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- PDB-4yfn: Escherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compou... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yfn
タイトルEscherichia coli RNA polymerase in complex with squaramide compound 14 (N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide)
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 4
  • RNA polymerase sigma factor RpoD
キーワードtranscription/transcription inhibitor / switch region / squaramide / transcription-transcription inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat ...sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein dimerization activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 ...Helix Hairpins - #1670 / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / RNA Polymerase Primary Sigma Factor / Rna Polymerase Beta Subunit; Chain: C, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6 / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Sigma-70 factors family signature 1. / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Helix Hairpins / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / Helix non-globular / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Special / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / DNA polymerase; domain 1 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Arc Repressor Mutant, subunit A
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4C2 / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNA polymerase sigma factor RpoD
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O139:H28 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.817 Å
データ登録者Molodtsov, V. / Fleming, P.R. / Eyermann, C.J. / Ferguson, A.D. / Foulk, M.A. / McKinney, D.C. / Masse, C.E. / Buurman, E.T. / Murakami, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM087350 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: X-ray Crystal Structures of Escherichia coli RNA Polymerase with Switch Region Binding Inhibitors Enable Rational Design of Squaramides with an Improved Fraction Unbound to Human Plasma Protein.
著者: Molodtsov, V. / Fleming, P.R. / Eyermann, C.J. / Ferguson, A.D. / Foulk, M.A. / McKinney, D.C. / Masse, C.E. / Buurman, E.T. / Murakami, K.S.
履歴
登録2015年2月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoD
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase sigma factor RpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)921,14920
ポリマ－919,81412
非ポリマー1,3358
水00
1
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,57410
ポリマ－459,9076
非ポリマー6684
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area37610 Å2
ΔGint-186 kcal/mol
Surface area161770 Å2
手法PISA
2
G: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
H: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
I: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
J: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
K: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
L: RNA polymerase sigma factor RpoD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)460,57410
ポリマ－459,9076
非ポリマー6684
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area36690 Å2
ΔGint-173 kcal/mol
Surface area156510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)191.247, 206.569, 312.146
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABGHCIDJEK

#1: タンパク質
DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: E24377A / ETEC / 遺伝子: rpoA, EcE24377A_3778 / プラスミド: pGEMABC / 詳細 (発現宿主): addgene #45398 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZSI4, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: E24377A / ETEC / 遺伝子: rpoB, EcE24377A_4528 / プラスミド: pGEMABC / 詳細 (発現宿主): addgene #45398 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZUK1, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: E24377A / ETEC / 遺伝子: rpoC, EcE24377A_4529 / プラスミド: pGEMABC / 詳細 (発現宿主): addgene #45398 / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZUK2, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O139:H28 (strain E24377A / ETEC) (大腸菌)
株: E24377A / ETEC / 遺伝子: rpoZ, EcE24377A_4152 / プラスミド: pACYCDuet-1_Ec_rpoZ / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: A7ZTK1, DNA-directed RNA polymerase

-
タンパク質 , 1種, 2分子 FL

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70


分子量: 70352.242 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / プラスミド: pGEMD / 発現宿主: Escherichia coli #1/H766 (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579

-
非ポリマー , 3種, 8分子

#6: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#7: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 化合物 ChemComp-4C2 / N-[3,4-dioxo-2-(4-{[4-(trifluoromethyl)benzyl]amino}piperidin-1-yl)cyclobut-1-en-1-yl]-3,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-sulfonamide


分子量: 512.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23F3N4O5S

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.3 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M HEPES-HCL (PH7), 0.2M CaACETATE, 15% PEG400 / PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9179 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→30 Å / Num. obs: 107176 / % possible obs: 89.7 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 15.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IGC

