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- PDB-4xp3: Crystal structure of ERK2 in complex with an inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xp3
タイトルCrystal structure of ERK2 in complex with an inhibitor
要素Mitogen-activated protein kinase 1
キーワードTRANSFERASE / SERINE/THREONINE-PROTEIN KINASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway ...phospho-PLA2 pathway / RAF-independent MAPK1/3 activation / MAPK1 (ERK2) activation / Signaling by NODAL / Frs2-mediated activation / ERK/MAPK targets / ERKs are inactivated / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / Negative feedback regulation of MAPK pathway / Gastrin-CREB signalling pathway via PKC and MAPK / Estrogen-dependent nuclear events downstream of ESR-membrane signaling / IFNG signaling activates MAPKs / Golgi Cisternae Pericentriolar Stack Reorganization / RHO GTPases Activate WASPs and WAVEs / Estrogen-stimulated signaling through PRKCZ / Growth hormone receptor signaling / Spry regulation of FGF signaling / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oncogene Induced Senescence / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / Signal attenuation / Oxidative Stress Induced Senescence / NCAM signaling for neurite out-growth / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Regulation of the apoptosome activity / Signaling by Activin / Negative regulation of FGFR2 signaling / Signal transduction by L1 / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / Negative regulation of MAPK pathway / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Interferon gamma signaling / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of HSF1-mediated heat shock response / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / MAP2K and MAPK activation / neural crest cell development / Recycling pathway of L1 / cardiac neural crest cell development involved in heart development / caveolin-mediated endocytosis / cytosine metabolic process / response to epidermal growth factor / cellular response to methionine / cellular response to toxic substance / positive regulation of macrophage proliferation / regulation of cellular pH / outer ear morphogenesis / regulation of Golgi inheritance / RAF/MAP kinase cascade / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / response to alcohol / ERBB signaling pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / labyrinthine layer blood vessel development / mammary gland epithelial cell proliferation / trachea formation / Neutrophil degranulation / regulation of early endosome to late endosome transport / regulation of stress-activated MAPK cascade / steroid hormone receptor signaling pathway / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / androgen receptor signaling pathway / positive regulation of macrophage chemotaxis / ERBB2-ERBB3 signaling pathway / response to testosterone / regulation of cytoskeleton organization / response to exogenous dsRNA / pseudopodium / lung morphogenesis / face development / positive regulation of telomere maintenance / Bergmann glial cell differentiation / decidualization / thyroid gland development / peptidyl-threonine phosphorylation / progesterone receptor signaling pathway / regulation of ossification / MAP kinase activity / negative regulation of cell differentiation / mitogen-activated protein kinase / phosphatase binding / Schwann cell development / estrous cycle / stress-activated MAPK cascade / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / ERK1 and ERK2 cascade / phosphotyrosine residue binding / myelination / sensory perception of pain / RNA polymerase II CTD heptapeptide repeat kinase activity / dendrite cytoplasm / insulin-like growth factor receptor signaling pathway / cellular response to amino acid starvation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway
類似検索 - 分子機能
Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. ...Mitogen-activated protein (MAP) kinase, ERK1/2 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-amino-1,9-dihydro-6H-purine-6-thione / Mitogen-activated protein kinase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.782 Å
データ登録者Gelin, M. / Allemand, F. / Labesse, G. / Guichou, J.F.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
French National Research AgencyANR-10-INSB-05-01 フランス
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Combining `dry' co-crystallization and in situ diffraction to facilitate ligand screening by X-ray crystallography.
著者: Gelin, M. / Delfosse, V. / Allemand, F. / Hoh, F. / Sallaz-Damaz, Y. / Pirocchi, M. / Bourguet, W. / Ferrer, J.L. / Labesse, G. / Guichou, J.F.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 2.02017年9月6日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_audit_support / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_distant_solvent_atoms.neighbor_macromolecule_distance / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,04814
ポリマ－40,9251
非ポリマー1,12313
水8,287460
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1100 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area16300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.600, 69.683, 59.819
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 1 / MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK ...MAPK 1 / ERT1 / Extracellular signal-regulated kinase 2 / ERK-2 / MAP kinase isoform p42 / p42-MAPK / Mitogen-activated protein kinase 2 / MAPK 2


