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- PDB-5w1x: Crystal Structure of Humanpapillomavirus18 (HPV18) Capsid L1 Pent... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5w1x
タイトルCrystal Structure of Humanpapillomavirus18 (HPV18) Capsid L1 Pentamers Bound to Heparin Oligosaccharides
要素Major capsid protein L1
キーワードVIRAL PROTEIN / protein oligosaccharide complex / jelly roll / capsid protein / binds to host receptor / receptor heparin oligosaccharides / virus capsid
機能・相同性
機能・相同性情報


T=7 icosahedral viral capsid / endocytosis involved in viral entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) protein, Papillomavirus / Major capsid L1 (late) superfamily, Papillomavirus / L1 (late) protein / Polyomavirus Vp1; Chain A / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein L1 / Major capsid protein L1
類似検索 - 構成要素
生物種Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.374 Å
データ登録者Chen, X.S. / Dasgupta, J.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Structural basis of oligosaccharide receptor recognition by human papillomavirus.
著者: Dasgupta, J. / Bienkowska-Haba, M. / Ortega, M.E. / Patel, H.D. / Bodevin, S. / Spillmann, D. / Bishop, B. / Sapp, M. / Chen, X.S.
履歴
登録2017年6月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2018年12月12日ID: 3OFL
改定 1.02018年12月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_symm_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Major capsid protein L1
B: Major capsid protein L1
C: Major capsid protein L1
D: Major capsid protein L1
E: Major capsid protein L1
F: Major capsid protein L1
G: Major capsid protein L1
H: Major capsid protein L1
I: Major capsid protein L1
J: Major capsid protein L1
K: Major capsid protein L1
L: Major capsid protein L1
M: Major capsid protein L1
N: Major capsid protein L1
O: Major capsid protein L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)734,41945
ポリマ－712,17015
非ポリマー22,24830
水00
1
A: Major capsid protein L1
B: Major capsid protein L1
C: Major capsid protein L1
D: Major capsid protein L1
E: Major capsid protein L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)247,79120
ポリマ－237,3905
非ポリマー10,40015
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area44290 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area81650 Å2
手法PISA
2
F: Major capsid protein L1
G: Major capsid protein L1
H: Major capsid protein L1
I: Major capsid protein L1
J: Major capsid protein L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,25313
ポリマ－237,3905
非ポリマー7,8628
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area43200 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area79600 Å2
手法PISA
3
K: Major capsid protein L1
L: Major capsid protein L1
M: Major capsid protein L1
N: Major capsid protein L1
O: Major capsid protein L1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,37512
ポリマ－237,3905
非ポリマー3,9857
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area39570 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area78340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.993, 106.490, 237.661
Angle α, β, γ (deg.)88.46, 85.75, 69.02
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Major capsid protein L1


分子量: 47478.031 Da / 分子数: 15 / 変異: N98D,C226S,H444Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human papillomavirus type 18 (パピローマウイルス)
遺伝子: L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5G244, UniProt: P06794*PLUS
#2: 多糖
2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 500.408 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[ad122h-1a_1-5_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 982.800 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,4,3/[ad122h-1a_1-5_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1465.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,6,5/[ad122h-1a_1-5_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo- ...2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-2-O-sulfo-alpha-L-idopyranuronic acid-(1-4)-2-deoxy-6-O-sulfo-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 2429.978 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,10,9/[ad122h-1a_1-5_6*OSO/3=O/3=O][a2121A-1a_1-5_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1-2-1-2-1-2-1-2/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1_e4-f1_f4-g1_g4-h1_h4-i1_i4-j1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-IdopA2SO3]{[(4+1)][a-D-2-deoxy-Glcp6SO3]{[(4+1)][a-L-4-deoxy-IdopA2SO3]{}}}}}}}}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M potassium acetate, pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年10月2日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.374→42.794 Å / Num. obs: 92923 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 13.27
反射 シェル解像度: 3.374→3.829 Å / Rmerge(I) obs: 0.274

