PDB-4y1x: Complex of human Galectin-1 and Galbeta1-4(6OSO3)GlcNAc

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y1x

タイトル

Complex of human Galectin-1 and Galbeta1-4(6OSO3)GlcNAc

要素

Galectin-1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Complex / Galectin-1 / sulfated LacNAc / Galbeta1-4(6OSO3)GlcNAc

機能・相同性

機能・相同性情報

galectin complex / lactose binding / plasma cell differentiation / galactoside binding / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Lin, H.Y. / Hsieh, T.J. / Lin, C.H.

資金援助

台湾, 4件

組織	認可番号	国
Academia Sinica	AS-022316	台湾
Ministry of Science and Technology	103-2113-M-001-023-MY3	台湾
Ministry of Science and Technology	102-2113-M-001-001-MY3	台湾
Ministry of Science and Technology	102-2923-M-001-001-MY3	台湾

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis of human galectin-1 inhibition with Ki values in the micro- to nanomolar range
著者: Lin, H.Y. / Hsieh, T.J. / Tu, Z. / Huang, B.S. / Wu, S.C. / Chien, C.T. / Hsu, S.T. / Lin, C.H.

履歴

登録	2015年2月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y1x.cif.gz	117.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y1x.ent.gz	94.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y1x.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4y1x_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y1x_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	4y1x_validation.xml.gz	12.7 KB	表示
CIF形式データ	4y1x_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y1/4y1x	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4y1uC 4y1vC 4y1yC 4y1zC 4y20C 4y22C 4y26C 4y24 C: 同じ文献を引用 (文献)
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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-1

B: Galectin-1

ヘテロ分子

34.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.579, 57.220, 110.945
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質

Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L- ...

分子量: 16894.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P09382

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-4)-methyl 2-acetamido-2-deoxy-6-O-sulfo-beta-D-glucopyranoside

分子量: 477.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-4DGlcpNAc[1Me,6S]b1-OME	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_1OC_2NCC/3=O_6*OSO/3=O/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][b-D-GlcpNAc6SO3]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 51 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.05 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.91 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1 M Tris (pH 8.0), 0.2 M Li2SO4, 30% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年8月1日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97622 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.45→30 Å / Num. obs: 10845 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.068 / Χ²: 0.98 / Net I/av σ(I): 22.57 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 54812

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.45-2.54	5.1	0.496	1055	0.901	99.6
2.54-2.64	5.3	0.347	1053	0.938	100
2.64-2.76	5.3	0.26	1085	0.973	100
2.76-2.9	5.3	0.18	1060	0.996	100
2.9-3.09	5.3	0.133	1062	0.999	99.9
3.09-3.32	5.2	0.09	1084	0.993	99.9
3.32-3.66	5.2	0.056	1074	0.938	100
3.66-4.19	5.1	0.047	1087	0.951	99.8
4.19-5.27	4.7	0.041	1111	1.082	99.1
5.27-30	4.3	0.042	1174	1.036	98.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
Blu-Ice		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

解像度: 2.45→25.293 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.259	994	10.07 %
R_work	0.2097	-	-
obs	0.2145	9873	91.21 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.64 Å² / B_iso mean: 29.0271 Å² / B_iso min: 5.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.45→25.293 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2046	0	62	51	2159
B_iso mean	-	-	52.22	24.77	-
残基数	-	-	-	-	266

