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- PDB-4xt2: Crystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xt2
タイトルCrystal structure of the high affinity heterodimer of HIF2 alpha and ARNT C-terminal PAS domains in complex with a tetrazole-containing antagonist
要素
  • Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
  • Endothelial PAS domain-containing protein 1
キーワードTRANSCRIPTION / transcription factor / Hypoxia Inducible Factor / inhibitor / cancer
機能・相同性
機能・相同性情報


myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / Cellular response to hypoxia / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of protein neddylation / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation ...myoblast fate commitment / nuclear aryl hydrocarbon receptor complex / Aryl hydrocarbon receptor signalling / positive regulation of hormone biosynthetic process / aryl hydrocarbon receptor complex / Cellular response to hypoxia / Transcriptional regulation of pluripotent stem cells / regulation of protein neddylation / PTK6 Expression / positive regulation of protein sumoylation / norepinephrine metabolic process / Xenobiotics / surfactant homeostasis / Phase I - Functionalization of compounds / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / epithelial cell maturation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / aryl hydrocarbon receptor binding / blood vessel remodeling / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / Endogenous sterols / embryonic placenta development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / positive regulation of endothelial cell proliferation / NPAS4 regulates expression of target genes / visual perception / regulation of heart rate / Pexophagy / erythrocyte differentiation / positive regulation of erythrocyte differentiation / positive regulation of glycolytic process / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / mitochondrion organization / lung development / mRNA transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator binding / PPARA activates gene expression / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / negative regulation of inflammatory response / RNA polymerase II transcription regulator complex / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Neddylation / positive regulation of cold-induced thermogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to oxidative stress / angiogenesis / cellular response to hypoxia / transcription regulator complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / response to oxidative stress / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / response to hypoxia / nuclear speck / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / : / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif ...Hypoxia-inducible factor 1-alpha bHLH domain / HIF-1 alpha, transactivation domain, C-terminal / HIF-1 alpha C terminal transactivation domain / : / Hypoxia-inducible factor, alpha subunit-like / Hypoxia-inducible factor-1 / Nuclear translocator / PAS fold / Helix-loop-helix DNA-binding domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / PAS domain / PAS domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / Beta-Lactamase / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-43L / Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / Endothelial PAS domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.698 Å
データ登録者Scheuermann, T.H. / Gardner, K.H.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP130513 米国
National Institutes of Health/National Cancer Institute (NIH/NCI)P01 CA95471 米国
Cancer Prevention and Research Institute of Texas (CPRIT)RP100846 米国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Isoform-Selective and Stereoselective Inhibition of Hypoxia Inducible Factor-2.
著者: Scheuermann, T.H. / Stroud, D. / Sleet, C.E. / Bayeh, L. / Shokri, C. / Wang, H. / Caldwell, C.G. / Longgood, J. / MacMillan, J.B. / Bruick, R.K. / Gardner, K.H. / Tambar, U.K.
履歴
登録2015年1月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月23日Group: Refinement description
改定 1.22017年9月6日Group: Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
D: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
C: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4336
ポリマ－55,5634
非ポリマー8702
水5,585310
1
B: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
A: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2173
ポリマ－27,7812
非ポリマー4351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1970 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11130 Å2
手法PISA
2
D: Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator
C: Endothelial PAS domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2173
ポリマ－27,7812
非ポリマー4351
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.253, 84.390, 82.784
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.39, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator / ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear ...ARNT protein / Class E basic helix-loop-helix protein 2 / bHLHe2 / Dioxin receptor / nuclear translocator / Hypoxia-inducible factor 1-beta / HIF1-beta


分子量: 14243.098 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal PAS domain (UNP residues 342-456) / 変異: E362R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ARNT, BHLHE2 / プラスミド: pHIS-GB1 Con29 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P27540
#2: タンパク質 Endothelial PAS domain-containing protein 1 / EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / ...EPAS-1 / Basic-helix-loop-helix-PAS protein MOP2 / Class E basic helix-loop-helix protein 73 / bHLHe73 / HIF-1-alpha-like factor / HLF / Hypoxia-inducible factor 2-alpha / HIF2-alpha / Member of PAS protein 2 / PAS domain-containing protein 2


