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- PDB-2fdq: crystal structure of ACBP from Armadillo Harderian Gland -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2fdq
タイトルcrystal structure of ACBP from Armadillo Harderian Gland
要素Acyl-CoA-binding protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / ACBP / Diazepam binding inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acyl-CoA binding / fatty acid metabolic process / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA-binding protein, ACBP, conserved site / Acyl-CoA-binding (ACB) domain signature. / Acyl-CoA-binding protein, ACBP / Acyl-CoA binding protein superfamily / Acyl CoA binding protein / Acyl-CoA-binding (ACB) domain profile. / Acyl-CoA Binding Protein - #10 / Acyl-CoA Binding Protein / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetophractus villosus (アラゲアルマジロ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Costabel, M.D. / Guerin, D.M.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2006
タイトル: Structure of armadillo ACBP: a new member of the acyl-CoA-binding protein family.
著者: Costabel, M.D. / Ermacora, M.R. / Santome, J.A. / Alzari, P.M. / Guerin, D.M.
履歴
登録2005年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02006年10月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA-binding protein
B: Acyl-CoA-binding protein
C: Acyl-CoA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,7253
ポリマ－29,7253
非ポリマー00
水66737
1
A: Acyl-CoA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9081
ポリマ－9,9081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acyl-CoA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9081
ポリマ－9,9081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Acyl-CoA-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,9081
ポリマ－9,9081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)49.110, 49.110, 130.480
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA-binding protein / ACBP / EP


分子量: 9908.234 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Harderian gland
由来: (天然) Chaetophractus villosus (アラゲアルマジロ)
参照: UniProt: P82934
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 24% PEG6000, 5% NaCl, 10mM TrisHCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2001年6月20日
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→24.56 Å / Num. all: 3911 / Num. obs: 3901 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.5→3.62 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.701データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB Entry: 1HB8

1hb8


解像度: 3.5→24 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 200 5.1 %random
Rwork0.197 ---
all0.244 3901 --
obs0.228 3772 96.6 %-
溶媒の処理Bsol: 10 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 29.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2088 0 0 37 2125
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:HOHer_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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