PDB-3t2t: Crystal structure of human galectin-1 in complex with methyl 2-O-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3t2t

タイトル

Crystal structure of human galectin-1 in complex with methyl 2-O-acetyl-3-O-toluoyl-beta-D-talopyranoside

要素

Galectin-1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN/INHIBITOR / beta sandwich / lectin / SUGAR BINDING PROTEIN-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

galectin complex / lactose binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Blanchard, H. / Collins, P.M.

引用

ジャーナル: Chem.Biol.Drug Des. / 年: 2012
タイトル: Taloside inhibitors of galectin-1 and galectin-3
著者: Collins, P.M. / Oberg, C.T. / Leffler, H. / Nilsson, U.J. / Blanchard, H.

履歴

登録	2011年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2011年12月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年7月3日	Group: Database references
改定 1.2	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations カテゴリ: chem_comp / struct_conn ...chem_comp / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3t2t.cif.gz	120.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3t2t.ent.gz	94.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3t2t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t2t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/t2/3t2t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3t1lC 3t1mC 3til PDB 未公開エントリ 3tim C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4y1x-d 1w6m-d 1slc-2 4y1v-d 4y1z-d 6f83-d 4xbl-d 4q26-1 4y20-d 1w6n-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-1

B: Galectin-1

ヘテロ分子

30.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.687, 58.444, 112.280
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 134 / Label seq-ID: 2 - 135

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

#1: タンパク質	Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L- ...Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L-14-I / Galaptin / HBL / HPL / Lactose-binding lectin 1 / Lectin galactoside-binding soluble 1 / Putative MAPK-activating protein PM12 / S-Lac lectin 1 分子量: 14959.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09382
#2: 糖	ChemComp-MQT / methyl 2-O-acetyl-3-O-(4-methylbenzoyl)-beta-D-talopyranoside / methyl 6-deoxy-1-seleno-beta-L-galactopyranoside / methyl 2-O-acetyl-3-O-(4-methylbenzoyl)-beta-D-taloside / methyl 2-O-acetyl-3-O-(4-methylbenzoyl)-D-taloside / methyl 2-O-acetyl-3-O-(4-methylbenzoyl)-taloside タイプ: D-saccharide / 分子量: 354.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₂O₈
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2 詳細: 0.2M ammonium sulphate, 25% w/v polyethylene glycol 4000, 0.1M sodium acetate trihydrate, pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: BRUKER SMART 6000 / 検出器: CCD / 日付: 2009年8月16日
放射	モノクロメーター: Osmic mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→112 Å / Num. all: 22727 / Num. obs: 21603 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.9→1.949 Å / % possible all: 91.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PROTEUM PLUS	PLUS	データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.5.0109	精密化
SAINT		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 1.9→56.14 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 7.034 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / ESU R Free: 0.144 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22623	1154	5.1 %	RANDOM
R_work	0.18764	-	-	-
all	0.2	22727	-	-
obs	0.18963	21603	94.94 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: BABINET MODEL PARAMETERS FOR MASK CACLULATION

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	1.52 Å²	0 Å²
2-	-	-1.51 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→56.14 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2074	0	25	134	2233

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	2182
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1477
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.383	1.98	2956
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.77	3	3616
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.487	5	278
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.965	25.283	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.093	15	338
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.251	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	2472
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	436
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.944	4	1350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.498	4	548
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.628	6	2162
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.254	3	832
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.333	4.5	788
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1681 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
medium positional	0.39	0.5
medium thermal	1.01	2

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.297	76	-
R_work	0.271	1506	-
obs	-	-	89.63 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9064	-0.0442	-0.2647	2.3655	-0.1799	2.2474	0.1188	-0.0041	0.0602	-0.044	0.025	-0.0176	0.1929	-0.0739	-0.1437	0.0417	-0.0089	-0.0209	0.0661	0.0095	0.0344	12.032	7.598	12.964
2	1.4536	-0.1059	0.4667	3.543	-0.0825	1.8845	-0.1094	-0.0058	0.0174	0.058	-0.0114	0.2478	-0.0757	-0.0785	0.1208	0.0005	0.0049	-0.0016	0.0696	0.0008	0.0391	10.873	36.469	11.494

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 134
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1 - 134

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)