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- PDB-4y1k: PALMITOYLATED OPRM OUTER MEMBRANE FACTOR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y1k
タイトルPALMITOYLATED OPRM OUTER MEMBRANE FACTOR
要素Outer membrane protein OprM
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MEMBRANE / PALMITATE / OMF / RESISTANCE
機能・相同性
機能・相同性情報


xenobiotic detoxification by transmembrane export across the cell outer membrane / efflux pump complex / efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / transmembrane transport / response to antibiotic / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. ...Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Outer membrane protein OprM
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Monlezun, L. / Phan, G. / Broutin, I.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2015
タイトル: New OprM structure highlighting the nature of the N-terminal anchor.
著者: Monlezun, L. / Phan, G. / Benabdelhak, H. / Lascombe, M.B. / Enguene, V.Y. / Picard, M. / Broutin, I.
履歴
登録2015年2月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein OprM
B: Outer membrane protein OprM
C: Outer membrane protein OprM
D: Outer membrane protein OprM
E: Outer membrane protein OprM
F: Outer membrane protein OprM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,1959
ポリマ－310,4266
非ポリマー7693
水00
1
A: Outer membrane protein OprM
B: Outer membrane protein OprM
C: Outer membrane protein OprM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,9826
ポリマ－155,2133
非ポリマー7693
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17020 Å2
ΔGint-98 kcal/mol
Surface area61480 Å2
手法PISA
2
D: Outer membrane protein OprM
E: Outer membrane protein OprM
F: Outer membrane protein OprM


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,2133
ポリマ－155,2133
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16190 Å2
ΔGint-91 kcal/mol
Surface area61690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)152.642, 87.858, 355.942
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.94, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Outer membrane protein OprM


分子量: 51737.605 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: oprM, oprK, PA0427 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51487
#2: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.61 % / 解説: RHOMBOHEDRAL CRYSTAL
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 MM SODIUM ACETATE (PH 4.5), 6% PEG 20 000 (W/V), 300 MM AMMONIUM CITRATE, 25-30% GLYCEROL (V/V) 0.9% BETAOG
PH範囲: 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.005
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.005 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→88 Å / Num. obs: 40566 / % possible obs: 87.7 % / 冗長度: 3.2 % / Rsym value: 0.122 / Net I/σ(I): 8.5
反射 シェル解像度: 3.8→4.01 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.312 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 77.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
Coot位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3D5K

3d5k


解像度: 3.8→87.91 Å / SU ML: 0.64 / σ(F): 1.16 / 位相誤差: 40.51 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 1987 4.93 %
Rwork0.297 --
obs0.299 40322 86.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→87.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21005 0 51 0 21056
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.40529085
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.4287866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0873330
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0063874
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.8-3.89510.49481180.36922428X-RAY DIFFRACTION79
3.8951-4.00040.42781320.35282441X-RAY DIFFRACTION76
4.0004-4.11810.39361220.31882450X-RAY DIFFRACTION80
4.1181-4.2510.38151300.29542411X-RAY DIFFRACTION77
4.251-4.40290.32561270.27992538X-RAY DIFFRACTION79
4.4029-4.57920.27481300.27522510X-RAY DIFFRACTION81
4.5792-4.78760.31551350.27472623X-RAY DIFFRACTION84
4.7876-5.040.31621340.27822711X-RAY DIFFRACTION86
5.04-5.35570.36441500.28232795X-RAY DIFFRACTION90
5.3557-5.76920.29571560.30692991X-RAY DIFFRACTION94
5.7692-6.34960.35411630.3073088X-RAY DIFFRACTION97
6.3496-7.2680.31521610.30233134X-RAY DIFFRACTION99
7.268-9.15540.31271650.2633134X-RAY DIFFRACTION99
9.1554-87.92820.38631640.31463081X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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