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万見
- PDB-4y29: Identification of a novel PPARg ligand that regulates metabolism -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y29
タイトルIdentification of a novel PPARg ligand that regulates metabolism
要素
  • Peptide from Nuclear receptor coactivator 1ペプチド
  • Peroxisome proliferator-activated receptor gammaPPARγ
キーワードDNA BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION / AF-2 helix / ligand binding pocket / three-layer helical sandwich / transcription regulator PPARg / NR1C3 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma (PPARγ) / NHR / nuclear receptor (核内受容体) / coactivator (コアクチベーター) / Transcription factor (転写因子) / DNA BINDING PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / MECP2 regulates transcription factors / positive regulation of female receptivity / negative regulation of extracellular matrix assembly ...labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone mediated signaling pathway / prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / MECP2 regulates transcription factors / positive regulation of female receptivity / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / DNA binding domain binding / STAT family protein binding / hypothalamus development / positive regulation of fatty acid metabolic process / male mating behavior / response to lipid / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of lipid storage / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of BMP signaling pathway / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / white fat cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / estrous cycle / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / 細胞分化 / positive regulation of DNA binding / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / BMP signaling pathway / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / negative regulation of signaling receptor activity / regulation of cellular response to insulin stimulus / Recycling of bile acids and salts / cell maturation / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / epithelial cell differentiation / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / RORA activates gene expression / 授乳 / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / cerebellum development / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid metabolic process / Regulation of PTEN gene transcription / response to progesterone / transcription coregulator binding / nuclear estrogen receptor binding / hippocampus development / nuclear receptor binding / placenta development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / Heme signaling / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能
核内受容体コアクチベーター1 / PPARγ / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / PPAR / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...核内受容体コアクチベーター1 / PPARγ / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma, N-terminal / PPAR gamma N-terminal region / PPAR / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / 核内受容体 / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CTI / PPARγ / 核内受容体コアクチベーター1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Wang, R. / Li, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31270776 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Selective targeting of PPAR gamma by the natural product chelerythrine with a unique binding mode and improved antidiabetic potency.
著者: Zheng, W.L. / Qiu, L. / Wang, R. / Feng, X.H. / Han, Y.P. / Zhu, Y.L. / Chen, D.Z. / Liu, Y.J. / Jin, L.H. / Li, Y.
履歴
登録2015年2月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma
B: Peptide from Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2263
ポリマ－31,8782
非ポリマー3481
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area980 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.624, 54.514, 66.402
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPARγ / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3


分子量: 30704.734 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 236-504 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P37231
#2: タンパク質・ペプチド Peptide from Nuclear receptor coactivator 1 / ペプチド / NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal ...NCoA-1 / Class E basic helix-loop-helix protein 74 / bHLHe74 / Protein Hin-2 / RIP160 / Renal carcinoma antigen NY-REN-52 / Steroid receptor coactivator 1 / SRC-1


分子量: 1173.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788
#3: 化合物 ChemComp-CTI / 1,2-dimethoxy-12-methyl[1,3]benzodioxolo[5,6-c]phenanthridin-12-ium / chelerythrine / ケレリトリン / Chelerythrine


分子量: 348.372 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C21H18NO4 / コメント: 阻害剤, alkaloid*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium thiocyanate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.005 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月31日
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 21090 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Χ2: 1.198 / Net I/av σ(I): 24.83 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 110768
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.98-2.015.20.35610510.893100
2.01-2.055.20.31710280.934100
2.05-2.095.20.26310730.96100
2.09-2.135.30.22310391.024100
2.13-2.185.30.21610590.996100
2.18-2.235.30.18510181.027100
2.23-2.295.30.1610581.148100
2.29-2.355.20.14510561.1100
2.35-2.425.30.13110341.127100
2.42-2.495.30.11610611.176100
2.49-2.585.30.10510571.156100
2.58-2.695.30.09410481.232100
2.69-2.815.30.0810411.226100
2.81-2.965.30.06810601.223100
2.96-3.145.30.0610571.335100
3.14-3.395.30.05310621.701100
3.39-3.735.30.04410531.65299.9
3.73-4.265.30.03310671.36199.9
4.26-5.375.30.0310691.28699.3
5.37-5050.02710991.38299.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0029精密化
SCALEPACKデータ削減
PHASER2.5.1位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U9Q

3u9q


解像度: 1.98→41.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.2127 / WRfactor Rwork: 0.1718 / FOM work R set: 0.8657 / SU B: 3.434 / SU ML: 0.098 / SU R Cruickshank DPI: 0.1703 / SU Rfree: 0.1522 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.17 / ESU R Free: 0.152 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2187 1068 5.1 %RANDOM
Rwork0.177 ---
obs0.1791 19842 99.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 82.83 Å2 / Biso mean: 26.6 Å2 / Biso min: 6.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20.02 Å2
2--0.02 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→41.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2135 0 26 197 2358
Biso mean--39 31.5 -
残基数----267
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.0222197
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0692.0112962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8535264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.01925.53294
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.55415429
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.788158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1480.2344
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211579
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5361.51330
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7722152
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.0563867
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.774.5810
LS精密化 シェル解像度: 1.98→2.031 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.31 82 -
Rwork0.216 1448 -
all-1530 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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