PDB-4ye6: The crystal structure of the intact human GlnRS

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ye6

タイトル

The crystal structure of the intact human GlnRS

要素

Glutamine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE / aminoacyl-tRNA synthetase / class I aaRS / L-glutamine

機能・相同性

機能・相同性情報

glutamine-tRNA ligase / glutamine-tRNA ligase activity / glutaminyl-tRNA aminoacylation / Mitochondrial tRNA aminoacylation / Selenoamino acid metabolism / aminoacyl-tRNA synthetase multienzyme complex / Cytosolic tRNA aminoacylation / tRNA aminoacylation for protein translation / negative regulation of stress-activated MAPK cascade / protein kinase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Ognjenovic, J. / Wu, J. / Ling, J. / Simonovic, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: The crystal structure of human GlnRS provides basis for the development of neurological disorders.
著者: Ognjenovic, J. / Wu, J. / Matthies, D. / Baxa, U. / Subramaniam, S. / Ling, J. / Simonovic, M.

履歴

登録	2015年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年2月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年2月24日	Group: Database references
改定 1.2	2016年5月4日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.name / _software.version
改定 1.4	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ye6.cif.gz	156.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ye6.ent.gz	116.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ye6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4ye6_validation.pdf.gz	432.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4ye6_full_validation.pdf.gz	442.8 KB	表示
XML形式データ	4ye6_validation.xml.gz	28.4 KB	表示
CIF形式データ	4ye6_validation.cif.gz	41.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4ye6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ye/4ye6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ye8C 4ye9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ye8-d 4ye9-d 3efh-3 2rfb-d 3b18-1 2xcq-d 4fil-d 3hyv-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Glutamine--tRNA ligase

88.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	333.679, 57.983, 86.123
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Glutamine--tRNA ligase / Glutaminyl-tRNA synthetase / GlnRS 分子量: 88058.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: QARS / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: P47897, glutamine-tRNA ligase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 237 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 74 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M calcium acetate, 0.1M Tris, pH 6.0, 12.5% (w/v) PEG 3,350, 60mM gly-gly-gly PH範囲: 6

-
データ収集

回折

平均測定温度: 80 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-D / 波長: 0.97872 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97872 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 1.9 % / 数: 74437 / R_merge(I) obs: 0.332 / Χ²: 0.48 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 38336 / % possible obs: 81.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
9.22	50	1	0.516	1.403	2.3
7.32	9.22	1	0.473	1.257	2.5
6.4	7.32	1	0.639	1.825	2.4
5.81	6.4	1	0.515	1.106	2.4
5.4	5.81	1	0.475	1.046	2.4
5.08	5.4	1	0.337	0.718	2.3
4.83	5.08	1	0.229	0.482	2.3
4.62	4.83	1	0.168	0.362	2.2
4.44	4.62	1	0.106	0.257	2.2
4.29	4.44	1	0.066	0.136	2.2
4.15	4.29	1	0.083	0.197	2.1
4.03	4.15	1	0.075	0.137	2.1
3.93	4.03	1	0.064	0.146	2
3.83	3.93	1	0.067	0.144	2.1
3.74	3.83	1	0.067	0.131	2.1
3.66	3.74	1	0.066	0.159	2
3.59	3.66	1	0.072	0.14	2
3.52	3.59	1	0.078	0.153	2
3.46	3.52	1	0.098	0.17	2
3.4	3.46	1	0.092	0.149	2
3.35	3.4	1	0.107	0.138	2
3.3	3.35	1	0.107	0.139	1.9
3.25	3.3	1	0.135	0.152	1.9
3.2	3.25	1	0.142	0.153	1.8
3.16	3.2	1	0.129	0.144	1.7
3.12	3.16	1	0.128	0.144	1.6
3.08	3.12	1	0.124	0.125	1.5
3.04	3.08	1	0.142	0.135	1.5
3.01	3.04	1	0.135	0.118	1.4
2.97	3.01	1	0.14	0.13	1.3
2.94	2.97	1	0.123	0.108	1.3
2.91	2.94	1	0.116	0.104	1.3
2.88	2.91	1	0.127	0.117	1.2
2.85	2.88	1	0.097	0.082	1.3
2.82	2.85	1	0.075	0.056	1.4
2.8	2.82	1	0.067	0.096	1.6
2.77	2.8	1	0.049	0.032	1.8
2.75	2.77	1	0.047	0.027	1.7
2.72	2.75	1	0.044	0.045	1.7
2.7	2.72	1	0.047	0.026	1.8

