PDB-4xgz: Crystal structure of human paxillin LD2 motif in complex with Fab...

基本情報

• 登録情報: データベース: PDB / ID: 4xgz
• タイトル: Crystal structure of human paxillin LD2 motif in complex with Fab fragment

要素

• FAB HEAVY CHAIN
• FAB LIGHT CHAIN
• PAXILLIN LD2

• キーワード: CELL ADHESION / synthetic antibody / paxillin / LD motif / immunoglobulin / Fab fragment / complex / focal adhesion

機能・相同性

分子機能:

Regulation of cytoskeletal remodeling and cell spreading by IPP complex components / Localization of the PINCH-ILK-PARVIN complex to focal adhesions / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in extracellular matrix, focal adhesion and epithelial-to-mesenchymal transition / neuropilin binding / vinculin binding / signal complex assembly / microtubule associated complex / growth hormone receptor signaling pathway / Smooth Muscle Contraction / GAB1 signalosome / endothelial cell migration / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / stress fiber / positive regulation of stress fiber assembly / substrate adhesion-dependent cell spreading / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / cellular response to reactive oxygen species / beta-catenin binding / VEGFA-VEGFR2 Pathway / cell-cell junction / cell migration / lamellipodium / cell cortex / protein phosphatase binding / cell adhesion / focal adhesion / signal transduction / metal ion binding / plasma membrane / cytosol

ドメイン・相同性:

Paxillin / : / : / Paxillin family / LIM zinc-binding domain signature. / LIM domain / Zinc-binding domain present in Lin-11, Isl-1, Mec-3. / Zinc finger, LIM-type / LIM domain profile. / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

構成要素:

NITRATE ION / Paxillin

• 生物種: Homo sapiens (ヒト)
• 手法: X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
• データ登録者: Nocula-Lugowska, M. / Lugowski, M. / Salgia, R. / Kossiakoff, A.A.

資金援助

米国, 1件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)		米国

• 引用: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015; タイトル: Engineering Synthetic Antibody Inhibitors Specific for LD2 or LD4 Motifs of Paxillin.; 著者: Nocula-Lugowska, M. / Lugowski, M. / Salgia, R. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2015年1月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月31日	Group: Other
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

集合体

登録構造単位

A: FAB HEAVY CHAIN

B: FAB LIGHT CHAIN

C: FAB HEAVY CHAIN

D: FAB LIGHT CHAIN

E: FAB HEAVY CHAIN

F: FAB LIGHT CHAIN

G: FAB HEAVY CHAIN

H: FAB HEAVY CHAIN

I: FAB LIGHT CHAIN

J: FAB HEAVY CHAIN

K: FAB LIGHT CHAIN

L: FAB LIGHT CHAIN

M: FAB HEAVY CHAIN

N: FAB LIGHT CHAIN

O: FAB HEAVY CHAIN

P: FAB LIGHT CHAIN

Q: FAB HEAVY CHAIN

R: FAB LIGHT CHAIN

S: FAB HEAVY CHAIN

T: FAB LIGHT CHAIN

U: FAB HEAVY CHAIN

V: FAB LIGHT CHAIN

W: FAB HEAVY CHAIN

X: FAB LIGHT CHAIN

a: PAXILLIN LD2

c: PAXILLIN LD2

e: PAXILLIN LD2

g: PAXILLIN LD2

h: PAXILLIN LD2

j: PAXILLIN LD2

m: PAXILLIN LD2

o: PAXILLIN LD2

q: PAXILLIN LD2

s: PAXILLIN LD2

u: PAXILLIN LD2

w: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 598 kDa, 36 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	598,042	51
ポリマ－	597,112	36
非ポリマー	930	15
水	6,792	377

1

A: FAB HEAVY CHAIN

B: FAB LIGHT CHAIN

a: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5210 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	19900 Å2
手法	PISA