4igc
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.817→29.963 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2695 2000 1.87 %
Rwork0.2215 --
obs0.2224 104940 88.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.817→29.963 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数55562 0 76 0 55638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01856447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.82176199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.94921790
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0848684
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0099980
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8167-3.9120.36441300.3446466X-RAY DIFFRACTION77
3.912-4.01750.36911320.33647003X-RAY DIFFRACTION84
4.0175-4.13540.39771410.32017048X-RAY DIFFRACTION84
4.1354-4.26860.29961270.2947040X-RAY DIFFRACTION84
4.2686-4.42070.33911460.27847065X-RAY DIFFRACTION85
4.4207-4.59710.29181370.26637001X-RAY DIFFRACTION84
4.5971-4.80550.3171240.24857057X-RAY DIFFRACTION84
4.8055-5.05770.26041290.2387001X-RAY DIFFRACTION83
5.0577-5.37290.29011480.23727292X-RAY DIFFRACTION87
5.3729-5.7850.28241410.22817824X-RAY DIFFRACTION93
5.785-6.36210.28511560.23918315X-RAY DIFFRACTION98
6.3621-7.27120.2931590.22888489X-RAY DIFFRACTION100
7.2712-9.11790.2281630.18168560X-RAY DIFFRACTION100
9.1179-29.96420.21731670.16868737X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1619-0.3728-0.19680.03780.84230.1603-0.036-0.86460.45860.2099-0.0087-0.1662-0.7946-0.166701.9552-0.0874-0.07182.31450.10061.9626-90.853-9.29747.501
20.44110.42510.60021.9232-0.08060.93820.0668-0.2311-0.29980.2073-0.0663-0.3990.35220.115201.8866-0.14-0.10462.13680.26141.8092-103.66-42.20334.678
30.34-0.06050.17550.2681-0.16380.4590.0541-0.48990.06311.3676-0.1941-0.2309-0.5483-0.320502.3205-0.0118-0.22972.27120.01991.7819-92.367-12.3745.733
40.0141-0.00110.0448-0.0036-0.00950.18570.0855-0.0232-0.0508-0.04310.0719-0.03910.01250.1516-0.00031.85080.1226-0.45782.2370.45642.1137-65.755-13.16135.126
50.479-0.00070.12250.11240.12090.2235-0.4933-0.9071-0.0836-0.65590.2208-0.75380.04220.401401.8301-0.25130.06752.06960.01261.9544-77.206-11.730.793
60.47620.28990.14780.277-0.24620.29190.0909-0.3370.0640.4286-0.14560.02-0.85140.209602.75-0.4735-0.46852.4613-0.21052.3245-71.42822.29637.93
70.3308-0.55150.09380.1896-0.34750.40290.0099-0.2848-0.25250.0855-0.2347-1.2363-0.01740.665601.9389-0.2425-0.27932.1220.05112.0874-77.024-9.39133.175
82.12410.77090.38451.3401-0.02180.73740.080.1997-0.3760.1751-0.09910.53020.4197-0.333901.5136-0.12750.09222.0003-0.0131.7776-134.755-44.092-8.851
91.00671.41540.03321.0991-0.25430.9434-0.1350.11311.0338-0.863-0.12790.5364-0.58560.062702.59420.0195-0.35572.2895-0.13132.3233-145.277-10.371-49.527
100.33330.68440.87780.7785-0.61770.4303-0.11070.33030.0456-0.53360.07650.2688-0.17620.0201-01.7868-0.0984-0.00222.2182-0.03031.8656-137.395-31.612-29.729
110.82271.26511.17212.07140.76242.0234-0.04570.15570.1036-0.0872-0.13580.4115-0.3526-0.501-01.20980.02230.09551.9537-0.02581.7164-130.677-21.515-3.017