反射

解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 68893 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 52.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.056 / R_rim(I) all: 0.104 / Χ²: 1.163 / Net I/av σ(I): 12.897 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 338898

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_rim(I) all
2.4-2.44	5	0.81	3420	0.289	0.866	1.009	100
2.44-2.49	5		3331	0.4	0.74	1.005	100
2.49-2.53	5		3431	0.434	0.596	0.975	100
2.53-2.59	5		3393	0.508	0.524	0.974	100
2.59-2.64	5		3414	0.588	0.462	1.006	100	0.954
2.64-2.7	4.9		3395	0.658	0.388	0.991	100	0.795	0.888
2.7-2.77	5		3395	0.768	0.302	1	100	0.626	0.697
2.77-2.85	5		3419	0.839	0.235	1.044	100	0.483	0.539
2.85-2.93	5		3460	0.887	0.189	1.052	100	0.391	0.436
2.93-3.02	5		3371	0.909	0.158	1.104	100	0.328	0.365
3.02-3.13	5		3424	0.947	0.13	1.156	100	0.271	0.302
3.13-3.26	5		3455	0.972	0.096	1.265	100	0.201	0.224
3.26-3.41	5		3420	0.98	0.077	1.501	100	0.162	0.18
3.41-3.58	4.9		3424	0.988	0.061	1.419	100	0.129	0.143
3.58-3.81	4.9		3466	0.992	0.046	1.478	100	0.098	0.109
3.81-4.1	4.9		3473	0.995	0.036	1.3	100	0.078	0.086
4.1-4.52	4.9		3498	0.996	0.034	1.553	99.8	0.072	0.08
4.52-5.17	4.8		3510	0.995	0.031	1.519	100	0.066	0.073
5.17-6.51	4.8		3566	0.997	0.024	1.121	100	0.052	0.058
6.51-50	4.5		3628	0.999	0.015	0.764	96.2	0.032	0.036

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.4→28.991 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2391	3249	4.88 %
R_work	0.2105	-	-
obs	0.2119	66515	99.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.991 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5191	0	0	237	5428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	5367
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.353	7330
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.538	1861
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	830
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	965

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4358	0.3529	137	0.3322	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4358-2.4739	0.3944	141	0.3133	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4739-2.5144	0.3489	139	0.2957	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5144-2.5578	0.3089	137	0.2965	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5578-2.6042	0.2882	141	0.286	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6042-2.6543	0.3179	140	0.2825	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6543-2.7084	0.304	134	0.2793	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7084-2.7673	0.3174	150	0.2541	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7673-2.8316	0.3236	133	0.2407	2696	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8316-2.9024	0.2671	157	0.2323	2752	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9024-2.9808	0.2355	165	0.2409	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9808-3.0684	0.2665	142	0.2379	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0684-3.1673	0.2695	146	0.2334	2699	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1673-3.2803	0.248	132	0.2236	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2803-3.4115	0.273	146	0.2315	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4115-3.5665	0.2214	132	0.2137	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5665-3.7542	0.2415	142	0.2056	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7542-3.9888	0.2107	158	0.1897	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9888-4.2959	0.2024	132	0.1764	2800	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2959-4.7265	0.1973	124	0.1657	2815	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7265-5.4066	0.1975	147	0.1848	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4066-6.7972	0.242	125	0.2078	2871	X-RAY DIFFRACTION	100
6.7972-28.9936	0.2013	149	0.1808	2932	X-RAY DIFFRACTION	97

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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