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万見
- PDB-4xr2: Escherichia Coli Replication Terminator Protein (Tus) H114A mutan... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xr2
タイトルEscherichia Coli Replication Terminator Protein (Tus) H114A mutant Complexed With DNA- TerA lock.
要素
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
  • DNA replication terminus site-binding protein
キーワードREPLICATION/DNA / DNA complex / replication / Tus / Ter / REPLICATION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


replication fork arrest involved in DNA replication termination / DNA replication termination / sequence-specific DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 - #10 / Replication Terminator Protein (Tus); Chain A, domain 1 / Replication terminator Tus, domain 1 superfamily/Replication terminator Tus / DNA replication terminus site-binding protein / Replication terminator Tus, domain 1 / Replication terminator Tus superfamily / DNA replication terminus site-binding protein (Ter protein) / Replication Terminator Protein; Chain A, domain 2 / 3-Layer(bba) Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / DNA / DNA (> 10) / DNA replication terminus site-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Oakley, A.J.
資金援助 オーストラリア, 3件
組織認可番号国
Australian Research Council (ARC)DP0877658 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)DP0984797 オーストラリア
Australian Research Council (ARC)FT0990287 オーストラリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Replisome speed determines the efficiency of the Tus-Ter replication termination barrier.
著者: Elshenawy, M.M. / Jergic, S. / Xu, Z.Q. / Sobhy, M.A. / Takahashi, M. / Oakley, A.J. / Dixon, N.E. / Hamdan, S.M.
履歴
登録2015年1月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22015年9月30日Group: Database references
改定 1.32020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA replication terminus site-binding protein
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*C)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,9547
ポリマ－46,5203
非ポリマー4344
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7380 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area18070 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.505, 64.505, 250.941
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 DNA replication terminus site-binding protein / Ter-binding protein


分子量: 36736.191 Da / 分子数: 1 / 変異: H144A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: tus, tau, b1610, JW1602 / プラスミド: pCM862 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P16525

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DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*TP*TP*AP*CP*AP*AP*CP*AP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4856.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: TerA / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*TP*AP*TP*GP*TP*TP*GP*TP*AP*AP*CP*TP*A)-3')


分子量: 4927.225 Da / 分子数: 1 / 変異: A328G, G329A / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 4種, 73分子

#4: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.16 % / 解説: bipyramids
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8-12% (v/v) PEG 3350, 100 mM NaI, 50 mM Bis-Tris / PH範囲: 6.2 - 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月15日
放射モノクロメーター: 0.9537 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→75 Å / Num. obs: 23147 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.856 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I05

2i05


解像度: 2.35→62.74 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 22.083 / SU ML: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.312 / ESU R Free: 0.243 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26567 1176 5.1 %RANDOM
Rwork0.21971 ---
obs0.22211 21819 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 61.033 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.62 Å20 Å20 Å2
2--1.62 Å20 Å2
3----3.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.35→62.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2466 592 14 69 3141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0173242
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022867
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7091.7794530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.32536584
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9155311
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.22523.672128
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.34315446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.0031522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.2482
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02749
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6913.7421238
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6923.7391237
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1545.6061548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.1525.6081549
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9454.0032004
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.9424.0032004
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4565.9112982
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.1432.6283753
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.12632.6043746
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded35.87852
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.41 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 69 -
Rwork0.344 1589 -
obs--99.4 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8399-0.49870.07580.84420.55183.9302-0.05880.0004-0.17020.0749-0.00660.09010.1115-0.19590.06540.1545-0.0447-0.02580.15290.01930.04924.299425.0741-14.4461
27.42130.63711.77612.49190.75511.6506-0.1178-0.20540.37390.1639-0.06530.0037-0.1168-0.14980.18310.20870.0434-0.01740.1796-0.01450.02868.300927.7301-7.925
32.5652-0.06120.53054.9027-0.125.1555-0.1684-0.2350.05740.14710.06740.02810.0075-0.27330.10110.18280.0433-0.06210.1364-0.01760.02464.620127.1617-6.2636
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 309
2X-RAY DIFFRACTION2B311 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3C327 - 342

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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