+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 1ouw | ||||||
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Title | Crystal structure of Calystegia sepium agglutinin | ||||||
Components | lectin | ||||||
Keywords | SUGAR BINDING PROTEIN / beta-prism fold / agglutinin / lectin / mannose-binding / jacalin-related | ||||||
Function / homology | Function and homology information glucose binding / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / mannose binding / cell adhesion molecule binding / positive regulation of mitotic nuclear division / carbohydrate binding / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Calystegia sepium (hedge bindweed) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.37 Å | ||||||
Authors | Bourne, Y. / Roig-Zamboni, V. / Barre, A. / Peumans, W.J. / Astoul, C.H. / van Damme, E.J.M. / Rouge, P. | ||||||
Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2004 Title: The crystal structure of the Calystegia sepium agglutinin reveals a novel quaternary arrangement of lectin subunits with a beta-prism fold Authors: Bourne, Y. / Roig-Zamboni, V. / Barre, A. / Peumans, W.J. / Astoul, C.H. / Van Damme, E.J.M. / Rouge, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 1ouw.cif.gz | 133.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb1ouw.ent.gz | 110.6 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 1ouw.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/1ouw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ou/1ouw | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 15985.650 Da / Num. of mol.: 4 / Source method: isolated from a natural source / Source: (natural) Calystegia sepium (hedge bindweed) / References: UniProt: P93114 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | ChemComp-IMD / #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 1.69 Å3/Da / Density % sol: 26.44 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: 20-30% PEG 4K, 0.2 imidazole/malate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Crystal grow | *PLUS Temperature: 20 ℃ / pH: 7.4 / Method: vapor diffusion | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Components of the solutions | *PLUS
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-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID14-3 / Wavelength: 0.931 Å |
Detector | Type: MARRESEARCH / Detector: CCD / Date: Oct 7, 2000 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.931 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.37→25 Å / Num. obs: 92547 / % possible obs: 94 % / Redundancy: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rsym value: 0.022 / Net I/σ(I): 19.1 |
Reflection | *PLUS Num. measured all: 370064 / Rmerge(I) obs: 0.022 |
Reflection shell | *PLUS % possible obs: 91.2 % / Rmerge(I) obs: 0.168 / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.37→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 0.948 / SU ML: 0.038 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.06 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD / Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 10.992 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.37→25 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 1.37→1.405 Å / Total num. of bins used: 20 /
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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Refinement | *PLUS Lowest resolution: 25 Å / Num. reflection obs: 92538 / Rfactor Rfree: 0.182 / Rfactor Rwork: 0.154 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints | *PLUS
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