分子量: 13538.300 Da / 分子数: 2 / 断片: C-terminal PAS domain (UNP residues 239-350) / 変異: R247E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPAS1, BHLHE73, HIF2A, MOP2, PASD2 / プラスミド: pHIS-GB1 Con30 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99814
#3: 化合物 ChemComp-43L / (5S,7R)-5,7-bis(3-bromophenyl)-4,5,6,7-tetrahydrotetrazolo[1,5-a]pyrimidine / (5S,7R)-5,7-ジ(3-ブロモフェニル)-4,5,6,7-テトラヒドロテトラゾロ[1,5-a]ピリミジン


分子量: 435.116 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H13Br2N5
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 310 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 uL 500 uM protein against 100 mM Bis-Tris, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97926 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月15日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97926 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.698→50 Å / Num. obs: 54343 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 18.3
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.562 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000v704データ削減
HKL-2000v704データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3F1P

3f1p


解像度: 1.698→41.688 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 2741 5.04 %
Rwork0.1593 --
obs0.161 54336 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.698→41.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3682 0 46 310 4038
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0113923
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3455322
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1421459
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.083564
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006687
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6983-1.72760.22571390.2232525X-RAY DIFFRACTION97
1.7276-1.7590.27681290.2152597X-RAY DIFFRACTION100
1.759-1.79290.29951350.19762531X-RAY DIFFRACTION100
1.7929-1.82950.20171500.19132592X-RAY DIFFRACTION100
1.8295-1.86920.20581440.17552541X-RAY DIFFRACTION100
1.8692-1.91270.23741340.16892585X-RAY DIFFRACTION100
1.9127-1.96060.20141430.15532578X-RAY DIFFRACTION100
1.9606-2.01360.20571430.15492575X-RAY DIFFRACTION100
2.0136-2.07280.15711270.14942588X-RAY DIFFRACTION100
2.0728-2.13970.18371450.14952563X-RAY DIFFRACTION100
2.1397-2.21620.19151230.14942581X-RAY DIFFRACTION100
2.2162-2.30490.22511300.15142591X-RAY DIFFRACTION100
2.3049-2.40980.19341490.14522580X-RAY DIFFRACTION100
2.4098-2.53680.17981200.1492598X-RAY DIFFRACTION100
2.5368-2.69580.1681380.15152590X-RAY DIFFRACTION100
2.6958-2.90390.19951480.16132577X-RAY DIFFRACTION100
2.9039-3.1960.17411300.16372590X-RAY DIFFRACTION100
3.196-3.65820.18561480.15662587X-RAY DIFFRACTION100
3.6582-4.6080.15281270.13252624X-RAY DIFFRACTION100
4.608-41.70040.20881390.18312602X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22660.4313-0.43898.0595-3.88266.2630.0720.13010.48020.1317-0.27330.0737-0.74250.18680.02150.2055-0.0164-0.00920.14380.03010.172914.7679-10.914315.7687
22.82350.0486-1.1664.1719-0.08214.36020.05220.2525-0.0726-0.144-0.04440.4804-0.0225-0.4562-0.07780.0828-0.0079-0.00750.1569-0.02260.167410.0598-19.224215.7742
37.33941.2325-3.23481.51230.02394.3814-0.2354-0.1483-0.2130.0432-0.06880.2820.3643-0.160.29030.1486-0.02950.01210.0994-0.01510.152416.4375-26.283514.769
41.958-0.53980.63186.43575.16966.8599-0.1506-0.4555-0.2420.31730.12660.08940.32280.1662-0.01340.1036-0.00560.0020.19040.05090.120126.3839-24.566721.5121
50.7042-0.0596-1.59864.3688-3.41517.50520.1452-0.7380.03030.3689-0.4602-0.0877-0.08960.8531-0.640.2118-0.009-0.010.4554-0.05980.0925.0195-14.269931.2931
62.7112-0.551-2.05252.4841-0.16321.9791-0.12170.215-0.2588-0.18850.09680.05650.0865-0.08990.04390.1105-0.021-0.00420.13180.01470.086620.395-20.8769.177
71.8624-0.1142-2.49461.05610.43433.40280.111-0.13660.07940.05170.11870.0619-0.15440.1009-0.1190.0829-0.0001-0.00050.14920.01670.090221.4795-16.263417.1216
80.4626-0.2071-1.0422.65113.84647.35310.05770.0598-0.0701-0.1596-0.091-0.09160.53850.30120.07350.34520.06030.08390.28010.02140.167512.9026-17.523238.6037
92.2451-0.4284-2.63662.7015-1.25386.96080.2484-0.05490.2356-0.00330.04640.0449-0.3408-0.0237-0.3140.0753-0.0202-0.0140.1035-0.00860.083821.3626-13.315514.7028
