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万見
- PDB-4y72: Human CDK1/CyclinB1/CKS2 With Inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y72
タイトルHuman CDK1/CyclinB1/CKS2 With Inhibitor
要素
  • Cyclin-dependent kinase 1
  • Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
  • G2/mitotic-specific cyclin-B1
キーワードTRANSFERASE / CDK1 / CyclinB1 / CKS2 / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / response to DDT / mitotic cell cycle phase transition / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / regulation of chromosome condensation ...regulation of Schwann cell differentiation / cyclin A1-CDK1 complex / regulation of attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / pronuclear fusion / response to DDT / mitotic cell cycle phase transition / cyclin B1-CDK1 complex / positive regulation of mitochondrial ATP synthesis coupled electron transport / Mitotic Prophase / regulation of chromosome condensation / positive regulation of mitotic sister chromatid segregation / histone kinase activity / Golgi disassembly / microtubule cytoskeleton organization involved in mitosis / G2/M DNA replication checkpoint / E2F-enabled inhibition of pre-replication complex formation / ventricular cardiac muscle cell development / Depolymerization of the Nuclear Lamina / positive regulation of attachment of spindle microtubules to kinetochore / positive regulation of mRNA 3'-end processing / MASTL Facilitates Mitotic Progression / regulation of mitotic cell cycle spindle assembly checkpoint / Activation of NIMA Kinases NEK9, NEK6, NEK7 / mitotic nuclear membrane disassembly / : / cyclin A2-CDK1 complex / Phosphorylation of Emi1 / patched binding / Transcriptional regulation by RUNX2 / Phosphorylation of the APC/C / tissue regeneration / Nuclear Pore Complex (NPC) Disassembly / outer kinetochore / meiosis I / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / protein localization to kinetochore / Initiation of Nuclear Envelope (NE) Reformation / Polo-like kinase mediated events / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activator activity / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / cellular response to fatty acid / digestive tract development / Condensation of Prometaphase Chromosomes / centrosome cycle / chromosome condensation / [RNA-polymerase]-subunit kinase / oocyte maturation / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase regulator activity / SCF ubiquitin ligase complex / response to copper ion / mitotic metaphase chromosome alignment / cyclin-dependent protein kinase activity / MAPK3 (ERK1) activation / response to amine / G1/S-Specific Transcription / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / microtubule organizing center / Regulation of APC/C activators between G1/S and early anaphase / ubiquitin-like protein ligase binding / regulation of embryonic development / peptidyl-threonine phosphorylation / protein deubiquitination / positive regulation of G2/M transition of mitotic cell cycle / response to mechanical stimulus / cyclin-dependent kinase / response to cadmium ion / cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / response to axon injury / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in cell cycle and proliferation / Chk1/Chk2(Cds1) mediated inactivation of Cyclin B:Cdk1 complex / Cyclin A/B1/B2 associated events during G2/M transition / cyclin-dependent protein kinase holoenzyme complex / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / Hsp70 protein binding / ERK1 and ERK2 cascade / epithelial cell differentiation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / positive regulation of mitotic cell cycle / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / cyclin binding / regulation of mitotic cell cycle / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / Condensation of Prophase Chromosomes / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / AURKA Activation by TPX2 / positive regulation of DNA replication / ubiquitin binding / response to activity / mitotic spindle organization / spindle microtubule / MAPK6/MAPK4 signaling / cellular response to iron(III) ion / G1/S transition of mitotic cell cycle
類似検索 - 分子機能
: / Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / : ...: / Cyclin-Dependent Kinase Subunit Type 2 / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit / Cyclin-dependent kinase, regulatory subunit superfamily / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 1. / Cyclin-dependent kinases regulatory subunits signature 2. / Cyclin-dependent kinase regulatory subunit / : / Cyclin, C-terminal domain / : / Cyclins signature. / Cyclin / Cyclin, C-terminal domain / Cyclin_C / Cyclin-like / Cyclin A; domain 1 / Cyclin, N-terminal / Cyclin, N-terminal domain / Cyclin-like / domain present in cyclins, TFIIB and Retinoblastoma / Cyclin-like superfamily / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LZ9 / Cyclin-dependent kinase 1 / G2/mitotic-specific cyclin-B1 / Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Brown, N.R. / Korolchuk, S. / Martin, M.P. / Stanley, W. / Moukhametzianov, R. / Noble, M.E.M. / Endicott, J.A.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: CDK1 structures reveal conserved and unique features of the essential cell cycle CDK.
著者: Brown, N.R. / Korolchuk, S. / Martin, M.P. / Stanley, W.A. / Moukhametzianov, R. / Noble, M.E. / Endicott, J.A.
履歴
登録2015年2月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cyclin-dependent kinase 1
B: G2/mitotic-specific cyclin-B1
C: Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,5754
ポリマ－76,2143
非ポリマー3601
水6,630368
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
  • TRIMERIC
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area28790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.166, 68.646, 166.771
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cyclin-dependent kinase 1 / CDK1 / Cell division control protein 2 homolog / Cell division protein kinase 1 / p34 protein kinase


