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- PDB-5azp: Crystal structure of a membrane protein from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5azp
タイトルCrystal structure of a membrane protein from Pseudomonas aeruginosa
要素Multidrug efflux outer membrane protein OprN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Alpha barrel / Beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / transmembrane transport / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Up-down Bundle ...Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-1-(pentanoyloxy)propan-2-yl hexanoate / ACETATE ION / FORMIC ACID / OCTANAL / Multidrug efflux outer membrane protein OprN
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Yonehara, R. / Yamashita, E. / Nakagawa, A.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of OprN and OprJ, outer membrane factors of multidrug tripartite efflux pumps of Pseudomonas aeruginosa.
著者: Yonehara, R. / Yamashita, E. / Nakagawa, A.
履歴
登録2015年10月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: audit_author / chem_comp ...audit_author / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation_author / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms ..._audit_author.identifier_ORCID / _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux outer membrane protein OprN
B: Multidrug efflux outer membrane protein OprN
C: Multidrug efflux outer membrane protein OprN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,70557
ポリマ－149,0593
非ポリマー5,64654
水33,9581885
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area28630 Å2
ΔGint-74 kcal/mol
Surface area56880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)257.515, 257.515, 81.825
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 11分子 ABC

#1: タンパク質 Multidrug efflux outer membrane protein OprN


分子量: 49686.188 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP RESIDUES 26-472 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / PAO1 / 1C / PRS 101 / LMG 12228 / 遺伝子: oprN, PA2495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0Y7
#4: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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非ポリマー , 7種, 1931分子

#2: 化合物 ChemComp-3PK / (2S)-1-(pentanoyloxy)propan-2-yl hexanoate


分子量: 258.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H26O4
#3: 化合物 ChemComp-OYA / OCTANAL / OCTYL ALDEHYDE


分子量: 128.212 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H16O
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID


分子量: 46.025 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1885 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: PEG 4000, sodium acetate, sodium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→50 Å / Num. obs: 297648 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 22.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0131精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5AZO

