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- PDB-4xi3: Estrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with Baz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xi3
タイトルEstrogen Receptor Alpha Ligand Binding Domain in Complex with Bazedoxifene
要素Estrogen receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Estrogen Receptor / SERM / Bazedoxifene / Breast Cancer / Nuclear Hormone Receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation ...regulation of epithelial cell apoptotic process / antral ovarian follicle growth / G protein-coupled estrogen receptor activity / regulation of branching involved in prostate gland morphogenesis / RUNX1 regulates transcription of genes involved in WNT signaling / RUNX1 regulates estrogen receptor mediated transcription / regulation of toll-like receptor signaling pathway / prostate epithelial cord arborization involved in prostate glandular acinus morphogenesis / nuclear estrogen receptor activity / epithelial cell proliferation involved in mammary gland duct elongation / epithelial cell development / prostate epithelial cord elongation / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / mammary gland branching involved in pregnancy / uterus development / vagina development / TFIIB-class transcription factor binding / androgen metabolic process / steroid hormone receptor signaling pathway / mammary gland alveolus development / estrogen receptor signaling pathway / cellular response to estrogen stimulus / estrogen response element binding / : / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / negative regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / Nuclear signaling by ERBB4 / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / protein localization to chromatin / 14-3-3 protein binding / TBP-class protein binding / nitric-oxide synthase regulator activity / steroid binding / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of growth factors and their receptors / ESR-mediated signaling / transcription corepressor binding / negative regulation of miRNA transcription / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / cellular response to estradiol stimulus / transcription coregulator binding / stem cell differentiation / nuclear estrogen receptor binding / SUMOylation of intracellular receptors / euchromatin / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / beta-catenin binding / transcription coactivator binding / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Nuclear Receptor transcription pathway / response to estrogen / Regulation of RUNX2 expression and activity / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / nuclear receptor activity / male gonad development / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / positive regulation of fibroblast proliferation / Ovarian tumor domain proteases / PIP3 activates AKT signaling / response to estradiol / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / ATPase binding / regulation of inflammatory response / fibroblast proliferation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / Extra-nuclear estrogen signaling / calmodulin binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / positive regulation of DNA-templated transcription / Golgi apparatus / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. ...Estrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal domain / : / Oestrogen receptor / Oestrogen-type nuclear receptor final C-terminal / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Bazedoxifene / Estrogen receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.491 Å
データ登録者Fanning, S.W. / Mayne, C.G. / Toy, W. / Carlson, K. / Greene, B. / Nowak, J. / Walter, R. / Panchamukhi, S. / Tajhorshid, E. / Nettles, K.W. ...Fanning, S.W. / Mayne, C.G. / Toy, W. / Carlson, K. / Greene, B. / Nowak, J. / Walter, R. / Panchamukhi, S. / Tajhorshid, E. / Nettles, K.W. / Chandarlapaty, S. / Katzenellenbogen, J. / Greene, G.L.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Defense (DOD, United States)BC131458P1 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2018
タイトル: The SERM/SERD bazedoxifene disrupts ESR1 helix 12 to overcome acquired hormone resistance in breast cancer cells.
著者: Fanning, S.W. / Jeselsohn, R. / Dharmarajan, V. / Mayne, C.G. / Karimi, M. / Buchwalter, G. / Houtman, R. / Toy, W. / Fowler, C.E. / Han, R. / Laine, M. / Carlson, K.E. / Martin, T.A. / ...著者: Fanning, S.W. / Jeselsohn, R. / Dharmarajan, V. / Mayne, C.G. / Karimi, M. / Buchwalter, G. / Houtman, R. / Toy, W. / Fowler, C.E. / Han, R. / Laine, M. / Carlson, K.E. / Martin, T.A. / Nowak, J. / Nwachukwu, J.C. / Hosfield, D.J. / Chandarlapaty, S. / Tajkhorshid, E. / Nettles, K.W. / Griffin, P.R. / Shen, Y. / Katzenellenbogen, J.A. / Brown, M. / Greene, G.L.
履歴
登録2015年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.pdbx_keywords
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年3月6日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_validate_close_contact / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Estrogen receptor
B: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,9618
ポリマ－111,0794
非ポリマー1,8824
水70339
1
A: Estrogen receptor
C: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4804
ポリマ－55,5392
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2780 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19210 Å2
手法PISA
2
B: Estrogen receptor
D: Estrogen receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4804
ポリマ－55,5392
非ポリマー9412
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2640 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area18600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.575, 59.165, 94.144
Angle α, β, γ (deg.)86.76, 75.36, 63.03
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Estrogen receptor / ER / ER-alpha / Estradiol receptor / Nuclear receptor subfamily 3 group A member 1


分子量: 27769.641 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 306-548, Ligand Binding Domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESR1, ESR, NR3A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P03372
#2: 化合物
ChemComp-29S / Bazedoxifene / 1-{4-[2-(azepan-1-yl)ethoxy]benzyl}-2-(4-hydroxyphenyl)-3-methyl-1H-indol-5-ol / バゼドキシフェン


分子量: 470.603 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H34N2O3 / コメント: 薬剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 39 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6 / 詳細: 33% PEG 3,350, 100 mM Tris pH 6.6, 250 mM MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.49→50 Å / Num. obs: 33882 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 2.2 % / Net I/σ(I): 2
反射 シェル解像度: 2.49→2.55 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.453 / Mean I/σ(I) obs: 0.05 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QXS

2qxs


解像度: 2.491→46.197 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 30.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2683 1704 5.03 %RANDOM
Rwork0.2151 ---
obs0.2178 33882 97.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.491→46.197 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6985 0 140 39 7164
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077323
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7239945
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5912627
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0441180
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061226
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4914-2.56470.34841300.29792477X-RAY DIFFRACTION89
2.5647-2.64750.31081320.2732655X-RAY DIFFRACTION97
2.6475-2.74210.32441440.25912708X-RAY DIFFRACTION98
2.7421-2.85190.33221340.25652741X-RAY DIFFRACTION98
2.8519-2.98170.33741630.24372712X-RAY DIFFRACTION98
2.9817-3.13880.27571300.2382716X-RAY DIFFRACTION99
3.1388-3.33540.27161590.22932681X-RAY DIFFRACTION99
3.3354-3.59290.27041430.21892699X-RAY DIFFRACTION98
3.5929-3.95430.21221400.19562702X-RAY DIFFRACTION98
3.9543-4.5260.23121450.17952695X-RAY DIFFRACTION98
4.526-5.70060.27261340.20642709X-RAY DIFFRACTION98
5.7006-46.20540.26451500.20452683X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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