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- PDB-4xyg: GRANULICELLA M. FORMATE DEHYDROGENASE (FDH) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xyg
タイトルGRANULICELLA M. FORMATE DEHYDROGENASE (FDH)
要素Formate dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / FORMATE DEHYDROGENASE
機能・相同性
機能・相同性情報


formate catabolic process / formate dehydrogenase / formate dehydrogenase (NAD+) activity / oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
NAD-dependent formate dehydrogenase / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Formate dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Granulicella mallensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cendron, L. / Fogal, S. / Beneventi, E. / Bergantino, E.
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2015
タイトル: Structural basis for double cofactor specificity in a new formate dehydrogenase from the acidobacterium Granulicella mallensis MP5ACTX8.
著者: Fogal, S. / Beneventi, E. / Cendron, L. / Bergantino, E.
履歴
登録2015年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Formate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8101
ポリマ－42,8101
非ポリマー00
水6,828379
1
A: Formate dehydrogenase

A: Formate dehydrogenase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6192
ポリマ－85,6192
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area7280 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area28460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.166, 60.166, 179.683
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: C2 (2回回転対称))

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要素

#1: タンパク質 Formate dehydrogenase


分子量: 42809.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Granulicella mallensis (strain ATCC BAA-1857 / DSM 23137 / MP5ACTX8) (バクテリア)
遺伝子: AciX8_2172 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G8NVB5, formate dehydrogenase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 379 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.01 M Nickel Chloride, 0.1 M TRIS pH 8.5, 20 %(w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月8日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→34.02 Å / Num. obs: 42594 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2NAC

2nac


解像度: 1.7→34.02 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.194 2142 5.04 %
Rwork0.1673 --
obs0.1687 42524 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→34.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2906 0 0 379 3285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072991
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2084071
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.5861095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082448
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009533
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73960.24421480.2042655X-RAY DIFFRACTION100
1.7396-1.78310.22721430.19572613X-RAY DIFFRACTION100
1.7831-1.83130.23811340.18952674X-RAY DIFFRACTION100
1.8313-1.88520.27661530.18372638X-RAY DIFFRACTION100
1.8852-1.9460.20611620.17662631X-RAY DIFFRACTION100
1.946-2.01550.22161430.17972670X-RAY DIFFRACTION100
2.0155-2.09620.21231380.17212630X-RAY DIFFRACTION100
2.0962-2.19160.19281460.16692662X-RAY DIFFRACTION100
2.1916-2.30710.1921340.16662710X-RAY DIFFRACTION100
2.3071-2.45170.19041330.17432677X-RAY DIFFRACTION100
2.4517-2.64090.2051300.1752703X-RAY DIFFRACTION100
2.6409-2.90650.19941370.17332714X-RAY DIFFRACTION100
2.9065-3.32680.19481440.17392735X-RAY DIFFRACTION100
3.3268-4.19020.17291470.14822751X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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