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- PDB-5nsw: Xenon for tunnelling analysis of the efflux pump component OprN. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5nsw
タイトルXenon for tunnelling analysis of the efflux pump component OprN.
要素Multidrug efflux outer membrane protein OprN
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Efflux / Cavity / Xenon / RND pump
機能・相同性
機能・相同性情報


efflux transmembrane transporter activity / transmembrane transporter activity / cell outer membrane / transmembrane transport / membrane
類似検索 - 分子機能
Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Up-down Bundle ...Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / Outer membrane efflux proteins (OEP) / RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT / : / Outer membrane efflux protein / Outer membrane efflux protein / Single Sheet / Up-down Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / PALMITIC ACID / XENON / Multidrug efflux outer membrane protein OprN
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Phan, G. / Prange, T. / Enguene Ntsogo, Y.V. / Garnier, C. / Ducruix, A. / Broutin, I.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-12-BSV8-0010-01 フランス
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Xenon for tunnelling analysis of the efflux pump component OprN.
著者: Ntsogo Enguene, Y.V. / Phan, G. / Garnier, C. / Ducruix, A. / Prange, T. / Broutin, I.
履歴
登録2017年4月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_assembly ...diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / struct_site / struct_site_gen
Item: _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id ..._struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_num_residues / _struct_site_gen.auth_asym_id / _struct_site_gen.auth_comp_id / _struct_site_gen.auth_seq_id / _struct_site_gen.label_asym_id / _struct_site_gen.label_comp_id / _struct_site_gen.label_seq_id / _struct_site_gen.pdbx_num_res / _struct_site_gen.site_id
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月17日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multidrug efflux outer membrane protein OprN
B: Multidrug efflux outer membrane protein OprN
C: Multidrug efflux outer membrane protein OprN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)153,64832
ポリマ－148,6263
非ポリマー5,02229
水9,512528
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23800 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area57990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.412, 256.412, 81.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA1 - 4451 - 445
21PROPROBB1 - 4451 - 445
12GLNGLNAA1 - 4441 - 444
22GLNGLNCC1 - 4441 - 444
13GLNGLNBB1 - 4441 - 444
23GLNGLNCC1 - 4441 - 444

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 7分子 ABC

#1: タンパク質 Multidrug efflux outer membrane protein OprN


分子量: 49542.059 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
遺伝子: oprN, PA2495 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I0Y7
#4: 糖
ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 5種, 553分子

#2: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 528 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 100 mM sodium acetate, 1 M sodium formate, 10 % PEG 4000 (w/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.771 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.771 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→181 Å / Num. obs: 91716 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Rpim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 4.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IUY

5iuy


解像度: 2.5→49.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 15.254 / SU ML: 0.149 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.218 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23938 4736 5.2 %RANDOM
Rwork0.17133 ---
obs0.17491 86977 99.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 40.791 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å20 Å2
2---0.17 Å20 Å2
3---0.34 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→49.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10311 0 198 528 11037
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.01910748
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210214
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1761.9814504
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.132323538
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2651360
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.19722.868537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.54151763
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.4415149
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.21612
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0212146
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022296
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7373.8265395
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.7123.8265394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.9415.7266749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.9495.7276750
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.6864.4095353
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.6854.4095354
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.6846.367749
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.69644.94412051
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.66244.88711988
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr7.113320962
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free30.385389
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded15.522520958
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A279260.09
12B279260.09
21A276460.09
22C276460.09
31B272860.1
32C272860.1
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 318 -
Rwork0.196 6426 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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