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- PDB-4xxt: Crystal structure of Fused Zn-dependent amidase/peptidase/peptodo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xxt
タイトルCrystal structure of Fused Zn-dependent amidase/peptidase/peptodoglycan-binding domain-containing protein from Clostridium acetobutylicum ATCC 824
要素Fusion of predicted Zn-dependent amidase/peptidase (Cell wall hydrolase/DD-carboxypeptidase family) and uncharacterized domain of ErfK family peptodoglycan-binding domain
キーワードHYDROLASE / L / D-transpeptidases / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan-protein cross-linking / peptidoglycan L,D-transpeptidase activity / cell wall organization / regulation of cell shape / transferase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
PGBD superfamily / : / L,D-transpeptidase (L,D-TPase) catalytic domain profile. / L,D-transpeptidase catalytic domain / L,D-transpeptidase catalytic domain-like / L,D-transpeptidase catalytic domain / Peptidoglycan binding-like / Putative peptidoglycan binding domain / PGBD-like superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / IMIDAZOLE / Fusion of predicted Zn-dependent amidase/peptidase (Cell wall hydrolase/DD-carboxypeptidase family) and uncharacterized domain of ErfK family peptodoglycan-binding domain
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Chang, C. / Cuff, M. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Fused Zn-dependent amidase/peptidase/peptodoglycan-binding domain-containing protein from from Clostridium acetobutylicum ATCC 824
著者: Chang, C. / Cuff, M. / Joachimiak, G. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2015年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion of predicted Zn-dependent amidase/peptidase (Cell wall hydrolase/DD-carboxypeptidase family) and uncharacterized domain of ErfK family peptodoglycan-binding domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,4047
ポリマ－29,0201
非ポリマー3836
水4,017223
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.790, 60.790, 125.551
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-482-

HOH

21A-485-

HOH

詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Fusion of predicted Zn-dependent amidase/peptidase (Cell wall hydrolase/DD-carboxypeptidase family) and uncharacterized domain of ErfK family peptodoglycan-binding domain


分子量: 29020.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
株: ATCC 824 / DSM 792 / JCM 1419 / LMG 5710 / VKM B-1787 / 遺伝子: CA_C1822 / プラスミド: pMCSG68
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: Q97I32
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-IMD / IMIDAZOLE / 1H-イミダゾ-ル-3-カチオン


