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- PDB-4xi1: Crystal structure of U-box 2 of LubX / LegU2 / Lpp2887 from Legio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xi1
タイトルCrystal structure of U-box 2 of LubX / LegU2 / Lpp2887 from Legionella pneumophila str. Paris, wild-type
要素E3 ubiquitin-protein ligase LubX
キーワードLIGASE / ALPHA/BETA PROTEIN / EFFECTOR / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to misfolded protein / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteolysis / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / host cell / protein-folding chaperone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process ...cellular response to misfolded protein / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / positive regulation of proteolysis / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / ubiquitin protein ligase activity / host cell / protein-folding chaperone binding / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / extracellular region / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEXANE-1,6-DIOL / E3 ubiquitin-protein ligase LubX
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.983 Å
データ登録者Stogios, P.J. / Quaile, T. / Skarina, T. / Cuff, M. / Di Leo, R. / Yim, V. / Savchenko, A. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Molecular Characterization of LubX: Functional Divergence of the U-Box Fold by Legionella pneumophila.
著者: Quaile, A.T. / Urbanus, M.L. / Stogios, P.J. / Nocek, B. / Skarina, T. / Ensminger, A.W. / Savchenko, A.
履歴
登録2015年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年1月21日ID: 4WZ1
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年7月29日Group: Other
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
B: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
C: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,07711
ポリマ－35,3233
非ポリマー7548
水1,56787
1
A: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9283
ポリマ－11,7741
非ポリマー1542
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,1034
ポリマ－11,7741
非ポリマー3283
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0464
ポリマ－11,7741
非ポリマー2723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
A: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
B: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
C: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子

A: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
B: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
C: E3 ubiquitin-protein ligase LubX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,15522
ポリマ－70,6476
非ポリマー1,50816
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation13_556y,x,-z+11
Buried area13600 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area21930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)160.227, 160.227, 160.227
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-302-

CL

21C-303-

HEZ

31C-411-

HOH

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase LubX / Legionella U-box protein


分子量: 11774.493 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 102-202 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (strain Paris) (バクテリア)
株: Paris / 遺伝子: lubX, lpp2887 / プラスミド: P15TV-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q5X159, 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成）
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-HEZ / HEXANE-1,6-DIOL / 1,6-ヘキサンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 87 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15 mg/ml protein, V8 protease (1:100), 1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 2% hexanediol

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9790433 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9790433 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.98→20 Å / Num. obs: 13171 / % possible obs: 88.7 % / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 23.58
反射 シェル解像度: 2.98→3.03 Å / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.623 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 92.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-3000データ削減
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
Cootモデル構築
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4WZ2

4wz2


解像度: 2.983→19.874 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2095 659 5 %Random selection
Rwork0.1623 ---
obs0.1647 13167 88.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.983→19.874 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1836 0 48 87 1971
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091908
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0522561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.849733
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043295
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004317
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9825-3.21190.30781330.24682532X-RAY DIFFRACTION92
3.2119-3.53350.26381330.19372527X-RAY DIFFRACTION92
3.5335-4.04110.23151330.15962508X-RAY DIFFRACTION90
4.0411-5.07730.15231310.13292485X-RAY DIFFRACTION88
5.0773-19.87410.19941290.15472456X-RAY DIFFRACTION82
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.8613-1.06090.25278.6093-1.68994.59510.01590.03250.7563-0.7020.0265-0.2233-1.0008-0.0496-0.04230.9792-0.02490.04880.47160.09030.559735.728247.425664.9005
22.81532.25341.19593.9045-2.49076.5944-0.41620.6640.3352-1.02340.73140.2128-0.0816-1.5431-0.28121.34790.0844-0.12650.8980.09850.749227.067946.176356.5317
33.6452-1.66233.18829.02281.8894.217-0.3782-0.69160.77170.0435-0.4522-0.2714-1.1455-0.17180.74530.6835-0.12280.05050.6740.04550.611338.564646.525578.5951
43.6428-1.4956-2.80646.9602-1.15339.40560.33280.5758-0.0169-0.7806-0.193-0.3478-0.21450.7504-0.03760.5814-0.08430.08430.55210.03090.460644.624731.835362.317
54.41721.3772-5.12753.51031.13398.37610.6776-0.15420.64960.02960.1547-0.679-1.09341.7657-0.7910.8199-0.24280.11821.2196-0.00570.867955.6236.188165.1997
65.21954.3687-1.38284.3514-2.91826.11660.35670.4891-1.16760.0287-0.1208-1.07530.2889-0.0551-0.14810.70380.0179-0.00810.4867-0.02250.508832.879924.786667.4456
73.8535-0.84620.0095.9203-2.43086.89730.32490.0175-0.1703-0.2942-0.31580.42080.1214-0.1728-0.00230.4066-0.0584-0.1160.51670.01430.606513.347125.411877.1715
88.98921.17740.04971.9504-1.21024.7324-0.0026-0.9756-0.23160.0679-0.1010.18470.1760.22640.08560.5030.0308-0.01830.5311-0.00350.5467.072927.0987.5404
98.25261.6677-6.79876.4952-1.00885.65380.2090.85530.5302-0.2460.25150.248-0.8498-0.4996-0.36230.4599-0.0561-0.12070.61010.09130.675323.191631.295969.6408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resi 123:158
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resi 159:182
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and resi 183:198
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resi 124:158
5X-RAY DIFFRACTION5chain B and resi 159:182
6X-RAY DIFFRACTION6chain B and resi 183:198
7X-RAY DIFFRACTION7chain C and resi 123:158
8X-RAY DIFFRACTION8chain C and resi 159:182
9X-RAY DIFFRACTION9chain C and resi 183:197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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