PDB-4xk2: Crystal structure of aldo-keto reductase from Polaromonas sp. JS666

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xk2

タイトル

Crystal structure of aldo-keto reductase from Polaromonas sp. JS666

要素

Aldo/keto reductase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Polaromonas sp. JS666 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Sroka, P. / Hillerich, B.S. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC)

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of aldo-keto reductase from Polaromonas sp. JS666
著者: Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Sroka, P. / Minor, W.

履歴

登録	2015年1月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年1月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月20日	Group: Advisory / Author supporting evidence ...Advisory / Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software / struct_keywords Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_audit_support.grant_number
改定 1.3	2022年4月13日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xk2.cif.gz	389.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xk2.ent.gz	316.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xk2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4xk2_validation.pdf.gz	446.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xk2_full_validation.pdf.gz	452.5 KB	表示
XML形式データ	4xk2_validation.xml.gz	43.8 KB	表示
CIF形式データ	4xk2_validation.cif.gz	66.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xk2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jtdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5c0q-d 2z0i-2 5x0m-d 2zfa-1 6wvv-2 5w1x-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: NYSGRC-014260

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Aldo/keto reductase

B: Aldo/keto reductase

C: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

112 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Aldo/keto reductase

C: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

A: Aldo/keto reductase

C: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

A: Aldo/keto reductase

C: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

A: Aldo/keto reductase

C: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
300 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Aldo/keto reductase

ヘテロ分子

x 8

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
300 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_555	-x,-y,z	1
crystal symmetry operation	3_555	-y,x,z	1
crystal symmetry operation	4_555	y,-x,z	1
crystal symmetry operation	5_555	-x,y,-z	1
crystal symmetry operation	6_555	x,-y,-z	1
crystal symmetry operation	7_555	y,x,-z	1
crystal symmetry operation	8_555	-y,-x,-z	1

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.110, 105.110, 479.569
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-556- HOH
2	1	A-591- HOH
3	1	A-842- HOH
4	1	A-850- HOH
5	1	A-887- HOH
6	1	A-888- HOH
7	1	B-566- HOH
8	1	B-567- HOH
9	1	B-568- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	B
2	3	C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 343 / Label seq-ID: 1 - 344

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	B	B
1	2	A	A
2	2	C	C
1	3	B	B
2	3	C	C

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Aldo/keto reductase 分子量: 37410.250 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Before crystallization protein with His-tag (MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQS) was subjected to the limited proteolysis with chymotrypsin. 由来: (組換発現) Polaromonas sp. JS666 (バクテリア) 遺伝子: Bpro_4249 / プラスミド: pSGC-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 (de3) Ril / 参照: UniProt: Q124A1
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 958 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.31 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 3 condition #81 (0.2M NaCl, 0.1M Na ...詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 3 condition #81 (0.2M NaCl, 0.1M Na citrate, 40%v/v 1,2-propanodiol pH=5.5) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours.

結晶

マシュー密度: 2.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.31 %

結晶化

温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 3 condition #81 (0.2M NaCl, 0.1M Na ...

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月23日

放射

モノクロメーター: Si [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.979 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. all: 106320 / Num. obs: 106320 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 27.3 Å² / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.036 / R_rim(I) all: 0.09 / R_sym value: 0.082 / Χ²: 0.864 / Net I/av σ(I): 20.094 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 630404