分子量: 40925.129 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 8-358 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Mapk1, Erk2, Mapk, Prkm1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63086, mitogen-activated protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-DX4 / 2-amino-1,9-dihydro-6H-purine-6-thione


分子量: 167.192 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5S
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE


分子量: 78.133 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 460 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.47 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% PEG MME 2000, 0.1M MES pH 6.5, 0.1M ammonium sulfate, 0.02M beta-mercaptoethanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.542 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.542 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→56.6 Å / Num. obs: 55297 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.037 / Net I/σ(I): 9.1
反射 シェル解像度: 1.78→1.87 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.149 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 79.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QYW

3qyw


解像度: 1.782→23.198 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.28 / 位相誤差: 17.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1789 2800 5.06 %Random selection
Rwork0.1488 ---
obs0.1503 55296 77.93 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.782→23.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 60 460 3314
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093041
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0214116
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2731188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043441
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005523
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7816-1.81230.2637750.2221649X-RAY DIFFRACTION48
1.8123-1.84530.2205980.19642284X-RAY DIFFRACTION67
1.8453-1.88080.26441180.18872419X-RAY DIFFRACTION71
1.8808-1.91910.18861080.17172547X-RAY DIFFRACTION75
1.9191-1.96080.25771430.16252512X-RAY DIFFRACTION76
1.9608-2.00640.19991120.15912595X-RAY DIFFRACTION76
2.0064-2.05660.17521050.15532650X-RAY DIFFRACTION78
2.0566-2.11210.19131650.15972592X-RAY DIFFRACTION78
2.1121-2.17420.18081770.15692580X-RAY DIFFRACTION78
2.1742-2.24440.19871520.15072670X-RAY DIFFRACTION79
2.2444-2.32450.1941500.14572670X-RAY DIFFRACTION80
2.3245-2.41750.18841540.14712732X-RAY DIFFRACTION80
2.4175-2.52740.18431660.14352681X-RAY DIFFRACTION81
2.5274-2.66050.18061750.1452718X-RAY DIFFRACTION82
2.6605-2.82690.1991660.15162787X-RAY DIFFRACTION83
2.8269-3.04470.18291420.1472853X-RAY DIFFRACTION84
3.0447-3.35030.15781490.14052820X-RAY DIFFRACTION85
3.3503-3.83320.14371340.12872916X-RAY DIFFRACTION86
3.8332-4.82230.14591630.12382915X-RAY DIFFRACTION87
4.8223-23.20.181480.17082906X-RAY DIFFRACTION86
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.26610.1481-0.26880.4480.18841.98890.00270.13190.1581-0.17520.13150.1313-0.3206-0.3812-0.09950.20430.0072-0.01760.21860.05750.1672-13.882312.548134.2231
21.26380.63510.63210.62660.23790.98560.0066-0.00530.06210.01110.0044-0.0085-0.04030.0339-0.01660.0770.00910.01020.0570.00190.10140.93057.834157.233
30.37260.2405-0.31571.6091-1.68132.98050.02250.0769-0-0.30640.0401-0.02610.2490.2559-0.07820.1913-0.02690.01010.1662-0.04220.1711-5.2932-0.752735.2749
40.68670.26630.17580.7833-0.12430.7477-0.0156-0.00010.0214-0.02830.04050.0092-0.0246-0.0156-0.02650.12670.00940.0140.1155-0.0050.1408-3.5616.956149.7472
52-0.707-2.50494.38970.8664.19770.0825-0.16850.2631-0.00140.0416-0.0673-0.16330.0941-0.08590.2964-0.0774-0.06590.34670.16010.2827-16.6112.829441.5138
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 9:118)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 119:312)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 313:354)
4X-RAY DIFFRACTION4chain S
5X-RAY DIFFRACTION5chain B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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