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- PDB-4y1m: An Escherichia coli yybP-ykoY Mn riboswitch in the Mn2+-free state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y1m
タイトルAn Escherichia coli yybP-ykoY Mn riboswitch in the Mn2+-free state
要素E. coli yybP-ykoY riboswitch
キーワードRNA / riboswitch / manganese / free state
機能・相同性GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / STRONTIUM ION / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100)
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者Price, I.R. / Ke, A.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM086766 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM 102543 米国
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2015
タイトル: Mn(2+)-Sensing Mechanisms of yybP-ykoY Orphan Riboswitches.
著者: Price, I.R. / Gaballa, A. / Ding, F. / Helmann, J.D. / Ke, A.
履歴
登録2015年2月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月20日Group: Data collection
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: E. coli yybP-ykoY riboswitch
A: E. coli yybP-ykoY riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,13678
ポリマ－69,1752
非ポリマー6,96076
水1,29772
1
B: E. coli yybP-ykoY riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,00050
ポリマ－34,5881
非ポリマー4,41249
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: E. coli yybP-ykoY riboswitch
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,13628
ポリマ－34,5881
非ポリマー2,54827
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)159.384, 159.384, 277.108
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-231-

SR

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要素

#1: RNA鎖 E. coli yybP-ykoY riboswitch


分子量: 34587.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物...
ChemComp-SR / STRONTIUM ION / ストロンチウムジカチオン


分子量: 87.620 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sr
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP


分子量: 523.180 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.52 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 mM RNA in 10 mm NaCacodylate, 50 mM NaCl, 10 mM MgCl2 with a mother liquor of 10% MPD, 40 mM Na cacodylate pH 7, 80 mM SrCl2, 20 mM MgCl2, 12 mM spermine tetra-HCl at 21 C. Native ...詳細: 0.2 mM RNA in 10 mm NaCacodylate, 50 mM NaCl, 10 mM MgCl2 with a mother liquor of 10% MPD, 40 mM Na cacodylate pH 7, 80 mM SrCl2, 20 mM MgCl2, 12 mM spermine tetra-HCl at 21 C. Native crystals were quickly cryo-protected in mother liquor plus 20% ethylene glycol prior to flash freezing in liquid N2.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.769, 0.7692, 0.9999
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月22日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.7691
20.76921
30.99991
反射解像度: 3→123.6 Å / Num. obs: 27410 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 11.6 % / Rmerge(I) obs: 1.01 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1834)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3→123.6 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.36 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2521 1623 6.38 %
Rwork0.2166 --
obs0.2186 26818 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→123.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 3916 138 72 4126
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0024507
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6146927
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.052260
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067915
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002185
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 32.5983 Å / Origin y: 2.9323 Å / Origin z: 29.2014 Å
111213212223313233
T0.6173 Å2-0.0054 Å2-0.1154 Å2-0.9284 Å20.0239 Å2--0.596 Å2
L2.1825 °20.045 °2-1.2918 °2-0.8111 °20.5984 °2--3.7202 °2
S-0.1791 Å °-0.1282 Å °-0.3088 Å °0.0667 Å °0.0788 Å °-0.1376 Å °0.3652 Å °0.9194 Å °0.114 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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