PDB-4xj1: Crystal structure of Vibrio cholerae DncV apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xj1

タイトル

Crystal structure of Vibrio cholerae DncV apo form

要素

Cyclic AMP-GMP synthase

キーワード

TRANSFERASE / Cyclic GMP-AMP synthase / Bacterial virulence / nucleotidyltransferase

機能・相同性

機能・相同性情報

3',3'-cyclic GMP-AMP synthase activity / cyclic nucleotide biosynthetic process / negative regulation of chemotaxis / diguanylate cyclase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / defense response to virus / GTP binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.77 Å

データ登録者

Kato, K. / Ishii, R. / Ishitani, R. / Nureki, O.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Catalytic Mechanism of DncV, Bacterial Homolog of Cyclic GMP-AMP Synthase
著者: Kato, K. / Ishii, R. / Hirano, S. / Ishitani, R. / Nureki, O.

履歴

登録	2015年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月20日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xj1.cif.gz	167 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xj1.ent.gz	132 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xj1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/4xj1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/4xj1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xj3C 4xj4C 4xj5C 4xj6C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4xj5-d 4er3-d 2z66-1 4yjl-4 3nmw-2 4qb7-d 3kb2-d 6fmh-2 6yz5-d 4yje-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cyclic AMP-GMP synthase

ヘテロ分子

45.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.998, 50.742, 73.072
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 93.07, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1113- HOH
2	1	A-1117- HOH
3	1	A-1182- HOH

#1: タンパク質	Cyclic AMP-GMP synthase / c-AMP-GMP synthase / Dinucleotide cyclase DncV 分子量: 44970.090 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-215, 242-412 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vibrio cholerae O1 biovar El Tor str. N16961 (コレラ菌) 株: N16961 / 遺伝子: dncV, VC_0179 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q9KVG7, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 233 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG3350, sodium fluoride, Bis-Tris propane

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 0.97906 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97906 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.77→50 Å / Num. obs: 42361 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 15.3 % / Net I/σ(I): 60

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
HKL-2000		データ削減
SHARP		位相決定

精密化

解像度: 1.77→47.329 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 20.69 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2039	1945	4.71 %
R_work	0.1803	-	-
obs	0.1814	41260	98.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.77→47.329 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2924	0	16	233	3173

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2995
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.137	4041
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.024	1120
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.049	447
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	523

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7691-1.7907	0.2643	135	0.2614	2496	X-RAY DIFFRACTION	87
1.7907-1.8134	0.2895	128	0.2377	2829	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8134-1.8372	0.2502	152	0.2291	2759	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8372-1.8624	0.2619	133	0.2207	2832	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8624-1.889	0.2579	138	0.2056	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
1.889-1.9172	0.2286	135	0.194	2766	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9172-1.9472	0.2224	133	0.1992	2814	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9472-1.9791	0.2322	137	0.1843	2839	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9791-2.0132	0.2282	137	0.1846	2815	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0132-2.0498	0.1917	140	0.1887	2781	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0498-2.0892	0.194	147	0.1826	2876	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0892-2.1319	0.2232	118	0.1835	2767	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1319-2.1782	0.224	150	0.1764	2808	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1782-2.2289	0.2191	158	0.1726	2833	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2289-2.2846	0.2011	128	0.1699	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2846-2.3464	0.1791	141	0.1745	2851	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3464-2.4155	0.2193	131	0.1706	2858	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4155-2.4934	0.1988	128	0.1807	2819	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4934-2.5825	0.2195	152	0.1833	2799	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5825-2.6859	0.2169	137	0.1913	2859	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6859-2.8082	0.2056	155	0.1895	2826	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8082-2.9562	0.1953	132	0.2039	2844	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9562-3.1414	0.2297	133	0.1978	2810	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1414-3.3838	0.2325	146	0.1863	2839	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3838-3.7243	0.217	142	0.1825	2831	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7243-4.2629	0.1952	142	0.1536	2848	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2629-5.3696	0.1336	144	0.1474	2827	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3696-47.3458	0.1937	138	0.1785	2802	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9948	0.9839	-1.9644	1.5073	-2.9113	3.6419	0.1384	-0.5396	-0.1774	0.135	-0.4014	-0.0544	-0.1496	0.6262	0.2212	0.3958	-0.1971	-0	0.5376	0.0678	0.241	41.9491	25.7874	71.9918
2	1.5705	-1.0806	0.3103	1.5352	-1.6242	3.7522	0.0252	-0.5035	-0.4354	0.1529	-0.0429	0.3894	0.4176	0.0664	0.0104	0.3695	-0.0696	0.0565	0.4236	0.0375	0.3273	39.4591	24.9463	64.0529
3	1.5609	0.7348	-1.3425	1.3052	-0.7335	4.5719	0.2004	-0.4679	-0.1716	0.2562	-0.329	0.1009	0.0861	-0.0567	0.0837	0.2593	-0.0733	-0.0221	0.3625	0.0529	0.2561	38.1474	23.9138	65.067
4	2.4929	1.0958	-0.4656	1.8952	-0.3922	1.2808	0.0575	0.0257	-0.0536	0.0096	-0.0914	0.0666	0.0427	-0.0257	0.0317	0.1338	0.0207	-0.0262	0.1006	-0.0363	0.1325	39.2678	35.3372	40.1382

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 117 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 118 through 150 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 151 through 277 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 278 through 412 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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