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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xze | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Hazara virus nucleoprotein | ||||||
要素 | Nucleoprotein | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN / nucleoprotein / Hazara virus | ||||||
機能・相同性 | Nucleocapsid N protein / Nucleocapsid N protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / ribonucleoprotein complex / RNA binding / Nucleoprotein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Hazara virus (ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Guo, Y. / Wang, W. / Liu, X. / Wang, X. / Wang, J. / Huo, T. / Liu, B. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015 タイトル: Structural and Functional Diversity of Nairovirus-Encoded Nucleoproteins. 著者: Wang, W. / Liu, X. / Wang, X. / Dong, H. / Ma, C. / Wang, J. / Liu, B. / Mao, Y. / Wang, Y. / Li, T. / Yang, C. / Guo, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xze.cif.gz | 369.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xze.ent.gz | 302.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xze.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xze_validation.pdf.gz | 468.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xze_full_validation.pdf.gz | 515.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xze_validation.xml.gz | 68.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xze_validation.cif.gz | 92.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/4xze ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xz/4xze | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 54545.023 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Hazara virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M4PWE6 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.35 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 200mM potassium citrate tribasic monohydrate (PH 8.0), 5mM manganese chloride,14% (wt/vol) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 42788 / % possible obs: 84.7 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 11.008 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 0.327 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3U3I 解像度: 2.9→48.22 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 1.06 Å / VDWプローブ半径: 1.3 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 45.18 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→48.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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