PDB-4xxw: Crystal structure of mouse Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xxw

タイトル

Crystal structure of mouse Cadherin-23 EC1-2 and Protocadherin-15 EC1-2 splice variant

要素

Cadherin-23
Protocadherin-15

キーワード

CELL ADHESION / Mechanotransduction / calcium binding protein / hearing

機能・相同性

機能・相同性情報

detection of mechanical stimulus involved in equilibrioception / equilibrioception / sensory perception of light stimulus / cochlear hair cell ribbon synapse / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / photoreceptor ribbon synapse / kinocilium / righting reflex / inner ear auditory receptor cell differentiation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.261 Å

データ登録者

Narui, Y. / Sotomayor, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Tuning Inner-Ear Tip-Link Affinity Through Alternatively Spliced Variants of Protocadherin-15.
著者: Narui, Y. / Sotomayor, M.

履歴

登録	2015年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2018年8月1日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年12月18日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.5	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xxw.cif.gz	369.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xxw.ent.gz	301.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xxw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xxw_validation.pdf.gz	455.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xxw_full_validation.pdf.gz	461.7 KB	表示
XML形式データ	4xxw_validation.xml.gz	36.2 KB	表示
CIF形式データ	4xxw_validation.cif.gz	52.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4apxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4axw-d 4apx-d 4aq8-2 2g36-1 2y5q-2 4aqa-d 445 6h7m-2 3u4e-2 5jqh-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#99 - 2008年3月カドヘリン (Cadherin) 類似性 (7)

登録構造単位

B: Protocadherin-15

A: Protocadherin-15

C: Cadherin-23

D: Cadherin-23

ヘテロ分子

102 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Protocadherin-15

C: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Protocadherin-15

D: Cadherin-23

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
51 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.746, 57.789, 155.264
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.17, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Protocadherin-15 分子量: 26780.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pcdh15 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q99PJ1
#2: タンパク質	Cadherin-23 / Otocadherin 分子量: 23856.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cdh23 / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIPL / 参照: UniProt: Q99PF4
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.51 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate 0.1 M HEPES, pH 7.5 25% (v/v) isopropanol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月31日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.261→50 Å / Num. obs: 62947 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.2 % / B_iso Wilson estimate: 38.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.079 / R_pim(I) all: 0.05 / R_rim(I) all: 0.094 / Χ²: 1.02 / Net I/av σ(I): 13.381 / Net I/σ(I): 6.7 / Num. measured all: 200718

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.261-2.3	2.5	0.402	2.3	2736	0.844	0.283	0.494	0.996	84.9
2.3-2.34	2.7	0.355		2868	0.89	0.241	0.431	0.964	89.4
2.34-2.39	2.9	0.359		3030	0.883	0.235	0.431	0.973	93.5
2.39-2.43	2.9	0.356		3048	0.874	0.232	0.427	0.988	95.2
2.43-2.49	3	0.3		3150	0.905	0.198	0.361	0.971	97.3
2.49-2.55	3.1	0.283		3205	0.925	0.184	0.339	0.972	98.3
2.55-2.61	3.1	0.266		3140	0.926	0.173	0.319	1.017	97.4
2.61-2.68	3.1	0.234		3130	0.952	0.151	0.28	0.988	98
2.68-2.76	3.1	0.204		3181	0.961	0.134	0.245	0.995	97.7
2.76-2.85	3	0.174		3106	0.967	0.117	0.211	1.025	96.1
2.85-2.95	3.4	0.146		3195	0.978	0.092	0.173	1.062	99
2.95-3.07	3.4	0.125		3245	0.984	0.079	0.149	1.04	99.2
3.07-3.21	3.4	0.094		3214	0.991	0.059	0.111	1.064	99.2
3.21-3.38	3.4	0.08		3213	0.992	0.05	0.095	1.073	99
3.38-3.59	3.3	0.069		3187	0.994	0.044	0.082	1.08	97.9
3.59-3.86	3.3	0.061		3198	0.993	0.038	0.072	1.017	97.9
3.86-4.25	3.6	0.053		3249	0.995	0.032	0.062	1.037	99.4
4.25-4.87	3.5	0.047		3275	0.996	0.029	0.056	1.042	99.4
4.87-6.13	3.4	0.045		3218	0.996	0.028	0.053	0.999	97.4
6.13-50	3.6	0.043		3359	0.994	0.026	0.051	1.019	98.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0107	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4APX

