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- PDB-4xnv: The human P2Y1 receptor in complex with BPTU -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xnv
タイトルThe human P2Y1 receptor in complex with BPTU
要素P2Y purinoceptor 1, Rubredoxin, P2Y purinoceptor 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN/INHIBITOR / human P2Y1 receptor / G protein coupled receptor / platelet activation / membrane protein / inhibitor complex / TRANSPORT PROTEIN-INHIBITOR complex / PSI-Biology / Structural Genomics / GPCR Network / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


G protein-coupled ATP receptor activity / cellular response to purine-containing compound / relaxation of muscle / G protein-coupled ADP receptor activity / A1 adenosine receptor binding / P2Y receptors / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of penile erection / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / negative regulation of norepinephrine secretion ...G protein-coupled ATP receptor activity / cellular response to purine-containing compound / relaxation of muscle / G protein-coupled ADP receptor activity / A1 adenosine receptor binding / P2Y receptors / positive regulation of inositol trisphosphate biosynthetic process / positive regulation of penile erection / G protein-coupled purinergic nucleotide receptor activity / negative regulation of norepinephrine secretion / positive regulation of monoatomic ion transport / glial cell migration / alkane catabolic process / regulation of presynaptic cytosolic calcium ion concentration / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / positive regulation of hormone secretion / response to growth factor / signal transduction involved in regulation of gene expression / cellular response to ATP / eating behavior / regulation of synaptic vesicle exocytosis / response to mechanical stimulus / monoatomic ion transport / presynaptic active zone membrane / blood vessel diameter maintenance / protein localization to plasma membrane / establishment of localization in cell / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / ADP binding / platelet activation / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / regulation of cell shape / signaling receptor activity / cell body / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / scaffold protein binding / basolateral plasma membrane / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / postsynaptic membrane / electron transfer activity / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / postsynaptic density / cilium / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / iron ion binding / protein heterodimerization activity / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
P2Y purinoceptor 1 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / G-protein coupled receptors family 1 signature. ...P2Y purinoceptor 1 / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BUR / CHOLESTEROL / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / Rubredoxin / P2Y purinoceptor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhang, D. / Gao, Z. / Jacobson, K. / Han, G.W. / Stevens, R. / Zhao, Q. / Wu, B. / GPCR Network (GPCR)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2015
タイトル: Two disparate ligand-binding sites in the human P2Y1 receptor
著者: Zhang, D. / Gao, Z.G. / Zhang, K. / Kiselev, E. / Crane, S. / Wang, J. / Paoletta, S. / Yi, C. / Ma, L. / Zhang, W. / Han, G.W. / Liu, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jiang, H. / Stevens, ...著者: Zhang, D. / Gao, Z.G. / Zhang, K. / Kiselev, E. / Crane, S. / Wang, J. / Paoletta, S. / Yi, C. / Ma, L. / Zhang, W. / Han, G.W. / Liu, H. / Cherezov, V. / Katritch, V. / Jiang, H. / Stevens, R.C. / Jacobson, K.A. / Zhao, Q. / Wu, B.
履歴
登録2015年1月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年4月29日Group: Structure summary
改定 1.32020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: P2Y purinoceptor 1, Rubredoxin, P2Y purinoceptor 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,91716
ポリマ－47,4681
非ポリマー5,44815
水54030
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area330 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area18390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.270, 66.270, 239.070
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 P2Y purinoceptor 1, Rubredoxin, P2Y purinoceptor 1 / P2Y1 / ATP receptor / Purinergic receptor


分子量: 47468.289 Da / 分子数: 1 / 変異: D320N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chimera protein of P2Y purinoceptor 1 (P2RY1_HUMA) with Rubredoxin (RUBR_CLOPA) inserted into ICL3 domain between residues 247LYS and 253PRO, and replaced residues 248ASN to 252SER.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: P2RY1 / 発現宿主: Spodoptera (蝶・蛾) / 参照: UniProt: P47900, UniProt: P00268

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非ポリマー , 7種, 45分子

#2: 化合物 ChemComp-BUR / 1-[2-(2-tert-butylphenoxy)pyridin-3-yl]-3-[4-(trifluoromethoxy)phenyl]urea


分子量: 445.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H22F3N3O3
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物 ChemComp-Y01 / CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト


分子量: 486.726 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H50O4
#5: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG2000MME Sodium Citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 19881 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 42.95 Å2 / Net I/σ(I): 12.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.0精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.2→41.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9412 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9312 / SU R Cruickshank DPI: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.265 / SU Rfree Blow DPI: 0.19 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2303 1017 5.12 %RANDOM
Rwork0.2066 ---
obs0.2078 19881 99.94 %-
原子変位パラメータBiso mean: 63.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.5204 Å20 Å20 Å2
2---2.5204 Å20 Å2
3---5.0409 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.369 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→41.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2713 0 371 30 3114
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013164HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.044262HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1126SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes38HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes440HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3164HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.19
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.56
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion406SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3716SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3786 133 4.61 %
Rwork0.3661 2754 -
all0.3667 2887 -
obs--99.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -11.1074 Å / Origin y: 17.9445 Å / Origin z: 9.7233 Å
111213212223313233
T-0.1738 Å20.0229 Å20.0008 Å2--0.1537 Å2-0.0413 Å2---0.0538 Å2
L1.7026 °20.0833 °20.3764 °2-2.2469 °20.055 °2--1.0152 °2
S0.0034 Å °-0.2893 Å °0.2711 Å °0.2173 Å °0.021 Å °0.2022 Å °-0.0437 Å °-0.0951 Å °-0.0244 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|39 - A|334 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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