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万見
- PDB-4y5j: Drosophila melanogaster Mini spindles TOG3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y5j
タイトルDrosophila melanogaster Mini spindles TOG3
要素MINI SPINDLES TOG3
キーワードPROTEIN BINDING / XMAP215 / TOG / microtubule polymerization
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment or maintenance of neuroblast polarity / bicoid mRNA localization / microtubule plus end polymerase / pronuclear fusion / oocyte microtubule cytoskeleton organization / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / mitotic spindle elongation / positive regulation of microtubule nucleation / female meiotic nuclear division / microtubule plus-end ...establishment or maintenance of neuroblast polarity / bicoid mRNA localization / microtubule plus end polymerase / pronuclear fusion / oocyte microtubule cytoskeleton organization / establishment or maintenance of microtubule cytoskeleton polarity / mitotic spindle elongation / positive regulation of microtubule nucleation / female meiotic nuclear division / microtubule plus-end / microtubule plus-end binding / endoplasmic reticulum organization / oogenesis / microtubule polymerization / establishment of mitotic spindle orientation / centrosome duplication / cytoplasmic microtubule organization / tubulin binding / mitotic spindle organization / axon guidance / kinetochore / spindle pole / spindle / mitotic cell cycle / microtubule binding / centrosome / perinuclear region of cytoplasm
類似検索 - 分子機能
XMAP215 family / : / XMAP215/Dis1/CLASP, TOG domain / CLASP N-terminal domain / CLASP N terminal / TOG domain / TOG / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Leucine-rich Repeat Variant ...XMAP215 family / : / XMAP215/Dis1/CLASP, TOG domain / CLASP N-terminal domain / CLASP N terminal / TOG domain / TOG / HEAT repeat profile. / HEAT, type 2 / Leucine-rich Repeat Variant / Leucine-rich Repeat Variant / Armadillo-like helical / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein mini spindles
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.303 Å
データ登録者Slep, K.C. / Howard, A.E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)T32GM008570 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM094415 米国
March of DimesFY14-247 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Drosophila melanogaster Mini Spindles TOG3 Utilizes Unique Structural Elements to Promote Domain Stability and Maintain a TOG1- and TOG2-like Tubulin-binding Surface.
著者: Howard, A.E. / Fox, J.C. / Slep, K.C.
履歴
登録2015年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年3月18日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Database references
改定 1.32017年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / diffrn_detector ...citation / diffrn_detector / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_detector.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.42017年9月20日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_audit_support / software / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MINI SPINDLES TOG3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3371
ポリマ－27,3371
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.824, 49.824, 204.992
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-937-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MINI SPINDLES TOG3 / Mini spindles / isoform C


分子量: 27337.436 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 582-825 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: msps, CG5000, Dmel_CG5000 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9VEZ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.22 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG4000, potassium phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.97723 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 13396 / Num. obs: 13396 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.8 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 8.9 % / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / % possible all: 95

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.303→34.165 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2409 1306 10.01 %Random selection
Rwork0.1762 ---
obs0.1827 13043 97.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.303→34.165 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1759 0 0 115 1874
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081787
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0262411
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.263677
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041280
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004309
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3026-2.39470.28681400.20271244X-RAY DIFFRACTION94
2.3947-2.50370.25831410.19231250X-RAY DIFFRACTION96
2.5037-2.63560.28261380.19131257X-RAY DIFFRACTION96
2.6356-2.80070.25111440.19441289X-RAY DIFFRACTION98
2.8007-3.01680.25951460.18981292X-RAY DIFFRACTION99
3.0168-3.32020.27311550.1811334X-RAY DIFFRACTION99
3.3202-3.80010.22241430.17621324X-RAY DIFFRACTION100
3.8001-4.78560.21511510.15541343X-RAY DIFFRACTION100
4.7856-34.16910.22271480.16681404X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 14.6438 Å / Origin y: 20.8603 Å / Origin z: 110.2691 Å
111213212223313233
T0.2329 Å20.0684 Å20.0019 Å2-0.194 Å2-0.0089 Å2--0.2242 Å2
L0.698 °20.2715 °2-0.0125 °2-1.0208 °2-0.1477 °2--1.2958 °2
S0.0281 Å °0.0339 Å °0.057 Å °-0.1558 Å °-0.0022 Å °-0.0155 Å °0.0865 Å °-0.1047 Å °-0.0297 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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