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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xz6 | ||||||
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タイトル | TmoX in complex with TMAO | ||||||
![]() | Glycine betaine/proline ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / ABC transporter / substrate binding protein / complex | ||||||
機能・相同性 | ABC-type glycine betaine transport system, substrate-binding domain / Substrate binding domain of ABC-type glycine betaine transport system / transmembrane transporter activity / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / metal ion binding / trimethylamine oxide / Glycine betaine/proline ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Zhang, Y.Z. / Li, C.Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Mechanistic Insight into Trimethylamine N-Oxide Recognition by the Marine Bacterium Ruegeria pomeroyi DSS-3 著者: Li, C.Y. / Chen, X.L. / Shao, X. / Wei, T.D. / Wang, P. / Xie, B.B. / Qin, Q.L. / Zhang, X.Y. / Su, H.N. / Song, X.Y. / Shi, M. / Zhou, B.C. / Zhang, Y.Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 125.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 101.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 480.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 494.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 35.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 37334.746 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3 / 遺伝子: SPO1548 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 5種, 171分子 ![](data/chem/img/TMO.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/TRS.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-TRS / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 21.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5) and 25% (wt/vol) polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 23366 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 15.11 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.751 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.91 Å2 / ksol: 0.37 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→44.15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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