PDB-4xw0: Crystal structure of (GCCU(G-LNA)CCUGC)2 duplex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xw0

タイトル

Crystal structure of (GCCU(G-LNA)CCUGC)2 duplex

要素

RNA (5'-R(*GP*CP*CP*UP*(LCG)P*CP*CP*UP*GP*C)-3')

キーワード

RNA / CCUG repeats / RNA duplex / Myotonic Dystrophy type 2 / tautomery / LNA residue / 3' overhanging nucleotides

機能・相同性

RNA

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.81 Å

データ登録者

Kiliszek, A. / Banaszak, K. / Rypniewski, W.

資金援助

ポーランド, 1件

引用

ジャーナル: Rna / 年: 2016
タイトル: Watson-Crick-like pairs in CCUG repeats: evidence for tautomeric shifts or protonation.
著者: Rypniewski, W. / Banaszak, K. / Kulinski, T. / Kiliszek, A.

履歴

登録	2015年1月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年1月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xw0.cif.gz	22.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xw0.ent.gz	14.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xw0_validation.pdf.gz	412.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xw0_full_validation.pdf.gz	414.4 KB	表示
XML形式データ	4xw0_validation.xml.gz	3.5 KB	表示
CIF形式データ	4xw0_validation.cif.gz	4.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xw/4xw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xw1C 3glpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2ytr-d 2lfm-d 2fdq-2 1hb8-2 5jn6-d 4bdw-d 1hb8-1 1utg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*UP*(LCG)P*CP*CP*UP*GP*C)-3')

B: RNA (5'-R(*GP*CP*CP*UP*(LCG)P*CP*CP*UP*GP*C)-3')

ヘテロ分子

6.47 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	26.910, 26.910, 80.505
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPCPCPUP(LCG)PCPCPUPGPC)-3') 分子量: 3140.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: RNA oligomer / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.98 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 40 mM magnesium sulphate, HEPES and 1.3 M lithium sulphate PH範囲: 7

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.81→27 Å / Num. obs: 5249 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / B_iso Wilson estimate: 40.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 17.66
反射シェル	解像度: 1.81→1.92 Å / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 1.355 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3GLP

3glp

解像度: 1.81→26.91 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 36.36 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2984	524	10 %	Random selection
R_work	0.2237	-	-	-
obs	0.2298	5239	99.43 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 47.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.81→26.91 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	397	10	22	429

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	478
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.497	743
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.957	224
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	96
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	20

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8066-1.9882	0.3712	129	0.3495	1156	X-RAY DIFFRACTION	89
1.9882-2.2755	0.3189	131	0.2962	1181	X-RAY DIFFRACTION	90
2.2755-2.8653	0.3786	131	0.2981	1183	X-RAY DIFFRACTION	90
2.8653-19	0.2566	133	0.1729	1189	X-RAY DIFFRACTION	89

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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