分子量: 69.085 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5N2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 223 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.96 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.2M Calcium Acetate, 0.1M Tris-HCl, 20% PEG3000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97925 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月20日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97925 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 26936 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.044 / Χ2: 0.856 / Net I/av σ(I): 45.293 / Net I/σ(I): 13.5 / Num. measured all: 219308
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.77-1.860.5052.8412260.9110.2180.5520.8193.4
1.8-1.837.10.50413320.9350.2020.5440.792100
1.83-1.877.70.39313010.9610.1510.4210.763100
1.87-1.918.40.31113650.980.1140.3310.819100
1.91-1.958.40.24113220.9830.0880.2570.819100
1.95-1.998.50.1913140.9890.0690.2020.823100
1.99-2.048.40.16313450.9920.0590.1740.855100
2.04-2.18.50.13313380.9960.0490.1420.869100
2.1-2.168.50.1113340.9950.040.1170.899100
2.16-2.238.50.09513280.9950.0350.1020.904100
2.23-2.318.40.08413350.9970.0310.090.924100
2.31-2.48.50.07413600.9970.0270.0790.913100
2.4-2.518.50.06413450.9970.0230.0680.877100
2.51-2.648.40.05313610.9980.0190.0570.896100
2.64-2.818.40.04313330.9980.0150.0450.879100
2.81-3.038.40.03313670.9990.0120.0350.828100
3.03-3.338.30.02913600.9990.010.0310.823100
3.33-3.818.30.02513960.9990.0090.0270.858100
3.81-4.88.10.02414030.9990.0090.0260.824100
4.8-507.40.02714710.9980.0110.0290.91698.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ削減
SBC-Collectデータ収集
REFMAC5.8.0071精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→27.36 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 4.156 / SU ML: 0.068 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.105 / ESU R Free: 0.101
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1959 1334 5 %RANDOM
Rwork0.1676 25217 --
obs0.169 25217 98.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 106.62 Å2 / Biso mean: 26.48 Å2 / Biso min: 12.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.07 Å20 Å2
2--0.13 Å2-0 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.77→27.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1707 0 26 223 1956
Biso mean--56.04 36.01 -
残基数----221
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0191879
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021732
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1061.9472560
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.71633985
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3785242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.08925.17685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.62715287
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.816156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2277
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02462
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6991.214942
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6941.212940
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2791.7961192
LS精密化 シェル解像度: 1.771→1.817 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 95 -
Rwork0.222 1748 -
all-1843 -
obs--93.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9212-1.21910.8098.5535-2.94562.677-0.04940.00620.1382-0.11950.05220.6164-0.1234-0.166-0.00280.10530.0374-0.01610.1045-0.01160.1825-3.948940.67890.8981
28.60651.068-6.12535.04122.602312.4734-0.22050.3398-0.0997-0.11820.08530.27020.2743-0.31450.13520.03910.0329-0.00630.0954-0.00670.12171.852131.8378-0.585
32.0117-0.0780.24861.79430.57782.8952-0.05190.0872-0.03430.0810.02490.0897-0.0951-0.17260.0270.11010.04570.01380.06830.00260.13289.318934.58383.8037
43.1165-0.2721-0.51351.84040.52183.8473-0.04750.07170.1960.0213-0.00820.0311-0.5844-0.15290.05570.19760.0624-0.00210.02380.01080.12359.791345.67093.9267
55.4347-2.725.82.5694-2.68416.2378-0.24680.20940.29670.1259-0.0293-0.3137-0.29180.25850.2760.1365-0.03670.00410.1327-0.01030.155427.02736.308710.3533
66.48151.90150.427510.7218-1.53213.5795-0.2376-0.24630.0360.1926-0.0767-0.43720.01090.24290.31430.07280.0132-0.06580.1166-0.00760.105735.524829.199223.3499
70.9653-0.73740.35571.9648-0.34822.6174-0.1693-0.1193-0.07020.27240.1641-0.043-0.1260.06160.00520.15020.0755-0.00650.08190.01220.114222.242528.182423.3563
81.1729-1.16051.00412.4749-0.97183.1513-0.3122-0.2359-0.07010.39860.4120.1813-0.3824-0.388-0.09980.24690.15560.02990.1260.01030.107312.495736.213523.6926
96.3101-0.2352-8.47735.53397.093919.71240.23620.00540.2164-0.0445-0.08310.073-0.3807-0.1285-0.15310.24560.0842-0.07540.0528-0.08520.174318.569952.721529.9105
106.09692.14210.29514.01940.89511.7443-0.1789-0.26610.12760.37190.24470.073-0.4745-0.1014-0.06580.35720.1445-0.02650.1074-0.04280.107316.143343.365327.7871
111.35743.3857-1.51858.4736-3.73191.91440.2066-0.1662-0.0280.4985-0.4091-0.0349-0.37550.08430.20250.37110.0461-0.05820.1485-0.11330.168620.403447.706239.2253
121.6078-0.6420.57481.9208-0.44492.9814-0.3083-0.1120.07640.39720.3109-0.0507-0.522-0.0319-0.00250.28730.1034-0.02910.0713-0.0390.114119.947538.110223.8963
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A53 - 58
2X-RAY DIFFRACTION2A59 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3A68 - 97
4X-RAY DIFFRACTION4A98 - 124
5X-RAY DIFFRACTION5A125 - 136
6X-RAY DIFFRACTION6A137 - 142
7X-RAY DIFFRACTION7A143 - 198
8X-RAY DIFFRACTION8A199 - 212
9X-RAY DIFFRACTION9A213 - 222
10X-RAY DIFFRACTION10A223 - 243
11X-RAY DIFFRACTION11A244 - 254
12X-RAY DIFFRACTION12A255 - 281

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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