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.93	5.8	0.83	1.9	5256	0.702	0.373	0.91	0.844	100
1.93-1.97	5.9	0.671		5226	0.802	0.302	0.737	0.757	100
1.97-2.01	5.9	0.583		5243	0.845	0.262	0.64	0.758	100
2.01-2.05	5.9	0.483		5238	0.897	0.217	0.531	0.774	100
2.05-2.09	5.9	0.428		5253	0.914	0.192	0.47	0.883	100
2.09-2.14	5.9	0.334		5240	0.949	0.149	0.367	0.792	100
2.14-2.19	5.9	0.275		5285	0.962	0.123	0.301	0.789	100
2.19-2.25	5.9	0.265		5230	0.968	0.118	0.291	0.899	100
2.25-2.32	5.9	0.235		5279	0.97	0.105	0.258	0.809	100
2.32-2.39	6	0.189		5306	0.98	0.084	0.207	0.806	100
2.39-2.48	6	0.158		5263	0.986	0.07	0.173	0.806	100
2.48-2.58	6	0.138		5273	0.989	0.061	0.151	0.82	100
2.58-2.7	6	0.128		5312	0.99	0.056	0.14	0.874	100
2.7-2.84	6.1	0.109		5294	0.992	0.048	0.119	0.885	99.9
2.84-3.02	6.1	0.089		5319	0.994	0.039	0.098	1.009	100
3.02-3.25	6	0.071		5330	0.996	0.031	0.078	1.052	100
3.25-3.58	6	0.055		5370	0.997	0.024	0.06	1.04	100
3.58-4.09	5.9	0.045		5409	0.998	0.02	0.05	1.012	100
4.09-5.16	5.9	0.038		5458	0.998	0.017	0.042	0.889	100
5.16-50	5.7	0.034		5736	0.998	0.015	0.037	0.757	99.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
HKL-3000		位相決定
MOLREP		位相決定
Coot		モデル構築
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4JTD

4jtd

解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.971 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / WR_factor R_free: 0.1737 / WR_factor R_work: 0.1497 / FOM work R set: 0.8623 / SU B: 5.021 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.1079 / SU R_free: 0.1019 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.102 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.1019 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1847	5293	5 %	RANDOM
R_work	0.1605	100839	-	-
obs	0.1617	100839	99.93 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 104.82 Å² / B_iso mean: 45.569 Å² / B_iso min: 21.48 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.19 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	0.19 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7159	0	8	964	8131
B_iso mean	-	-	47.18	52.72	-
残基数	-	-	-	-	942

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	7406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	7046
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.261	1.958	10093
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.269	3	16094
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.003	5	954
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.188	23.386	319
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.719	15	1154
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.86	15	57
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	1138
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	8504
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1725
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.329	1.916	3786
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.329	1.916	3785
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.14	2.841	4720

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	18543	0.08
1	2	B	18543	0.08
2	1	A	19175	0.07
2	2	C	19175	0.07
3	1	B	18617	0.05
3	2	C	18617	0.05

