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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xpt | |||||||||
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タイトル | X-ray structure of Drosophila dopamine transporter with subsiteB mutations D121G/S426M and EL2 deletion of 162-201 in complex with substrate analogue 3,4 dichlorophen ethylamine | |||||||||
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![]() | protein transport/inhibitor / integral membrane protein / all-alpha helical antidepressant complex / transport protein-inhibitor complex / protein transport-inhibitor complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport ...Dopamine clearance from the synaptic cleft / Na+/Cl- dependent neurotransmitter transporters / circadian sleep/wake cycle / cocaine binding / dopamine:sodium symporter activity / norepinephrine:sodium symporter activity / norepinephrine transport / response to odorant / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / dopamine transport / sleep / dopamine uptake involved in synaptic transmission / amino acid transport / neuronal cell body membrane / sodium ion transmembrane transport / adult locomotory behavior / presynaptic membrane / axon / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Aravind, P. / Wang, K. / Gouaux, E. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Neurotransmitter and psychostimulant recognition by the dopamine transporter. 著者: Wang, K.H. / Penmatsa, A. / Gouaux, E. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 211.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 52.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 59977.500 Da / 分子数: 1 / 変異: V74A, D121G, S426M, L415A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: DAT, CG8380, Dmel_CG8380 / 細胞株 (発現宿主): GnTI-HEK293s / 発現宿主: ![]() |
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-抗体 , 2種, 2分子 LH
#2: 抗体 | 分子量: 23306.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
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#3: 抗体 | 分子量: 23619.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-糖 , 2種, 6分子 ![](data/chem/img/NAG.gif)
#4: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-maltose #7: 糖 | ChemComp-NAG / | |
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-非ポリマー , 5種, 6分子 ![](data/chem/img/Y01.gif)
![](data/chem/img/42J.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/42J.gif)
![](data/chem/img/CLR.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-Y01 / |
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#6: 化合物 | ChemComp-42J / |
#8: 化合物 | ChemComp-CLR / |
#9: 化合物 | ChemComp-CL / |
#10: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 5.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.52 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 400 34%, Na MES 0.1M |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月12日 |
放射 | モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.35→50 Å / Num. obs: 32436 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 114.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 6.9 |
反射 シェル | 解像度: 3.35→3.47 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.801 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4M48 解像度: 3.36→38.6 Å /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.36→38.6 Å
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