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Yorodumi- PDB-5jmb: The Crystal structure of the N-terminal domain of a novel cellula... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 5jmb | ||||||
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Title | The Crystal structure of the N-terminal domain of a novel cellulases from Bacteroides coprocola | ||||||
Components | Uncharacterized protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / cellulases | ||||||
Function / homology | Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Bacteroides coprocola (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.05 Å | ||||||
Authors | Tan, K. / Gu, M. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
Funding support | United States, 1items
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Citation | Journal: To Be Published Title: The Crystal structure of the N-terminal domain of a novel cellulases from Bacteroides coprocola (CASP target) Authors: Tan, K. / Gu, M. / Jedrzejczak, R. / Joachimiak, A. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 5jmb.cif.gz | 84.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb5jmb.ent.gz | 68.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 5jmb.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/5jmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jm/5jmb | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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-Components
#1: Protein | Mass: 10581.402 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal domain (UNP residues 43-133) Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Bacteroides coprocola (bacteria) / Plasmid: pMCSG68 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21-Gold(DE3) / References: UniProt: B3JI28 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.31 Å3/Da / Density % sol: 46.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 289 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7 / Details: 1.8M Ammonium Citrate Tribasic pH7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: APS / Beamline: 19-ID / Wavelength: 0.97918 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Apr 22, 2016 / Details: Mirror |
Radiation | Monochromator: Si 111 crystal / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97918 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.05→41 Å / Num. obs: 13622 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.113 / Net I/σ(I): 20.7 |
Reflection shell | Resolution: 2.05→2.09 Å / Redundancy: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.1 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.05→41 Å / SU ML: 0.22 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / Phase error: 22.18
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.05→41 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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