121.1170.2816-0.25841.94720.87041.84790.025-0.2775-0.3940.5425-0.0565-0.04750.4936-0.190101.4335-0.1626-0.00841.84310.12241.5637-113.694-39.77715.615
130.14670.1192-0.26311.0003-0.03130.9707-0.01030.0936-0.52490.1614-0.07880.16170.3321-0.1731-01.9203-0.1363-0.03672.09530.11882.0531-118.965-60.90713.947
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330.79780.1950.70471.7049-0.3921.5590.1440.1977-0.0993-0.03760.0645-0.35970.49990.160702.11760.1472-0.15151.8801-0.12742.1899-13.00433.157-75.202
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40-0.11590.04830.0545-0.07570.0285-0.1282-0.8449-0.70130.5747-0.24560.54420.81050.9518-1.0584-04.29040.0201-0.18823.15050.29673.2085-42.30927.126-13.683
41-0.1220.0096-0.12920.0069-0.0388-0.01640.24670.00230.13870.2520.2322-0.0078-0.00540.048805.08520.09150.18053.0719-0.23572.7757-58.49933.934-3.719
420.1596-0.5957-0.18270.02420.0846-0.46360.2855-0.34520.5683-0.8919-0.0152-0.3206-0.47030.238802.9887-0.0871-0.28482.5517-0.05252.6289-82.67991.99-75.562
43-0.2350.02460.0428-0.05630.10740.11950.108-0.66130.28930.6255-0.19041.5140.0877-0.0918-03.270.05370.04812.99980.12634.1286-106.25677.368-61.93
440.65591.34630.55731.29310.86152.2641-0.6360.24280.8298-0.48220.161-0.1939-0.63180.368202.3004-0.2063-0.14812.07850.15952.1911-53.06874.395-70.682
45-0.05240.54790.23710.34380.25130.6895-0.1985-0.37640.12380.53440.2020.1656-0.7543-0.079702.9474-0.2293-0.14452.3010.02682.3157-43.44673.895-10.574
460.3582-0.0792-0.21530.0892-0.0181-0.0138-0.05430.88310.0404-0.14370.0932-0.3051-0.78431.4154-02.7454-0.4322-0.25833.1340.07732.6628-55.3536.69360.464
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 49
2X-RAY DIFFRACTION2A50 - 179
3X-RAY DIFFRACTION3A180 - 233
4X-RAY DIFFRACTION4A234 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5B6 - 49
6X-RAY DIFFRACTION6B50 - 179
7X-RAY DIFFRACTION7B180 - 233
8X-RAY DIFFRACTION8C3 - 158
9X-RAY DIFFRACTION9C159 - 370
10X-RAY DIFFRACTION10C371 - 481
11X-RAY DIFFRACTION11C482 - 703
12X-RAY DIFFRACTION12C704 - 883
13X-RAY DIFFRACTION13C884 - 1037
14X-RAY DIFFRACTION14C1038 - 1252
15X-RAY DIFFRACTION15C1253 - 1342
16X-RAY DIFFRACTION16D8 - 332
17X-RAY DIFFRACTION17D333 - 1376
18X-RAY DIFFRACTION18E2 - 60
19X-RAY DIFFRACTION19E61 - 90
20X-RAY DIFFRACTION20F94 - 262
21X-RAY DIFFRACTION21F263 - 354
22X-RAY DIFFRACTION22F355 - 530
23X-RAY DIFFRACTION23F531 - 612
24X-RAY DIFFRACTION24G7 - 49
25X-RAY DIFFRACTION25G50 - 179
26X-RAY DIFFRACTION26G180 - 233
27X-RAY DIFFRACTION27H6 - 49
28X-RAY DIFFRACTION28H50 - 179
29X-RAY DIFFRACTION29H180 - 233
30X-RAY DIFFRACTION30I3 - 158
31X-RAY DIFFRACTION31I159 - 370
32X-RAY DIFFRACTION32I371 - 481
33X-RAY DIFFRACTION33I482 - 703
34X-RAY DIFFRACTION34I704 - 883
35X-RAY DIFFRACTION35I884 - 1037
36X-RAY DIFFRACTION36I1038 - 1252
37X-RAY DIFFRACTION37I1253 - 1342
38X-RAY DIFFRACTION38J16 - 332
39X-RAY DIFFRACTION39J333 - 1375
40X-RAY DIFFRACTION40K2 - 60
41X-RAY DIFFRACTION41K61 - 80
42X-RAY DIFFRACTION42L94 - 262
43X-RAY DIFFRACTION43L263 - 354
44X-RAY DIFFRACTION44L355 - 530
45X-RAY DIFFRACTION45L531 - 613
46X-RAY DIFFRACTION46B246 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る