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2R5I

2r5i


解像度: 3.374→42.794 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 24.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2339 4607 4.96 %
Rwork0.1709 --
obs0.174 92872 89.31 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.374→42.794 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数49725 0 1350 0 51075
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00452830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.91172044
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.35418982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0387897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049151
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3739-3.41220.4202400.2491805X-RAY DIFFRACTION55
3.4122-3.45230.31721060.21882440X-RAY DIFFRACTION73
3.4523-3.49440.35731360.22762525X-RAY DIFFRACTION76
3.4944-3.53860.33691440.23922613X-RAY DIFFRACTION79
3.5386-3.58520.31911340.26532620X-RAY DIFFRACTION81
3.5852-3.63430.33941360.24742696X-RAY DIFFRACTION82
3.6343-3.68620.41421590.28972765X-RAY DIFFRACTION83
3.6862-3.74110.32141380.23312737X-RAY DIFFRACTION84
3.7411-3.79960.33631470.21792804X-RAY DIFFRACTION85
3.7996-3.86180.22851520.18572904X-RAY DIFFRACTION87
3.8618-3.92840.26541700.19152816X-RAY DIFFRACTION88
3.9284-3.99980.2731430.21662911X-RAY DIFFRACTION87
3.9998-4.07660.24211710.1772980X-RAY DIFFRACTION90
4.0766-4.15980.24441600.16382881X-RAY DIFFRACTION89
4.1598-4.25010.1911500.14783054X-RAY DIFFRACTION91
4.2501-4.34890.19481460.14632914X-RAY DIFFRACTION90
4.3489-4.45760.20991870.14733063X-RAY DIFFRACTION92
4.4576-4.5780.21971620.14082985X-RAY DIFFRACTION92
4.578-4.71250.17761730.13273087X-RAY DIFFRACTION93
4.7125-4.86440.19011720.11993102X-RAY DIFFRACTION94
4.8644-5.0380.18731860.12983177X-RAY DIFFRACTION97
5.038-5.23940.18161620.13493182X-RAY DIFFRACTION98
5.2394-5.47740.20051660.1383277X-RAY DIFFRACTION99
5.4774-5.76550.2091570.15153309X-RAY DIFFRACTION99
5.7655-6.12580.21961700.16033227X-RAY DIFFRACTION99
6.1258-6.59720.21511690.16293281X-RAY DIFFRACTION99
6.5972-7.25820.2371770.15933260X-RAY DIFFRACTION99
7.2582-8.30180.19921610.15943312X-RAY DIFFRACTION100
8.3018-10.43430.16831750.13093264X-RAY DIFFRACTION100
10.4343-42.79750.23811580.19523274X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.6522.1334-0.47792.9844-0.35012.49720.2011-0.01820.20990.0362-0.04410.2607-0.3224-0.1754-0.15530.45110.1987-0.06170.34450.08480.3971-9.932325.73-9.1665
21.55090.71330.57893.87851.20181.4612-0.11020.38160.0549-0.7230.07250.2275-0.2596-0.12780.00690.50940.0729-0.02760.55640.06020.453-13.54411.2724-23.6688
33.32422.943-0.15933.6072-0.68021.58640.1401-0.0140.4788-0.1059-0.00480.2005-0.4326-0.0383-0.11020.64430.1460.08470.3684-0.01710.4814-5.93131.5156-5.6818
42.57961.50521.06373.45660.66272.6506-0.0204-0.1890.12350.0838-0.13110.3696-0.2649-0.41780.15120.38580.14760.11910.3294-0.07950.4274-11.405316.377421.6233
51.88381.01030.9381.51530.6311.7268-0.0603-0.05970.3630.0057-0.08920.2766-0.4033-0.21270.15110.45010.12970.06140.386-0.05680.4292-11.393816.055818.383
63.87840.55541.5241.64110.57642.07550.0554-0.21730.04370.0776-0.06890.119-0.0927-0.3161-0.01180.3469-0.00030.03980.26120.09030.27123.4529-15.094725.5488
72.6874-0.34220.77080.7851-0.2841.6717-0.1159-0.16070.07840.17020.03680.0160.1227-0.23630.08590.4307-0.01260.03980.25710.03820.32791.7637-12.416824.3606
85.60290.34280.47561.6497-0.40772.2308-0.01490.1436-0.3264-0.1925-0.0140.18630.1963-0.08850.0190.39540.0654-0.04270.1498-0.0570.315814.8617-23.7419-8.0761
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383.74991.88181.1722.90370.4961.29020.0790.0680.2070.1638-0.0090.2472-0.3194-0.1263-0.07250.58250.10690.15090.5031-0.05040.289388.645290.5646176.3159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 20 through 160 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 161 through 298 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 299 through 474 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 20 through 181 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 182 through 474 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 20 through 181 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 182 through 474 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 20 through 160 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 161 through 474 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 20 through 181 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'E' and (resid 182 through 309 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 310 through 474 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'F' and (resid 20 through 160 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 161 through 474 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'G' and (resid 20 through 56 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'G' and (resid 57 through 86 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'G' and (resid 87 through 125 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'G' and (resid 126 through 181 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'G' and (resid 182 through 383 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'G' and (resid 384 through 474 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 20 through 160 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 161 through 474 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'I' and (resid 20 through 160 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'I' and (resid 161 through 474 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'J' and (resid 20 through 160 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'J' and (resid 161 through 474 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'K' and (resid 20 through 160 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'K' and (resid 161 through 309 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'K' and (resid 310 through 474 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'L' and (resid 20 through 160 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'L' and (resid 161 through 474 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'M' and (resid 20 through 160 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'M' and (resid 161 through 474 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'N' and (resid 20 through 160 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'N' and (resid 161 through 474 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'O' and (resid 20 through 160 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'O' and (resid 161 through 309 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'O' and (resid 310 through 474 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る