ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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XSCALE | | データスケーリング | PHENIX | | 精密化 | PDB_EXTRACT | 3.15 | データ抽出 | BALBES | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4PQ9 解像度: 1.6→36.83 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.72 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1706 | 2068 | 8.47 % |
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Rwork | 0.1401 | 22352 | - |
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obs | 0.1427 | 24420 | 94.83 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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原子変位パラメータ | Biso max: 51.88 Å2 / Biso mean: 13.5548 Å2 / Biso min: 4.02 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→36.83 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1635 | 0 | 1 | 259 | 1895 |
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Biso mean | - | - | 6.85 | 26.03 | - |
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残基数 | - | - | - | - | 207 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.008 | 1704 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.157 | 2337 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.057 | 224 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.006 | 305 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d12.408 | 570 | | | | | |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Num. reflection all | % reflection obs (%) |
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1.6-1.6371 | 0.2053 | 109 | 0.1606 | 1325 | 1434 | 83 | 1.6371-1.6781 | 0.1843 | 136 | 0.1454 | 1297 | 1433 | 85 | 1.6781-1.7235 | 0.1874 | 129 | 0.1417 | 1377 | 1506 | 87 | 1.7235-1.7742 | 0.1833 | 125 | 0.1387 | 1373 | 1498 | 89 | 1.7742-1.8314 | 0.1727 | 126 | 0.1402 | 1435 | 1561 | 91 | 1.8314-1.8969 | 0.1768 | 128 | 0.1403 | 1488 | 1616 | 94 | 1.8969-1.9728 | 0.1814 | 145 | 0.1404 | 1482 | 1627 | 95 | 1.9728-2.0626 | 0.1846 | 132 | 0.1415 | 1544 | 1676 | 98 | 2.0626-2.1714 | 0.176 | 157 | 0.1414 | 1542 | 1699 | 99 | 2.1714-2.3074 | 0.1695 | 163 | 0.143 | 1546 | 1709 | 100 | 2.3074-2.4855 | 0.1791 | 144 | 0.1514 | 1575 | 1719 | 100 | 2.4855-2.7355 | 0.1836 | 135 | 0.1589 | 1579 | 1714 | 100 | 2.7355-3.1312 | 0.1974 | 165 | 0.1524 | 1548 | 1713 | 100 | 3.1312-3.9443 | 0.1427 | 137 | 0.1239 | 1606 | 1743 | 100 | 3.9443-36.8396 | 0.132 | 137 | 0.1253 | 1635 | 1772 | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION ID | L11 (°2) | L12 (°2) | L13 (°2) | L22 (°2) | L23 (°2) | L33 (°2) | S11 (Å °) | S12 (Å °) | S13 (Å °) | S21 (Å °) | S22 (Å °) | S23 (Å °) | S31 (Å °) | S32 (Å °) | S33 (Å °) | T11 (Å2) | T12 (Å2) | T13 (Å2) | T22 (Å2) | T23 (Å2) | T33 (Å2) | Origin x (Å) | Origin y (Å) | Origin z (Å) |
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1 | 0.7197 | -0.1074 | 0.0261 | 1.4265 | 0.3741 | 1.2446 | -0.0312 | 0.1564 | -0.088 | -0.1568 | 0.0205 | -0.0442 | 0.0034 | 0.0535 | 0.0427 | 0.0614 | -0.0143 | 0.0094 | 0.0851 | -0.02 | 0.0769 | -4.0374 | -15.1274 | 61.6231 | 2 | 1.3558 | -0.6543 | -0.0045 | 1.183 | 0.4138 | 1.2139 | -0.0336 | 0.0132 | 0.0908 | 0.0628 | 0.0576 | -0.1879 | -0.1068 | 0.1523 | 0.018 | 0.0539 | -0.0127 | 0.0004 | 0.0715 | 0.0089 | 0.0786 | 7.445 | -8.4632 | 73.0936 | 3 | 0.7529 | 0.1213 | 0.0166 | 0.9271 | 0.306 | 0.6069 | -0.0247 | -0.0239 | -0.0328 | 0.0778 | 0.0197 | 0.0453 | -0.0204 | 0.0274 | 0.0036 | 0.0583 | 0.0004 | 0.0041 | 0.0582 | 0.0047 | 0.0463 | -0.7668 | -7.7028 | 74.1616 |
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精密化 TLSグループ | ID | Refine-ID | Refine TLS-ID | Selection details | Auth asym-ID | Auth seq-ID |
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1 | X-RAY DIFFRACTION | 1 | chain 'A' and (resid 47 through 140 )A0 | 2 | X-RAY DIFFRACTION | 2 | chain 'A' and (resid 141 through 190 )A0 | 3 | X-RAY DIFFRACTION | 3 | chain 'A' and (resid 191 through 275 )A0 | | | | | | |
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