9979
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精密化 TLSグループ

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15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain C and (resid 1253 through 1342 )
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23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain F and (resid 531 through 612 )
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27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'H' and (resid 6 through 49 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'H' and (resid 50 through 179 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'H' and (resid 180 through 233 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'I' and (resid 3 through 158 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'I' and (resid 159 through 370 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'I' and (resid 371 through 481 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'I' and (resid 482 through 703 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'I' and (resid 704 through 883 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'I' and (resid 884 through 1037 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'I' and (resid 1038 through 1252 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'I' and (resid 1253 through 1342 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'J' and (resid 16 through 332 )
39	X-RAY DIFFRACTION	39	chain 'J' and (resid 333 through 1375 )
40	X-RAY DIFFRACTION	40	chain 'K' and (resid 2 through 60 )
41	X-RAY DIFFRACTION	41	chain 'K' and (resid 61 through 80 )
42	X-RAY DIFFRACTION	42	chain 'L' and (resid 94 through 262 )
43	X-RAY DIFFRACTION	43	chain 'L' and (resid 263 through 354 )
44	X-RAY DIFFRACTION	44	chain 'L' and (resid 355 through 530 )
45	X-RAY DIFFRACTION	45	chain 'L' and (resid 531 through 613 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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