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.9983	-5.6782	0.2934	6.5291	-1.0691	6.3817	0.1658	0.1233	0.1038	-0.1308	0.0348	0.1447	0.32	-0.1025	-0.0816	0.1871	0.004	-0.0586	0.1495	-0.0133	0.2759	7.6967	-17.4159	-18.0171
2	4.7493	2.4682	5.6292	4.4339	1.754	7.4902	0.2237	-0.4248	-0.1361	0.3791	-0.0536	-0.2813	0.0052	-0.0192	-0.155	0.1747	0.0075	0.015	0.1536	0.0559	0.1758	14.7047	-11.042	-3.9611
3	1.5054	-0.0776	-0.9762	1.9756	-0.6932	3.3658	-0.0054	-0.1327	0.0575	0.1469	0.0743	-0.366	-0.7037	0.3211	-0.0266	0.3066	-0.0217	0.0822	0.1221	-0.018	0.0932	16.6921	-3.9231	-16.5695
4	1.9723	0.7382	-0.3016	3.549	-0.5457	2.4498	0.0086	-0.1697	0.0617	0.4602	0.0583	0.502	-0.4882	-0.239	-0.0422	0.2196	0.0584	0.0992	0.2137	0.0005	0.2333	7.8499	-3.8069	-9.3544
5	3.5364	0.3691	-1.0224	3.1637	-1.0612	0.5879	0.0207	-0.2576	0.4384	0.3176	0.105	0.558	-0.2461	-0.5136	-0.1619	0.3362	0.1075	-0.0093	0.2753	-0.0173	0.2196	5.2643	-4.6262	-16.4671
6	4.1341	1.6737	2.5838	2.2404	1.9999	2.3043	0.0302	-0.384	0.0435	0.3821	0.114	-0.3142	0.0783	0.2832	0.048	0.2196	0.1077	-0.087	0.1944	0.0113	0.2224	17.4124	-13.3182	-13.4481
7	7.5782	4.646	2.9449	2.8972	1.9525	1.6755	-0.0271	-0.1752	0.0519	0.3454	-0.2426	-0.1882	0.1803	-0.1771	0.2923	0.1701	0.03	0.039	0.1902	0.0593	0.244	9.8925	-17.5316	-6.7973
8	7.6999	-4.4411	2.8495	8.1036	-5.9376	4.5758	0.0386	-0.0729	0.1509	0.2101	-0.0416	-0.2094	-0.0571	0.3334	-0.0724	0.2685	-0.0706	-0.0329	0.1681	-0.001	0.1999	17.1631	-26.3167	-10.688
9	3.5697	0.8086	0.9858	2.4205	0.9932	2.082	0.1186	-0.2919	0.0866	-0.4662	-0.0887	0.8043	-0.1217	-0.7607	0.1247	0.1742	0.0574	-0.0707	0.252	-0.0266	0.4661	1.1547	-31.4308	-11.7442
10	2.2169	0.1647	-0.392	2.956	-0.1691	2.9391	-0.0604	0.3473	0.2239	-0.5029	0.0741	0.1109	0.1827	-0.0393	-0.0626	0.1239	0.0194	0.0012	0.1617	0.0357	0.1031	13.3868	-36.1185	-16.0674
11	5.9476	0.6737	0.2237	0.4993	-0.8557	2.7011	-0.1093	0.5912	-0.4709	-0.3966	0.1844	0.7396	0.2713	-0.7716	0.046	0.1157	-0.0791	-0.0307	0.223	-0.0651	0.4343	3.3526	-44.934	-16.6939
12	0.1785	0.1213	-0.3255	0.2059	-0.1446	0.9898	0.1734	0.0984	0.0812	-0.1428	0.1053	-0.0585	-0.0874	-0.0702	0.1172	0.3039	0.0546	0.5831	0.1508	0.0792	-0.1286	18.6427	-42.6076	-19.9984
13	3.3179	-0.4963	0.4851	3.2167	0.1976	4.0408	-0.2562	-0.3974	-0.2875	0.3006	-0.1004	0.999	0.3046	-0.6023	0.4104	0.3267	-0.0834	0.0571	0.2303	-0.0858	0.4666	1.7954	-43.4715	-9.803
14	4.4489	0.7826	1.2548	1.9036	0.8041	2.3355	0.0551	-0.3144	-0.1503	0.4476	-0.0094	0.3275	-0.0178	-0.2141	-0.0939	0.1475	0.0029	0.0549	0.2656	0.0716	0.1336	11.7777	-35.993	-3.9234
15	0.6904	-0.4493	-0.7095	0.8813	0.6945	2.5961	0.1369	-0.6656	0.2288	0.4904	0.1073	0.5676	0.0116	-0.0006	-0.0417	0.2327	-0.0128	0.1259	0.2485	-0.0437	0.2625	8.4839	-41.3984	-2.7418
16	1.3732	-1.7531	0.0509	3.0523	-0.9746	1.0258	-0.2251	-0.0629	0.0275	0.0676	-0.28	-0.7138	-0.0074	0.4082	0.0226	0.1129	0.0951	0.0153	0.2234	0.0406	0.3726	23.7869	-35.5166	-10.3022
17	3.1183	2.8467	0.1493	2.6929	0.3581	0.6104	0.2608	0.3681	-0.1348	-0.3285	0.0485	0.5345	0.1055	-0.6377	-0.16	0.1413	0.055	-0.0637	0.2987	0.0231	0.3296	9.0355	-30.6451	-17.6172
18	8.0844	0.5208	-1.1181	7.9438	0.2204	6.0577	0.4709	0.0951	-0.2043	0.156	0.2975	0.2759	0.2014	-0.1599	-0.5839	0.1619	-0.0505	0.0368	0.2757	-0.0154	0.0877	6.3398	-25.251	-8.8967

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 15 )	A	2 - 15
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 16 through 29 )	A	16 - 29
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 30 through 71 )	A	30 - 71
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 72 through 99 )	A	72 - 99
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 100 through 118 )	A	100 - 118
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 119 through 125 )	A	119 - 125
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 126 through 134 )	A	126 - 134
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 15 )	B	2 - 15
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 16 through 29 )	B	16 - 29
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 30 through 48 )	B	30 - 48
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 49 through 61 )	B	49 - 61
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 62 through 71 )	B	62 - 71
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 72 through 82 )	B	72 - 82
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 83 through 100 )	B	83 - 100
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 101 through 109 )	B	101 - 109
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 110 through 118 )	B	110 - 118
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 119 through 125 )	B	119 - 125
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 126 through 134 )	B	126 - 134

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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