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Yorodumi- PDB-4xk2: Crystal structure of aldo-keto reductase from Polaromonas sp. JS666 -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4xk2 | ||||||
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Title | Crystal structure of aldo-keto reductase from Polaromonas sp. JS666 | ||||||
Components | Aldo/keto reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase / PSI-Biology / New York Structural Genomics Research Consortium / NYSGRC | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Polaromonas sp. JS666 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Sroka, P. / Hillerich, B.S. / Bonanno, J. / Seidel, R. / Almo, S.C. / Minor, W. / New York Structural Genomics Research Consortium (NYSGRC) | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: to be published Title: Crystal structure of aldo-keto reductase from Polaromonas sp. JS666 Authors: Gasiorowska, O.A. / Handing, K.B. / Shabalin, I.G. / Sroka, P. / Minor, W. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 4xk2.cif.gz | 389.3 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb4xk2.ent.gz | 316.3 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 4xk2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 4xk2_validation.pdf.gz | 446.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 4xk2_full_validation.pdf.gz | 452.5 KB | Display | |
Data in XML | 4xk2_validation.xml.gz | 43.8 KB | Display | |
Data in CIF | 4xk2_validation.cif.gz | 66.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xk2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/4xk2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 4jtdS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: _ / Auth seq-ID: 0 - 343 / Label seq-ID: 1 - 344
NCS ensembles :
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Details | biological unit is the same as asym. |
-Components
#1: Protein | Mass: 37410.250 Da / Num. of mol.: 3 Source method: isolated from a genetically manipulated source Details: Before crystallization protein with His-tag (MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQS) was subjected to the limited proteolysis with chymotrypsin. Source: (gene. exp.) Polaromonas sp. JS666 (bacteria) / Gene: Bpro_4249 / Plasmid: pSGC-His / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): Bl21 (de3) Ril / References: UniProt: Q124A1 #2: Chemical | ChemComp-CL / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.95 Å3/Da / Density % sol: 58.31 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 3 condition #81 (0.2M NaCl, 0.1M Na ...Details: 0.2 ul of 12 mg/ml protein in 20 mM HEPES pH 7.5, 150 mM NaCl, 10% Glycerol, 0.1% Sodium Azide and 0.5 mM TCEP were mixed with 0.2 ul of the MCSG Suite 3 condition #81 (0.2M NaCl, 0.1M Na citrate, 40%v/v 1,2-propanodiol pH=5.5) and equilibrated against 1.5 M NaCl solution in 96 Well 3 drop Crystallization Plate (Swissci). Before crystallization protein was incubated with 1/50 v/v of 2 mg/ml chymotrypsin solution at 289 K for 3 hours. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.979 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jul 23, 2014 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Si [111] / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.9→50 Å / Num. all: 106320 / Num. obs: 106320 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 27.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.082 / Χ2: 0.864 / Net I/av σ(I): 20.094 / Net I/σ(I): 5.8 / Num. measured all: 630404 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4JTD Resolution: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / WRfactor Rfree: 0.1737 / WRfactor Rwork: 0.1497 / FOM work R set: 0.8623 / SU B: 5.021 / SU ML: 0.076 / SU R Cruickshank DPI: 0.1079 / SU Rfree: 0.1019 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.102 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.1019 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 104.82 Å2 / Biso mean: 45.569 Å2 / Biso min: 21.48 Å2
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Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.9→50 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Type: interatomic distance / Weight position: 0.05
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LS refinement shell | Resolution: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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