5azo


解像度: 1.69→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.816 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.066 / ESU R Free: 0.067 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17974 15033 5.1 %RANDOM
Rwork0.16008 ---
obs0.16109 282614 99.4 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.502 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å20 Å2
2---0.05 Å20 Å2
3---0.11 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.69→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10290 0 379 1885 12554
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01911372
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0211063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9731.98915437
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0972.99225414
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0451521
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.09522.662571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.465151909
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.25115167
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21740
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213208
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022715
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5231.7375562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4941.7335554
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1552.5876986
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1552.5886987
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.082.3275810
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0792.3275811
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6443.298359
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.00918.08715352
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.0118.08915353
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.689→1.733 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 988 -
Rwork0.257 20855 -
obs--98.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3259-0.02190.07870.0419-0.09080.2224-0.048-0.11970.09240.0322-0.0268-0.0499-0.03170.03270.07470.09480.027-0.08740.0679-0.03090.1033-70.2873-20.2725-31.3174
20.02550.0035-0.03260.19980.00630.0531-0.0064-0.0168-0.0150.025-0.0173-0.01140.01720.01270.02370.06470.02550.00750.03170.01460.0451-85.979-44.0509-41.1828
30.03360.0774-0.06250.3501-0.10840.1421-0.00450.00840.0059-0.00040.01740.0724-0.0093-0.0402-0.01290.05440.0275-0.0030.03960.01210.0405-105.27424.2295-47.2506
40.0441-0.0201-0.02850.0140.01540.051-0.016-0.0313-0.0060.01630.0168-0.01080.01410.0324-0.00080.06090.0361-0.00040.03830.01070.0505-73.1731-40.7746-41.7891
50.4281-0.228-0.22131.0952-0.26550.26560.0059-0.03050.0102-0.00070.040.0759-0.01150.0027-0.04580.07290.0236-0.00330.021-0.00250.0237-96.643521.544-44.4474
60.3145-0.40020.20211.08-0.34660.14580.0097-0.0144-0.01090.0149-0.01090.0113-0.0071-0.00340.00130.06280.0193-0.00180.03420.01020.0308-90.0765-4.5572-38.0814
70.2145-0.42080.19141.6589-0.750.4685-0.0627-0.0071-0.06190.07080.1370.2134-0.006-0.1256-0.07430.0247-0.01790.01440.04970.00630.0889-112.9496-26.6315-57.8709
80.0167-0.022-0.03840.04120.06730.1191-0.02280.0061-0.00080.03220.00770.00060.0443-0.00430.0150.07590.00620.0060.0243-0.00440.0492-89.7658-45.8154-67.697
90.01960.01810.03770.15190.09820.1282-0.02330.0192-0.0008-0.04930.0213-0.0163-0.04790.02810.0020.0804-0.0129-0.00760.03480.00220.0365-89.09717.3394-73.4171
102.4207-1.11360.80083.1309-2.33161.7368-0.22440.04210.12140.05170.1914-0.0443-0.0355-0.14330.0330.0290.0098-0.01390.0718-0.00550.0214-113.389-19.4432-63.8973
110.01970.0173-0.01610.13490.00130.0445-0.0381-0.0033-0.0084-0.00840.02610.00690.0251-0.0060.0120.07790.01520.0180.01450.00530.0392-95.5113-45.3617-55.6648
120.0270.07050.02480.89420.11120.0385-0.02810.01-0.0021-0.04570.01580.0189-0.03020.0010.01230.07440.0018-0.01620.02830.00580.0348-100.53486.5745-66.2911
130.0171-0.23540.03847.1393-0.59280.08950.01230.0244-0.003-0.136-0.00550.00990.01640.0502-0.00680.08370.02060.02770.0638-0.0030.0255-71.974-27.9901-80.9817
140.0723-0.21760.01450.6601-0.02990.05330.01380.00240.0134-0.04430.0058-0.05070.02830.0615-0.01950.0460.03010.01120.076-0.01570.0501-62.3977-25.2343-60.3904
150.1496-0.0963-0.00780.0697-0.0140.04950.005-0.0092-0.0295-0.014-0.00540.02450.03670.04280.00040.11140.0505-0.02530.0413-0.00870.0462-69.066-58.4343-59.2304
160.02450.00710.01590.15890.0180.0246-0.0214-0.0145-0.0060.01250.0334-0.0334-0.02190.013-0.01190.05610.00420.00550.0455-0.0110.0407-73.8816.9633-49.1015
170.0066-0.0056-0.00790.00910.02330.09430.01050.0026-0.0008-0.00260.00070.00680.02970.0333-0.01120.06290.021-0.00570.0199-0.00710.0531-73.2209-40.2155-69.1725
180.3056-0.5365-0.05971.02230.21260.1734-0.0463-0.00850.02910.03890.039-0.0585-0.03310.0340.00730.0705-0.00010.00530.016-0.00880.0404-77.33514.0046-59.0633
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 27
2X-RAY DIFFRACTION2A28 - 155
3X-RAY DIFFRACTION3A156 - 251
4X-RAY DIFFRACTION4A252 - 373
5X-RAY DIFFRACTION5A374 - 412
6X-RAY DIFFRACTION6A413 - 446
7X-RAY DIFFRACTION7B1 - 31
8X-RAY DIFFRACTION8B32 - 155
9X-RAY DIFFRACTION9B156 - 250
10X-RAY DIFFRACTION10B251 - 263
11X-RAY DIFFRACTION11B264 - 378
12X-RAY DIFFRACTION12B379 - 450
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 20
14X-RAY DIFFRACTION14C21 - 89
15X-RAY DIFFRACTION15C90 - 146
16X-RAY DIFFRACTION16C147 - 259
17X-RAY DIFFRACTION17C260 - 378
18X-RAY DIFFRACTION18C379 - 444

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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