分子量: 34553.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CDK1, CDC2, CDC28A, CDKN1, P34CDC2 / 細胞株 (発現宿主): SF9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P06493, cyclin-dependent kinase, [RNA-polymerase]-subunit kinase
#2: タンパク質 G2/mitotic-specific cyclin-B1


分子量: 31369.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CCNB1, CCNB / プラスミド: PET-28 A+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CODONPLUS RIL / 参照: UniProt: P14635
#3: タンパク質 Cyclin-dependent kinases regulatory subunit 2 / CKS-2


分子量: 10290.819 Da / 分子数: 1 / Fragment: residues 165-433 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CKS2 / プラスミド: GST-3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33552
#4: 化合物 ChemComp-LZ9 / {[(2,6-difluorophenyl)carbonyl]amino}-N-(4-fluorophenyl)-1H-pyrazole-3-carboxamide


分子量: 360.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H11F3N4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.7
詳細: Conditions around 0.1M MES/imidazole buffer (pH6.7), 6.5% MPD, 5% PEG4K, 10% PEG1K Protein at 10-12 mg/ml

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97957 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97957 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→53 Å / Num. all: 34085 / Num. obs: 34085 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.778 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1hck, 2b9r, 1jst

1hck

2b9r

1jst


解像度: 2.3→53 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.323 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2519 1697 5 %RANDOM
Rwork0.1861 32313 --
obs0.1895 34010 99.82 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 116.85 Å2 / Biso mean: 48.7092 Å2 / Biso min: 20.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å20 Å20 Å2
2---0.68 Å20 Å2
3---1.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→53 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5139 0 26 368 5533
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0195310
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.025155
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5681.9677185
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.5682.99711874
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5675631
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.58723.75240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.04415974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4861532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0215869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021218
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2792.5462529
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2792.5442526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2733.8093158
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 144 -
Rwork0.282 2319 -
all-2463 -
obs--99.8 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4491-2.418-1.48242.20711.14563.3268-0.0301-0.56120.32850.2620.3534-0.43890.1840.5967-0.32340.1267-0.0032-0.05240.2636-0.02640.398728.172-74.382194.962
21.484-0.4884-0.13284.176-0.90771.2037-0.05140.14930.1819-0.55610.13670.02010.0486-0.0071-0.08520.1057-0.0629-0.04610.17180.03550.265516.03-59.694175.933
31.9047-0.4809-0.17151.35570.19171.1942-0.03830.00690.00420.04470.01110.0588-0.00060.01350.02710.0068-0.01370.00710.0392-0.00820.2375-1.046-70.514210.119
44.77811.2282-0.00466.41111.79496.1775-0.19290.17810.108-0.4350.4564-0.4404-0.50940.7461-0.26340.1995-0.0920.09660.2513-0.00310.339327.199-32.858178.238
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2A84 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3B0 - 999
4X-RAY DIFFRACTION4C0 - 999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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