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- PDB-4ydy: CRYSTAL STRUCTURE OF DARPIN 44C12V5 IN COMPLEX WITH HUMAN IL-4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ydy
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF DARPIN 44C12V5 IN COMPLEX WITH HUMAN IL-4
要素
  • DARPIN 44C12V5
  • Interleukin-4
キーワードCYTOKINE/DE NOVO PROTEIN / ALTERNATIVE SCAFFOLD / CYTOKINE-DE NOVO PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling / regulation of isotype switching / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation ...interleukin-4 receptor binding / positive regulation of isotype switching to IgE isotypes / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / positive regulation of cellular respiration / Interleukin-18 signaling / regulation of isotype switching / negative regulation of neuroinflammatory response / negative regulation of epithelial cell migration / positive regulation of T-helper 2 cell cytokine production / dendritic cell differentiation / interleukin-4-mediated signaling pathway / neuroinflammatory response / positive regulation of isotype switching to IgG isotypes / positive regulation of interleukin-13 production / macrophage activation / positive regulation of amyloid-beta clearance / myeloid dendritic cell differentiation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / type 2 immune response / positive regulation of T cell differentiation / negative regulation of osteoclast differentiation / positive regulation of ATP biosynthetic process / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of macroautophagy / negative regulation of tumor necrosis factor production / cell surface receptor signaling pathway via JAK-STAT / regulation of immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / cholesterol metabolic process / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of T cell proliferation / T cell activation / B cell differentiation / cytokine activity / growth factor activity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of inflammatory response / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / immune response / positive regulation of cell migration / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Ankyrin repeat-containing domain / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; ...Interleukin-4 / Interleukin 4 / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Ankyrin repeat-containing domain / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Interleukin-4
類似検索 - 構成要素
生物種synthetic construct (人工物)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF DARPIN 44C12V5 IN COMPLEX WITH HUMAN IL-4
著者: Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Gilliland, G.
履歴
登録2015年2月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Data collection
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DARPIN 44C12V5
I: Interleukin-4
B: DARPIN 44C12V5
J: Interleukin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,2587
ポリマ－66,0154
非ポリマー2433
水6,557364
1
A: DARPIN 44C12V5
I: Interleukin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1924
ポリマ－33,0072
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DARPIN 44C12V5
J: Interleukin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,0673
ポリマ－33,0072
非ポリマー591
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.250, 113.660, 117.060
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 DARPIN 44C12V5


分子量: 17887.037 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 Interleukin-4 / IL-4 / B-cell stimulatory factor 1 / BSF-1 / Binetrakin / Lymphocyte stimulatory factor 1 / Pitrakinra


分子量: 15120.445 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP RESIDUES 25-153 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05112
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 18% PEG 3350, 0.2 M LITHIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.5 0.1 M SODIUM ACETATE, PH 4.5, 18% GLYCEROL
PH範囲: 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 46738 / % possible obs: 91.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 30.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.085 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.338 / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / % possible all: 86.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B8U (IL-4), 2J8S (Darpin)

2b8u

2j8s


解像度: 2→27.8 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.897 / SU B: 3.403 / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.168 / ESU R Free: 0.154
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23943 954 2 %RANDOM
Rwork0.20161 ---
obs0.2024 45618 91.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.23 Å20 Å20 Å2
2--1.68 Å20 Å2
3---0.55 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→27.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4240 0 16 364 4620
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0224321
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9821.965856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.5125556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.61625.181193
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.97115730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9991521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0690.2700
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.023208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.83222782
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.65844413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it35.157881539
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it36.644881443
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.292 73 -
Rwork0.202 3374 -
obs--86.5 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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