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	391	-
R_work	0.238	7350	-
all	-	7741	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8212	0.3645	0.1434	1.2084	0.7205	1.4356	0.0137	0.0277	0.0819	0.0087	-0.0044	-0.0098	-0.048	-0.1275	-0.0093	0.2786	0.0015	0.0021	0.2535	-0.0111	0.2802	0.1	30.434	102.228
2	0.9132	-0.6181	-0.5057	1.5661	0.1461	0.7796	-0.0957	-0.0621	0.068	0.2091	0.0987	-0.0522	0.0153	0.0575	-0.003	0.3012	0.0083	-0.0134	0.2695	-0.0248	0.2467	7.899	27.162	115.139
3	0.2552	-0.1663	-0.0833	0.6029	0.0878	0.2744	-0.0121	0.0154	0.0078	0.0528	0.0217	-0.0449	0.0222	-0.0218	-0.0097	0.2821	-0.0015	-0.0058	0.272	-0.0044	0.2647	12.699	13.198	101.085
4	0.1889	-0.0682	0.1602	1.1759	0.2212	0.2916	-0.0178	0.0258	0.05	-0.0232	0.0197	-0.147	-0.028	-0.0093	-0.0019	0.2785	-0.0002	0.0086	0.2675	-0.0037	0.2954	12.205	31.423	93.531
5	1.9263	-3.175	0.222	5.2975	-0.6187	1.4846	0.089	-0.0147	0.1808	-0.0615	-0.0483	-0.3136	-0.1587	0.2415	-0.0406	0.219	-0.0503	0.0231	0.248	-0.0181	0.3661	21.541	44.433	92.419
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10	0.1259	0.1064	-0.3068	0.1994	-0.08	1.0454	0.0369	0.0228	0.0331	-0.0487	0.0663	0.0176	-0.231	0.0655	-0.1032	0.4927	0.0653	0.0521	0.4014	0.0287	0.0584	-9.496	27.179	31.7
11	0.3227	-0.1165	0.0825	0.4052	-0.0954	0.6875	-0.0092	-0.0482	-0.0093	-0.0112	0.1122	-0	-0.1254	0.008	-0.103	0.4378	0.0047	0.0378	0.3948	-0.0111	0.0532	2.799	18.497	18.398
12	0.1965	-0.5088	0.1102	1.6536	-0.2772	0.5341	0.0037	0.0362	-0.0052	0.0283	0.0623	-0.0277	-0.1891	-0.0619	-0.066	0.4949	0.0457	0.0524	0.3547	0.0164	0.0577	-7.454	29.533	9.627
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15	1.1719	-0.0743	0.2977	3.9781	-0.7979	1.0318	-0.1397	0.0785	0.1191	0.0219	0.4077	0.2392	-0.2931	-0.514	-0.268	0.5621	0.2522	0.1249	0.4601	0.1728	0.1076	-21.361	41.207	9.886
16	1.262	0.2117	-0.7552	3.2077	0.9669	1.3938	0.0529	0.1105	0.0926	-0.1168	0.0201	0.0247	-0.2135	-0.1628	-0.073	0.5376	0.0423	0.0455	0.3414	0.0327	0.0116	-8.244	33.664	-8.572
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18	0.6469	-0.4554	-0.2426	0.6466	-0.4011	1.2178	0.0844	0.1182	-0.0032	-0.1668	-0.0345	-0.0137	-0.0282	-0.1466	-0.0499	0.3929	0.0155	0.0106	0.3265	0.0494	0.1595	-17.255	23.076	51.446
19	0.1069	0.0029	0.0632	0.6149	0.0485	0.0904	0.0295	0.0035	-0.0094	-0.1195	0.0209	0.0457	0.003	0.0114	-0.0504	0.3112	0.0046	-0.0054	0.3092	0.0146	0.2261	-16.943	8.191	64.747
20	2.0934	-2.1347	-0.5651	2.8468	0.501	0.9417	0.0207	0.0325	0.0798	-0.118	0.0401	0.011	-0.0604	-0.0042	-0.0608	0.2625	-0.0035	0.0025	0.2667	0.0207	0.2453	-18.072	19.793	74.567
21	0.8015	-0.4013	0.2561	0.9056	-0.3098	1.1238	0.0167	0.0457	0.0543	-0.0883	0.0021	0.0689	-0.0244	-0.1238	-0.0188	0.295	0.0045	-0.0059	0.3003	0.0406	0.2717	-25.249	28.459	71.953
22	1.9195	2.4834	-0.6674	5.4854	0.2183	2.8364	0.1955	0.1029	0.0786	0.0085	0.0092	0.1255	-0.2519	-0.5362	-0.2046	0.2449	0.1154	0.013	0.2474	0.112	0.3152	-33.832	37.526	73.646
23	1.0385	-0.812	-0.881	1.646	-0.2492	1.6257	0.2302	0.1313	0.0443	-0.1596	-0.1145	-0.0002	-0.2332	-0.1282	-0.1158	0.3637	0.0591	0.0107	0.2691	0.0703	0.2453	-21.338	36.288	65.386
24	2.5929	-0.4865	-1.4421	3.1443	-0.3907	3.0613	0.3413	-0.0862	0.4259	-0.0772	-0.0164	0.0982	-0.5197	0.0299	-0.3249	0.3381	0.0339	0.0421	0.1661	0.0429	0.2625	-21.715	41.852	73.018
25	1.8893	-0.7539	0.6974	0.7172	-0.5698	1.7368	0.0098	-0.0423	0.1412	0.0728	0.0583	0.0659	-0.0713	-0.0568	-0.0681	0.2677	0.0207	0.0088	0.2668	0.0159	0.2803	-23.369	26.203	91.338

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	0 - 21
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	37 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	89 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	175 - 226
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	241 - 259
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	260 - 290
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	291 - 305
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	306 - 343
9	X-RAY DIFFRACTION	9	B	0 - 21
10	X-RAY DIFFRACTION	10	B	37 - 88
11	X-RAY DIFFRACTION	11	B	89 - 172
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	173 - 223
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	245 - 269
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	270 - 297
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	298 - 321
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	322 - 343
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	0 - 21
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	37 - 88
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	89 - 172
20	X-RAY DIFFRACTION	20	C	173 - 196
21	X-RAY DIFFRACTION	21	C	197 - 226
22	X-RAY DIFFRACTION	22	C	241 - 265
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	266 - 297
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	298 - 320
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	321 - 343

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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