103.8083-0.5734-0.47036.39231.63267.22980.1004-0.1250.1468-0.0832-0.0286-0.2357-0.1159-0.0554-0.08890.0626-0.01790.020.1182-0.00610.10249.0531-17.345119.0095
111.5990.36680.01522.49651.32594.0371-0.0266-0.10790.03720.17320.068-0.3298-0.0060.6227-0.04830.0943-0.0054-0.02060.1856-0.01020.14656.2461-17.148824.6453
128.7571-0.9277-8.1580.81880.04328.9475-0.52940.2119-0.0776-0.0990.22450.08371.0777-0.13630.30830.2034-0.0155-0.00470.13570.01920.126448.2517-26.335824.2182
133.1103-0.73381.75615.8578-4.29493.68920.1187-0.01-0.33-0.01310.15880.17250.2413-0.0682-0.28660.1045-0.03690.00230.13670.00410.165937.0261-23.868319.8848
140.6163-0.35120.2291.7599-1.57464.5025-0.0323-0.0531-0.07470.19370.14140.0234-0.1988-0.0604-0.08930.1007-0.03020.02150.1406-0.00490.105942.9189-17.552425.1198
150.1739-0.1818-0.51520.47920.64158.33130.05510.01920.06290.0972-0.00340.01280.1693-0.38110.00270.1043-0.02380.02070.1555-0.02020.092646.2143-14.933213.888
162.2162-0.5652-0.46834.64050.69044.42660.1110.0647-0.0081-0.1566-0.04090.5666-0.0341-0.4691-0.06140.134-0.0006-0.02620.1615-0.01320.24525.071-5.288526.4749
171.8981-2.3918-1.87034.92791.52793.0407-0.0951-0.26090.12440.09050.373-0.2492-0.21080.2951-0.19390.1503-0.0309-0.02020.1786-0.0290.15613.1081.643430.2313
183.5964-1.3950.13224.66611.47222.658-0.0045-0.10140.20720.31660.30710.4419-0.2681-0.2259-0.2610.18490.03410.04070.13740.05390.2147.8322-4.013231.1387
193.3249-1.2437-0.2064.68110.13022.10790.16520.3806-0.0712-0.3531-0.0053-0.37690.08310.3702-0.06860.1187-0.01980.00820.2191-0.03670.17857.2621-10.22817.4607
205.80960.6708-2.38513.97181.16593.70550.049-0.068-0.01830.25770.0078-0.3823-0.00140.2094-0.0640.1342-0.0535-0.03250.12960.0170.190158.7904-2.40615.0214
214.15490.87441.05195.1393-3.98737.9126-0.08560.17030.05420.0526-0.0399-0.2959-0.15440.08370.09240.1392-0.03030.01660.0864-0.01650.163256.34956.8512.1293
224.36091.6375-0.74213.5079-0.44232.4341-0.02370.05780.0955-0.18960.10340.2108-0.4075-0.1417-0.08750.17370.0136-0.01780.1493-0.00320.116949.54083.85035.4267
238.27492.2799-6.07073.3545-2.46886.5703-0.0143-0.01620.0999-0.13070.04990.018-0.07610.0878-0.05290.0968-0.0292-0.00750.1444-0.01690.098749.5097-2.38037.3852
243.1670.8628-1.88673.798-2.48476.5892-0.4482-1.0979-0.0381.08220.34630.82270.25280.7442-0.04640.362-0.00140.14720.8444-0.10240.424835.0292-4.023525.9368
253.7010.89870.36714.0178-0.39663.46170.0579-0.04930.2242-0.160.0811-0.3167-0.06420.3081-0.08140.1204-0.02350.0010.0995-0.03540.173153.8072-3.81937.7217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 358 through 367 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 368 through 390 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 391 through 401 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 402 through 417 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 418 through 422 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 423 through 435 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 436 through 446 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 447 through 455 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 456 through 468 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 360 through 372 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 373 through 391 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 392 through 401 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 402 through 417 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 418 through 446 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 447 through 466 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 234 through 272 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 273 through 333 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 334 through 349 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 236 through 248 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 249 through 272 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 273 through 282 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 283 through 315 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 316 through 327 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 328 through 333 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 334 through 349 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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