2

C: FAB HEAVY CHAIN

D: FAB LIGHT CHAIN

c: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5400 Å2
ΔGint	-40 kcal/mol
Surface area	20120 Å2
手法	PISA

3

E: FAB HEAVY CHAIN

F: FAB LIGHT CHAIN

e: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5120 Å2
ΔGint	-36 kcal/mol
Surface area	19550 Å2
手法	PISA

4

G: FAB HEAVY CHAIN

I: FAB LIGHT CHAIN

g: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5320 Å2
ΔGint	-41 kcal/mol
Surface area	19930 Å2
手法	PISA

5

H: FAB HEAVY CHAIN

L: FAB LIGHT CHAIN

h: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	36	2

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5390 Å2
ΔGint	-38 kcal/mol
Surface area	19610 Å2
手法	PISA

6

J: FAB HEAVY CHAIN

K: FAB LIGHT CHAIN

j: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5430 Å2
ΔGint	-41 kcal/mol
Surface area	20700 Å2
手法	PISA

7

M: FAB HEAVY CHAIN

N: FAB LIGHT CHAIN

m: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.9 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,883	5
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	124	2
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5340 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	20170 Å2
手法	PISA

8

O: FAB HEAVY CHAIN

P: FAB LIGHT CHAIN

o: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5430 Å2
ΔGint	-40 kcal/mol
Surface area	19970 Å2
手法	PISA

9

Q: FAB HEAVY CHAIN

R: FAB LIGHT CHAIN

q: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.9 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,883	5
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	124	2
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5410 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	20480 Å2
手法	PISA

10

S: FAB HEAVY CHAIN

T: FAB LIGHT CHAIN

s: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5210 Å2
ΔGint	-37 kcal/mol
Surface area	19840 Å2
手法	PISA

11

U: FAB HEAVY CHAIN

V: FAB LIGHT CHAIN

u: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.8 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,821	4
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	62	1
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5270 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	19990 Å2
手法	PISA

12

W: FAB HEAVY CHAIN

X: FAB LIGHT CHAIN

w: PAXILLIN LD2

ヘテロ分子

概要:

• 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
• 49.9 kDa, 3 ポリマー

構成要素の詳細:

	分子量 (理論値)	分子数
合計 (水以外)	49,883	5
ポリマ－	49,759	3
非ポリマー	124	2
水	54	3

対称操作:

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1

計算値:

Buried area	5460 Å2
ΔGint	-39 kcal/mol
Surface area	19680 Å2
手法	PISA

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.189, 111.004, 143.865
Angle α, β, γ (deg.)	94.65, 95.28, 114.53
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
1	2	A
2	2	E
1	3	A
2	3	G
1	4	A
2	4	H
1	5	A
2	5	J
1	6	A
2	6	M
1	7	A
2	7	O
1	8	A
2	8	Q
1	9	A
2	9	S
1	10	A
2	10	U
1	11	A
2	11	W
1	12	B
2	12	D
1	13	B
2	13	F
1	14	B
2	14	I
1	15	B
2	15	K
1	16	B
2	16	L
1	17	B
2	17	N
1	18	B
2	18	P
1	19	B
2	19	R
1	20	B
2	20	T
1	21	B
2	21	V
1	22	B
2	22	X
1	23	C
2	23	E
1	24	C
2	24	G
1	25	C
2	25	H
1	26	C
2	26	J
1	27	C
2	27	M
1	28	C
2	28	O
1	29	C
2	29	Q
1	30	C
2	30	S
1	31	C
2	31	U
1	32	C
2	32	W
1	33	D
2	33	F
1	34	D
2	34	I
1	35	D
2	35	K
1	36	D
2	36	L
1	37	D
2	37	N
1	38	D
2	38	P
1	39	D
2	39	R
1	40	D
2	40	T
1	41	D
2	41	V
1	42	D
2	42	X
1	43	E
2	43	G
1	44	E
2	44	H
1	45	E
2	45	J
1	46	E
2	46	M
1	47	E
2	47	O
1	48	E
2	48	Q
1	49	E
2	49	S
1	50	E
2	50	U
1	51	E
2	51	W
1	52	F
2	52	I
1	53	F
2	53	K
1	54	F
2	54	L
1	55	F
2	55	N
1	56	F
2	56	P
1	57	F
2	57	R
1	58	F
2	58	T
1	59	F
2	59	V
1	60	F
2	60	X
1	61	G
2	61	H
1	62	G
2	62	J
1	63	G
2	63	M
1	64	G
2	64	O
1	65	G
2	65	Q
1	66	G
2	66	S
1	67	G
2	67	U
1	68	G
2	68	W
1	69	H
2	69	J
1	70	H
2	70	M
1	71	H
2	71	O
1	72	H
2	72	Q
1	73	H
2	73	S
1	74	H
2	74	U
1	75	H
2	75	W
1	76	I
2	76	K
1	77	I
2	77	L
1	78	I
2	78	N
1	79	I
2	79	P
1	80	I
2	80	R
1	81	I
2	81	T
1	82	I
2	82	V
1	83	I
2	83	X
1	84	J
2	84	M
1	85	J
2	85	O
1	86	J
2	86	Q
1	87	J
2	87	S
1	88	J
2	88	U
1	89	J
2	89	W
1	90	K
2	90	L
1	91	K
2	91	N
1	92	K
2	92	P
1	93	K
2	93	R
1	94	K
2	94	T
1	95	K
2	95	V
1	96	K
2	96	X
1	97	L
2	97	N
1	98	L
2	98	P
1	99	L
2	99	R
1	100	L
2	100	T
1	101	L
2	101	V
1	102	L
2	102	X
1	103	M
2	103	O
1	104	M
2	104	Q
1	105	M
2	105	S
1	106	M
2	106	U
1	107	M
2	107	W
1	108	N
2	108	P
1	109	N
2	109	R
1	110	N
2	110	T
1	111	N
2	111	V
1	112	N
2	112	X
1	113	O
2	113	Q
1	114	O
2	114	S
1	115	O
2	115	U
1	116	O
2	116	W
1	117	P
2	117	R
1	118	P
2	118	T
1	119	P
2	119	V
1	120	P
2	120	X
1	121	Q
2	121	S
1	122	Q
2	122	U
1	123	Q
2	123	W
1	124	R
2	124	T
1	125	R
2	125	V
1	126	R
2	126	X
1	127	S
2	127	U
1	128	S
2	128	W
1	129	T
2	129	V
1	130	T
2	130	X
1	131	U
2	131	W
1	132	V
2	132	X
1	133	a
2	133	c
1	134	a
2	134	e
1	135	a
2	135	g
1	136	a
2	136	h
1	137	a
2	137	j
1	138	a
2	138	m
1	139	a
2	139	o
1	140	a
2	140	q
1	141	a
2	141	s
1	142	a
2	142	u
1	143	a
2	143	w
1	144	c
2	144	e
1	145	c
2	145	g
1	146	c
2	146	h
1	147	c
2	147	j
1	148	c
2	148	m
1	149	c
2	149	o
1	150	c
2	150	q
1	151	c
2	151	s
1	152	c
2	152	u
1	153	c
2	153	w
1	154	e
2	154	g
1	155	e
2	155	h
1	156	e
2	156	j
1	157	e
2	157	m
1	158	e
2	158	o
1	159	e
2	159	q
1	160	e
2	160	s
1	161	e
2	161	u
1	162	e
2	162	w
1	163	g
2	163	h
1	164	g
2	164	j
1	165	g
2	165	m
1	166	g
2	166	o
1	167	g
2	167	q
1	168	g
2	168	s
1	169	g
2	169	u
1	170	g
2	170	w
1	171	h
2	171	j
1	172	h
2	172	m
1	173	h
2	173	o
1	174	h
2	174	q
1	175	h
2	175	s
1	176	h
2	176	u
1	177	h
2	177	w
1	178	j
2	178	m
1	179	j
2	179	o
1	180	j
2	180	q
1	181	j
2	181	s
1	182	j
2	182	u
1	183	j
2	183	w
1	184	m
2	184	o
1	185	m
2	185	q
1	186	m
2	186	s
1	187	m
2	187	u
1	188	m
2	188	w
1	189	o
2	189	q
1	190	o
2	190	s
1	191	o
2	191	u
1	192	o
2	192	w
1	193	q
2	193	s
1	194	q
2	194	u
1	195	q
2	195	w
1	196	s
2	196	u
1	197	s
2	197	w
1	198	u
2	198	w

