PDB-4xup: Structure of the N-terminal CBM22-1-CBM22-2 tandem domain from Pa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xup

タイトル

Structure of the N-terminal CBM22-1-CBM22-2 tandem domain from Paenibacillus barcinonensis Xyn10C

要素

Endo-1,4-beta-xylanase C

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Binding Site / Carbohydrates / Enzyme Stability / Substrate Specificity / Endo-1 / 4-beta-xylanase / Xylan-binding domain / Thermophilic enzymes / Thermostabilizing Domains

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus barcinonensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.43 Å

データ登録者

Sainz-Polo, M.A. / Sanz-Aparicio, J.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Exploring Multimodularity in Plant Cell Wall Deconstruction: STRUCTURAL AND FUNCTIONAL ANALYSIS OF Xyn10C CONTAINING THE CBM22-1-CBM22-2 TANDEM.
著者: Sainz-Polo, M.A. / Gonzalez, B. / Menendez, M. / Pastor, F.I. / Sanz-Aparicio, J.

履歴

登録	2015年1月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月22日	Group: Database references
改定 1.2	2018年4月18日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xup.cif.gz	323 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xup.ent.gz	260.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/4xup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/4xup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4w8lC 4xunC 4xuoC 4xuqC 4xurC 4xutC 1dyoS 2w5fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7lmk-2 4gbs-d 2ygm-2 5lc2-d 4w6m-2 5wig-d 3c3s-d 2qkc-d 2qka-d 6f5f-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endo-1,4-beta-xylanase C

B: Endo-1,4-beta-xylanase C

C: Endo-1,4-beta-xylanase C

D: Endo-1,4-beta-xylanase C

E: Endo-1,4-beta-xylanase C

F: Endo-1,4-beta-xylanase C

ヘテロ分子

220 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Endo-1,4-beta-xylanase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Endo-1,4-beta-xylanase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Endo-1,4-beta-xylanase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Endo-1,4-beta-xylanase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.7 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Endo-1,4-beta-xylanase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Endo-1,4-beta-xylanase C

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
36.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	84.170, 110.359, 118.522
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.63, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	THR	THR	A	A	2 - 332	2 - 332
2	1	ALA	ALA	THR	THR	B	B	2 - 332	2 - 332
1	2	SER	SER	PRO	PRO	A	A	3 - 160	3 - 160
2	2	SER	SER	PRO	PRO	C	C	3 - 160	3 - 160
1	3	ALA	ALA	THR	THR	A	A	2 - 332	2 - 332
2	3	ALA	ALA	THR	THR	D	D	2 - 332	2 - 332
1	4	ALA	ALA	GLU	GLU	A	A	4 - 161	4 - 161
2	4	ALA	ALA	GLU	GLU	E	E	4 - 161	4 - 161
1	5	ALA	ALA	THR	THR	A	A	2 - 332	2 - 332
2	5	ALA	ALA	THR	THR	F	F	2 - 332	2 - 332
1	6	SER	SER	PRO	PRO	B	B	3 - 160	3 - 160
2	6	SER	SER	PRO	PRO	C	C	3 - 160	3 - 160
1	7	ALA	ALA	THR	THR	B	B	2 - 332	2 - 332
2	7	ALA	ALA	THR	THR	D	D	2 - 332	2 - 332
1	8	ALA	ALA	GLU	GLU	B	B	4 - 161	4 - 161
2	8	ALA	ALA	GLU	GLU	E	E	4 - 161	4 - 161
1	9	ALA	ALA	THR	THR	B	B	2 - 332	2 - 332
2	9	ALA	ALA	THR	THR	F	F	2 - 332	2 - 332
1	10	SER	SER	PRO	PRO	C	C	3 - 160	3 - 160
2	10	SER	SER	PRO	PRO	D	D	3 - 160	3 - 160
1	11	ALA	ALA	PRO	PRO	C	C	4 - 160	4 - 160
2	11	ALA	ALA	PRO	PRO	E	E	4 - 160	4 - 160
1	12	SER	SER	PRO	PRO	C	C	3 - 160	3 - 160
2	12	SER	SER	PRO	PRO	F	F	3 - 160	3 - 160
1	13	ALA	ALA	GLN	GLN	D	D	4 - 171	4 - 171
2	13	ALA	ALA	GLU	GLU	E	E	4 - 161	4 - 161
1	14	ALA	ALA	THR	THR	D	D	2 - 332	2 - 332
2	14	ALA	ALA	THR	THR	F	F	2 - 332	2 - 332
1	15	ALA	ALA	GLU	GLU	E	E	4 - 161	4 - 161
2	15	ALA	ALA	GLU	GLU	F	F	4 - 161	4 - 161

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Endo-1,4-beta-xylanase C / Xylanase C / 1 / 4-beta-D-xylan xylanohydrolase C 分子量: 36568.238 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 28-361 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus barcinonensis (バクテリア) 遺伝子: xynC / プラスミド: pGEX-4T-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O69230, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 23% PEG 3350, 0.2 M Calcium chloride, 0.1 M Bis Tris propane pH 5.5 Additive: 2% 1,6-Hexanediol Ratio (protein/precipitant/additive): 0.5/2/0.3 with streak seeding starting from spherulites.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.979235 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月9日
放射	モノクロメーター: Si(311) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979235 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.43→118.52 Å / Num. obs: 81116 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6.3 % / B_iso Wilson estimate: 37.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.13 / R_sym value: 0.085 / Net I/av σ(I): 4.8 / Net I/σ(I): 8.6 / Num. measured all: 510618
反射シェル	解像度: 2.43→2.48 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / Num. unique all: 5568 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1DYO and 2w5f

1dyo

2w5f

解像度: 2.43→118.52 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 11.54 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.384 / ESU R Free: 0.265 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26495	4072	5 %	RANDOM
R_work	0.22687	-	-	-
obs	0.22879	77022	99.28 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.706 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.12 Å²	0 Å²	-1.17 Å²
2-	-	-2.43 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.43→118.52 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12488	0	22	30	12540

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.019	12732
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	11801
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.535	1.943	17274
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.967	3	27187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.985	5	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.587	25.441	601
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.507	15	2118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.023	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	1926
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	14699
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	2871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.564	4.712	6450
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.563	4.711	6449
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.407	7.059	8045
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.407	7.06	8046
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.104	5.043	6282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.103	5.043	6282
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.359	7.403	9230
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	8.415	36.663	13310
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	8.415	36.665	13310
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	37190	0.09
1	2	B	37190	0.09
2	1	A	17918	0.11
2	2	C	17918	0.11
3	1	A	37128	0.1
3	2	D	37128	0.1
4	1	A	18252	0.09
4	2	E	18252	0.09
5	1	A	37438	0.09
5	2	F	37438	0.09
6	1	B	17876	0.11
6	2	C	17876	0.11
7	1	B	38138	0.07
7	2	D	38138	0.07
8	1	B	18328	0.09
8	2	E	18328	0.09
9	1	B	38062	0.07
9	2	F	38062	0.07
10	1	C	17912	0.11
10	2	D	17912	0.11
11	1	C	17926	0.11
11	2	E	17926	0.11
12	1	C	17944	0.11
12	2	F	17944	0.11
13	1	D	18228	0.1
13	2	E	18228	0.1
14	1	D	37908	0.08
14	2	F	37908	0.08
15	1	E	18214	0.1
15	2	F	18214	0.1

LS精密化シェル

解像度: 2.43→2.493 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.349	263	-
R_work	0.342	5705	-
obs	-	-	99.3 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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