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- PDB-4xwf: Crystal structure of the ZMP riboswitch at 1.80 angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xwf
タイトルCrystal structure of the ZMP riboswitch at 1.80 angstrom
要素pfl RNA
キーワードRNA / Riboswitch / ZMP / AICAR
機能・相同性AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / CACODYLATE ION / IRIDIUM HEXAMMINE ION / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Actinomyces odontolyticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Trausch, J.J. / Batey, R.T.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM073850 米国
引用ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Metal Ion-Mediated Nucleobase Recognition by the ZTP Riboswitch.
著者: Trausch, J.J. / Marcano-Velazquez, J.G. / Matyjasik, M.M. / Batey, R.T.
履歴
登録2015年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references ...Author supporting evidence / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support ...citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: pfl RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,50810
ポリマ－20,7821
非ポリマー1,7269
水1,928107
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)40.160, 40.160, 234.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-253-

HOH

21A-254-

HOH

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要素

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RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 pfl RNA


分子量: 20782.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinomyces odontolyticus (バクテリア)
発現宿主: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

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非ポリマー , 5種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-AMZ / AMINOIMIDAZOLE 4-CARBOXAMIDE RIBONUCLEOTIDE / AICAR / AICAR


分子量: 338.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N4O8P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-IRI / IRIDIUM HEXAMMINE ION


分子量: 294.400 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: H18IrN6
#5: 化合物 ChemComp-CAC / CACODYLATE ION / dimethylarsinate / ジメチルアルシン酸アニオン


分子量: 136.989 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6AsO2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.02 %
結晶化温度: 303.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 8K, ammonium acetate, magnesium acetate, cacodylate
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.99995 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99995 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→40.26 Å / Num. obs: 19001 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.8→1.84 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. measured obs: 1119 / CC1/2: 0.796 / Rpim(I) all: 0.471 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
MOSFLMデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XW7

4xw7


解像度: 1.8→25.751 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2493 3248 10 %
Rwork0.2096 --
obs0.2137 32475 95.45 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→25.751 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1379 58 107 1544
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061594
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2012508
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.322767
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049325
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00866
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.82690.37131380.32091288X-RAY DIFFRACTION94
1.8269-1.85540.34911400.31181199X-RAY DIFFRACTION95
1.8554-1.88580.33661490.29331269X-RAY DIFFRACTION95
1.8858-1.91830.38211400.30011286X-RAY DIFFRACTION95
1.9183-1.95320.29991390.29671276X-RAY DIFFRACTION95
1.9532-1.99070.34871430.28551250X-RAY DIFFRACTION95
1.9907-2.03140.35551450.27841279X-RAY DIFFRACTION96
2.0314-2.07550.30331410.27351223X-RAY DIFFRACTION95
2.0755-2.12380.37471460.27841294X-RAY DIFFRACTION96
2.1238-2.17690.26951420.26681277X-RAY DIFFRACTION96
2.1769-2.23570.36981350.28491321X-RAY DIFFRACTION96
2.2357-2.30140.25161360.25721251X-RAY DIFFRACTION95
2.3014-2.37570.32331380.26071281X-RAY DIFFRACTION95
2.3757-2.46050.32311340.25611257X-RAY DIFFRACTION96
2.4605-2.55890.32841410.24861269X-RAY DIFFRACTION96
2.5589-2.67530.31891390.26331289X-RAY DIFFRACTION95
2.6753-2.81620.27371430.26841254X-RAY DIFFRACTION95
2.8162-2.99240.35651430.25481274X-RAY DIFFRACTION96
2.9924-3.2230.23761440.19421276X-RAY DIFFRACTION97
3.223-3.54660.18821440.16551300X-RAY DIFFRACTION97
3.5466-4.05810.15851440.14981285X-RAY DIFFRACTION96
4.0581-5.10620.17281450.13131252X-RAY DIFFRACTION95
5.1062-25.7540.19311390.15911277X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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