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	1 - 216
2	0	1	0	C	1 - 216
1	0	2	0	A	0 - 214
2	0	2	0	E	0 - 214
1	0	3	0	A	0 - 216
2	0	3	0	G	0 - 216
1	0	4	0	A	0 - 214
2	0	4	0	H	0 - 214
1	0	5	0	A	0 - 216
2	0	5	0	J	0 - 216
1	0	6	0	A	0 - 216
2	0	6	0	M	0 - 216
1	0	7	0	A	0 - 216
2	0	7	0	O	0 - 216
1	0	8	0	A	0 - 216
2	0	8	0	Q	0 - 216
1	0	9	0	A	0 - 215
2	0	9	0	S	0 - 215
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2	0	10	0	U	0 - 216
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要素

タンパク質・ペプチド , 1種, 12分子 a c e g h j m o q s u w

#3: タンパク質・ペプチド

a c e g h j m o q s u w
PAXILLIN LD2

詳細:

分子量: 2190.456 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P49023*PLUS

抗体 , 2種, 24分子 A C E G H J M O Q S U W B D F I K L N P R T V X

#1: 抗体

A C E G H J M O Q S U W
FAB HEAVY CHAIN

詳細:

分子量: 24310.086 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGHG1 / 詳細 (発現宿主): phoA promoter / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

#2: 抗体

B D F I K L N P R T V X
FAB LIGHT CHAIN

詳細:

分子量: 23258.783 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGKC / 詳細 (発現宿主): phoA promoter / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

非ポリマー , 3種, 392分子

#4: 化合物

B-301 D-301 F-301 I-301 K-301 L-301 N-302 P-301 R-301 T-301 V-301 X-301
ChemComp-NO3 / NITRATE ION

詳細:

分子量: 62.005 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO₃

#5: 化合物

N-301 Q-301 W-301 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル

詳細:

分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂

#6: 水

ChemComp-HOH / water

詳細:

分子量: 18.015 Da / 分子数: 377 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

詳細

• Has protein modification: Y

実験情報

実験

• 実験: 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

試料調製

• 結晶: マシュー密度: 2.6 ų/Da / 溶媒含有率: 52.66 %
• 結晶化: 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M sodium nitrate

データ収集

• 回折: 平均測定温度: 100 K
• 放射光源: 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
• 検出器: タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月10日
• 放射: プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
• 放射波長: 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
• 反射: 解像度: 2.5→142 Å / Num. obs: 207767 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 56.9 Ų / R_sym value: 0.091 / Net I/σ(I): 7.4
• 反射 シェル: 解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / R_sym value: 0.721 / % possible all: 94.2

解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.6.0117	精密化
XDS	3.3.20	データ削減
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PGF

3pgf

解像度: 2.5→142 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.932 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 23.568 / SU ML: 0.235 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.763 / ESU R Free: 0.296 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	Rfactor	反射数	%反射	Selection details
Rfree	0.245	9883	5 %	RANDOM
Rwork	0.228	-	-	-
obs	0.228	185949	94.3 %	-

