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- PDB-4xhv: Crystal structure of Drosophila Spinophilin-PDZ and a C-terminal ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xhv
タイトルCrystal structure of Drosophila Spinophilin-PDZ and a C-terminal peptide of Neurexin
要素
  • LP20995p
  • Neurexin 1
キーワードSIGNALING PROTEIN / Spinophilin / Neurexin / Praesynaptic density / SYNAPSE
機能・相同性
機能・相同性情報


vitamin A transport / negative regulation of presynaptic active zone assembly / regulation of neuromuscular synaptic transmission / type I terminal bouton / regulation of terminal button organization / neuroligin family protein binding / apical cortex / neurexin family protein binding / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / neuromuscular synaptic transmission ...vitamin A transport / negative regulation of presynaptic active zone assembly / regulation of neuromuscular synaptic transmission / type I terminal bouton / regulation of terminal button organization / neuroligin family protein binding / apical cortex / neurexin family protein binding / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / neuromuscular synaptic transmission / locomotion / synaptic assembly at neuromuscular junction / regulation of locomotion / associative learning / synaptic vesicle endocytosis / apolipoprotein binding / synapse assembly / actin filament organization / calcium-mediated signaling / synapse organization / neuromuscular junction / neuron projection development / actin filament binding / nervous system development / actin cytoskeleton / actin binding / presynaptic membrane / chemical synaptic transmission / postsynaptic membrane / cell differentiation / cytoskeleton / postsynaptic density / synapse / dendrite / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neurabin-1/2, PDZ domain / Neurabin-like family / PDZ domain / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / PDZ domain ...Neurabin-1/2, PDZ domain / Neurabin-like family / PDZ domain / : / Laminin G domain / Laminin G domain profile. / Laminin G domain / Laminin G domain / SAM domain (Sterile alpha motif) / PDZ domain / Pdz3 Domain / EGF-like domain / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Epidermal growth factor-like domain. / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / EGF-like domain profile. / PDZ domain / EGF-like domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LP20995p / Spinophilin, isoform J / Neurexin 1
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.23 Å
データ登録者Driller, J.H. / Muhammad, K.G.H. / Reddy, S. / Rey, U. / Boehme, M.A. / Hollmann, C. / Ramesh, N. / Depner, H. / Luetzkendorf, J. / Matkovic, T. ...Driller, J.H. / Muhammad, K.G.H. / Reddy, S. / Rey, U. / Boehme, M.A. / Hollmann, C. / Ramesh, N. / Depner, H. / Luetzkendorf, J. / Matkovic, T. / Bergeron, D. / Quentin, C. / Schmoranzer, J. / Goettfert, F. / Holt, M. / Wahl, M.C. / Hell, S.W. / Walter, A. / Sigrist, S.J. / Loll, B.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB958/A3 ドイツ
German Research FoundationSFB958/A6 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Presynaptic spinophilin tunes neurexin signalling to control active zone architecture and function.
著者: Muhammad, K. / Reddy-Alla, S. / Driller, J.H. / Schreiner, D. / Rey, U. / Bohme, M.A. / Hollmann, C. / Ramesh, N. / Depner, H. / Lutzkendorf, J. / Matkovic, T. / Gotz, T. / Bergeron, D.D. / ...著者: Muhammad, K. / Reddy-Alla, S. / Driller, J.H. / Schreiner, D. / Rey, U. / Bohme, M.A. / Hollmann, C. / Ramesh, N. / Depner, H. / Lutzkendorf, J. / Matkovic, T. / Gotz, T. / Bergeron, D.D. / Schmoranzer, J. / Goettfert, F. / Holt, M. / Wahl, M.C. / Hell, S.W. / Scheiffele, P. / Walter, A.M. / Loll, B. / Sigrist, S.J.
履歴
登録2015年1月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 2.02024年1月10日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.occupancy / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site_gen.auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LP20995p
B: Neurexin 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1245
ポリマ－10,9622
非ポリマー1633
水3,171176
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1140 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area6420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.302, 45.302, 94.533
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 LP20995p


分子量: 9691.182 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1258-1347 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Spn-RA / プラスミド: pET-MBP1a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): T1R / 参照: UniProt: D1Z359, UniProt: M9NFI9*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Neurexin 1


分子量: 1270.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
参照: UniProt: Q3KN41

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非ポリマー , 4種, 179分子

#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 176 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris-HCl at pH 8.5 adjusted at RT, 0.01 M nickel chloride, 20% (w/v) PEG 2000 MME

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.91841 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年8月23日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91841 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.23→45.3 Å / Num. obs: 29395 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 15.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 21.6
反射 シェル解像度: 1.23→1.3 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.611 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 98.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EGG

3egg


解像度: 1.23→32.033 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1622 1470 5 %
Rwork0.1377 --
obs0.139 29383 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 14.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.23→32.033 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数769 0 6 176 951
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016868
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6281185
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.03344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.098137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009156
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.229-1.26860.21011270.20712422X-RAY DIFFRACTION98
1.2686-1.3140.22661320.17552492X-RAY DIFFRACTION100
1.314-1.36660.15261310.14092492X-RAY DIFFRACTION100
1.3666-1.42880.16461320.12612518X-RAY DIFFRACTION100
1.4288-1.50410.16221320.11372502X-RAY DIFFRACTION100
1.5041-1.59840.16551320.10712512X-RAY DIFFRACTION100
1.5984-1.72180.12611330.11132533X-RAY DIFFRACTION100
1.7218-1.8950.15521340.11912546X-RAY DIFFRACTION100
1.895-2.16920.16171350.12762563X-RAY DIFFRACTION100
2.1692-2.73270.15661370.13562600X-RAY DIFFRACTION100
2.7327-32.04420.16351450.15382733X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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