PDB-4xxp: Crystal Structure of an Uncharacterized Protein (Rv0315 ortholog)...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xxp

タイトル

Crystal Structure of an Uncharacterized Protein (Rv0315 ortholog) from Mycobacterium paratuberculosis

要素

Putative uncharacterized protein (Rv0315 ortholog)

キーワード

HYDROLASE / SSGCID / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium paratuberculosis (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.6 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of an Uncharacterized Protein (Rv0315 ortholog) from Mycobacterium paratuberculosis
著者: SSGCID / Dranow, D.M. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2015年1月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年2月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年11月22日	Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xxp.cif.gz	105 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xxp.ent.gz	76 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xxp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xx/4xxp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4pq9S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6zq3-d 4ybm-2 5epp-d 5idk-2 1iac-d 1wvu-1 4pnr-1 4u01-9 5mll-1 3e1g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-MypaA.18623.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#124 - 2010年4月コンカナバリンAと循環置換 (Concanavalin A and Circular Permutation) 類似性 (3) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Putative uncharacterized protein (Rv0315 ortholog)

ヘテロ分子

28.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.030, 49.530, 55.310
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.210, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

biological unit is a monomer, same as the asymmetric unit

#1: タンパク質	Putative uncharacterized protein (Rv0315 ortholog) 分子量: 28083.885 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium paratuberculosis (strain ATCC BAA-968 / K-10) (バクテリア) 株: ATCC BAA-968 / K-10 / 遺伝子: MAP_1661c / プラスミド: MypaA.18623.a.B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q73ZE2
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 259 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 29.72 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: JCSG+(c1): 20% PEG-8000, 100mM Sodium phosphate dibasic/ citric acid, pH=4.2, 200mM Sodium Chloride mixed with MypaA.18623.a.B2.PS01983 at 26.32 mg/ml, tray 252788c1258195b4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月31日

放射

モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 24420 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12 % / B_iso Wilson estimate: 10.02 Å² / R_merge F obs: 1 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.046 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 35.5 / Num. measured all: 293026

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.6-1.64		7.4	0.974	0.21	8.04	11808	1900	1586	0.225	83.5
1.64-1.69			0.985	0.181	10.31	14179	1836	1570	0.191	85.5
1.69-1.74			0.987	0.162	11.46	14183	1784	1557	0.171	87.3
1.74-1.79			0.993	0.131	13.96	14583	1754	1576	0.138	89.9
1.79-1.85			0.995	0.115	15.77	14634	1694	1554	0.122	91.7
1.85-1.91			0.997	0.097	19.18	15055	1664	1567	0.102	94.2
1.91-1.98			0.998	0.078	23.57	14703	1558	1498	0.082	96.1
1.98-2.07			0.998	0.066	28.32	14852	1522	1494	0.069	98.2
2.07-2.16			0.998	0.061	31.94	14712	1448	1437	0.064	99.2
2.16-2.26			0.999	0.057	35.74	14852	1405	1404	0.06	99.9
2.26-2.39			0.999	0.054	39.61	16249	1325	1321	0.057	99.7
2.39-2.53			0.999	0.051	44.56	16626	1259	1258	0.053	99.9
2.53-2.7			0.999	0.047	48.41	16346	1173	1173	0.049	100
2.7-2.92			0.999	0.044	53.02	16524	1127	1123	0.046	99.6
2.92-3.2			0.999	0.039	62.97	16286	998	998	0.041	100
3.2-3.58			1	0.036	80.52	18220	934	934	0.037	100
3.58-4.13			1	0.033	87.2	17140	824	824	0.034	100
4.13-5.06			1	0.029	89.47	14626	701	700	0.03	99.9
5.06-7.16			1	0.035	85.44	11492	543	543	0.035	100
	7.16		1	0.037	86.16	5956	306	303	0.038	99

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX		精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PQ9

4pq9

解像度: 1.6→36.83 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.72 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1706	2068	8.47 %
R_work	0.1401	22352	-
obs	0.1427	24420	94.83 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 51.88 Å² / B_iso mean: 13.5548 Å² / B_iso min: 4.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.6→36.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1635	0	1	259	1895
B_iso mean	-	-	6.85	26.03	-
残基数	-	-	-	-	207

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	1704
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.157	2337
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	224
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	305
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.408	570

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.6-1.6371	0.2053	109	0.1606	1325	1434	83
1.6371-1.6781	0.1843	136	0.1454	1297	1433	85
1.6781-1.7235	0.1874	129	0.1417	1377	1506	87
1.7235-1.7742	0.1833	125	0.1387	1373	1498	89
1.7742-1.8314	0.1727	126	0.1402	1435	1561	91
1.8314-1.8969	0.1768	128	0.1403	1488	1616	94
1.8969-1.9728	0.1814	145	0.1404	1482	1627	95
1.9728-2.0626	0.1846	132	0.1415	1544	1676	98
2.0626-2.1714	0.176	157	0.1414	1542	1699	99
2.1714-2.3074	0.1695	163	0.143	1546	1709	100
2.3074-2.4855	0.1791	144	0.1514	1575	1719	100
2.4855-2.7355	0.1836	135	0.1589	1579	1714	100
2.7355-3.1312	0.1974	165	0.1524	1548	1713	100
3.1312-3.9443	0.1427	137	0.1239	1606	1743	100
3.9443-36.8396	0.132	137	0.1253	1635	1772	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7197	-0.1074	0.0261	1.4265	0.3741	1.2446	-0.0312	0.1564	-0.088	-0.1568	0.0205	-0.0442	0.0034	0.0535	0.0427	0.0614	-0.0143	0.0094	0.0851	-0.02	0.0769	-4.0374	-15.1274	61.6231
2	1.3558	-0.6543	-0.0045	1.183	0.4138	1.2139	-0.0336	0.0132	0.0908	0.0628	0.0576	-0.1879	-0.1068	0.1523	0.018	0.0539	-0.0127	0.0004	0.0715	0.0089	0.0786	7.445	-8.4632	73.0936
3	0.7529	0.1213	0.0166	0.9271	0.306	0.6069	-0.0247	-0.0239	-0.0328	0.0778	0.0197	0.0453	-0.0204	0.0274	0.0036	0.0583	0.0004	0.0041	0.0582	0.0047	0.0463	-0.7668	-7.7028	74.1616

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 47 through 140 )	A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 141 through 190 )	A
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 191 through 275 )	A

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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