4apx

解像度: 2.261→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 12.037 / SU ML: 0.155 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.213 / ESU R Free: 0.189 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23288	3126	5 %	RANDOM
R_work	0.18717	-	-	-
obs	0.18945	59821	96.54 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.66 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.15 Å²	0 Å²	0.31 Å²
2-	-	-0.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.261→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6790	0	16	463	7269

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	6978
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	6515
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.806	1.953	9544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.027	3	14989
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.305	5	872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	41.548	24.957	347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.682	15	1107
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.261	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.101	0.2	1113
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	8009
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.932	2.624	3470
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.931	2.622	3469
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.272	3.915	4333
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.273	3.917	4334
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.879	2.902	3508
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.879	2.904	3509
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.23	4.26	5207
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.012	21.544	7721
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.996	21.495	7700
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.261→2.319 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.352	196	-
R_work	0.284	3788	-
obs	-	-	82.98 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1144	1.9551	1.2199	1.3103	0.6254	1.0666	0.0749	0.2025	-0.4468	-0.0513	0.2388	-0.2515	0.0243	-0.033	-0.3137	0.2347	-0.138	-0.0739	0.1766	-0.0405	0.23	-60.62	-22.136	61.49
2	6.2236	3.2555	0.73	2.4689	0.375	0.5601	-0.289	0.0322	0.4541	-0.0362	0.0523	0.2858	-0.0475	-0.0332	0.2367	0.187	-0.0443	-0.062	0.1452	-0.0279	0.1449	-26.239	10.959	64.949
3	4.2158	3.529	0.894	4.062	1.5905	0.8415	1.1925	-0.4506	-0.4214	0.8531	-0.8407	-0.6634	0.191	-0.4987	-0.3519	0.5452	-0.2643	-0.1931	0.448	0.2939	0.1978	-19.763	28.473	33.874
4	19.6038	3.7029	1.9304	0.8242	0.5601	1.9449	0.7571	0.9497	-0.1176	0.2457	-0.1045	-0.0869	0.3219	-0.1272	-0.6526	0.1174	-0.174	-0.0894	0.6871	0.0597	0.2295	-61.256	15.117	14.879
5	2.9163	2.5916	1.7618	2.618	2.1014	2.0665	-0.4574	0.3308	0.4143	-0.1402	0.3136	0.2943	0.107	0.3051	0.1437	0.3579	-0.0855	-0.1859	0.0881	0.0714	0.1744	-58.698	5.833	66.758
6	2.6159	1.327	1.1076	1.8572	1.812	2.0201	-0.0874	0.1774	-0.1739	0.0002	-0.0829	0.0473	-0.1123	-0.0934	0.1703	0.2367	-0.1355	-0.0622	0.2171	-0.0416	0.0822	-90.169	-23.603	45.576
7	3.4939	2.3898	1.8659	1.8871	1.3006	1.6381	0.1084	-0.113	-0.0222	-0.122	-0.0675	0.0886	0.0171	0.0333	-0.0409	0.2968	-0.0241	-0.1404	0.1821	-0.0065	0.0718	-31.638	26.816	8.292
8	1.3066	1.0548	0.707	3.4076	3.1671	3.0841	0.001	-0.4401	-0.1527	-0.536	0.5133	-0.5046	-0.4486	0.6022	-0.5143	0.2716	-0.2954	0.0394	0.6328	-0.1296	0.1414	0.807	54.739	30.015

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	B	9 - 119
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1001 - 1002
3	X-RAY DIFFRACTION	1	B	1004
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	120 - 234
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	1003
6	X-RAY DIFFRACTION	3	A	9 - 119
7	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1001 - 1002
8	X-RAY DIFFRACTION	3	A	1004
9	X-RAY DIFFRACTION	4	A	120 - 234
10	X-RAY DIFFRACTION	4	A	1003
11	X-RAY DIFFRACTION	5	C	2 - 101
12	X-RAY DIFFRACTION	5	C	1001 - 1003
13	X-RAY DIFFRACTION	6	C	102 - 203
14	X-RAY DIFFRACTION	6	C	1004
15	X-RAY DIFFRACTION	7	D	2 - 101
16	X-RAY DIFFRACTION	7	D	1001 - 1003
17	X-RAY DIFFRACTION	8	D	102 - 203
18	X-RAY DIFFRACTION	8	D	1004

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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