• 溶媒の処理: イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.83 Ų

	Baniso -1	Baniso -2	Baniso -3
1-	0.91 Å2	1.11 Å2	-1.08 Å2
2-	-	0.5 Å2	0.45 Å2
3-	-	-	-0.61 Å2

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→142 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	39989	0	60	377	40426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.006	0.02	40968
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.004	0.02	27147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.073	1.957	55725
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.154	3.003	66378
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.631	5	5257
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.288	24.156	1540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.114	15	6475
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.332	15	155
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	6339
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	45640
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.003	0.02	8159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7071	0.06
1	2	C	7071	0.06
2	1	A	6970	0.04
2	2	E	6970	0.04
3	1	A	7118	0.05
3	2	G	7118	0.05
4	1	A	7036	0.05
4	2	H	7036	0.05
5	1	A	7079	0.05
5	2	J	7079	0.05
6	1	A	7040	0.05
6	2	M	7040	0.05
7	1	A	7057	0.05
7	2	O	7057	0.05
8	1	A	7038	0.04
8	2	Q	7038	0.04
9	1	A	7052	0.05
9	2	S	7052	0.05
10	1	A	7085	0.05
10	2	U	7085	0.05
11	1	A	7075	0.06
11	2	W	7075	0.06
12	1	B	7325	0.07
12	2	D	7325	0.07
13	1	B	7154	0.06
13	2	F	7154	0.06
14	1	B	7292	0.07
14	2	I	7292	0.07
15	1	B	7327	0.06
15	2	K	7327	0.06
16	1	B	7194	0.07
16	2	L	7194	0.07
17	1	B	7316	0.07
17	2	N	7316	0.07
18	1	B	7339	0.07
18	2	P	7339	0.07
19	1	B	7361	0.07
19	2	R	7361	0.07
20	1	B	7269	0.07
20	2	T	7269	0.07
21	1	B	7322	0.08
21	2	V	7322	0.08
22	1	B	7329	0.07
22	2	X	7329	0.07
23	1	C	6944	0.05
23	2	E	6944	0.05
24	1	C	7085	0.06
24	2	G	7085	0.06
25	1	C	7020	0.06
25	2	H	7020	0.06
26	1	C	7110	0.06
26	2	J	7110	0.06
27	1	C	7044	0.07
27	2	M	7044	0.07
28	1	C	7137	0.06
28	2	O	7137	0.06
29	1	C	7042	0.05
29	2	Q	7042	0.05
30	1	C	7038	0.06
30	2	S	7038	0.06
31	1	C	7061	0.06
31	2	U	7061	0.06
32	1	C	7037	0.06
32	2	W	7037	0.06
33	1	D	7172	0.06
33	2	F	7172	0.06
34	1	D	7334	0.07
34	2	I	7334	0.07
35	1	D	7347	0.07
35	2	K	7347	0.07
36	1	D	7271	0.07
36	2	L	7271	0.07
37	1	D	7405	0.08
37	2	N	7405	0.08
38	1	D	7350	0.08
38	2	P	7350	0.08
39	1	D	7282	0.08
39	2	R	7282	0.08
40	1	D	7280	0.08
40	2	T	7280	0.08
41	1	D	7303	0.08
41	2	V	7303	0.08
42	1	D	7351	0.07
42	2	X	7351	0.07
43	1	E	6976	0.04
43	2	G	6976	0.04
44	1	E	6941	0.05
44	2	H	6941	0.05
45	1	E	6966	0.04
45	2	J	6966	0.04
46	1	E	6908	0.05
46	2	M	6908	0.05
47	1	E	6936	0.05
47	2	O	6936	0.05
48	1	E	6922	0.03
48	2	Q	6922	0.03
49	1	E	6959	0.04
49	2	S	6959	0.04
50	1	E	6961	0.04
50	2	U	6961	0.04
51	1	E	6923	0.05
51	2	W	6923	0.05
52	1	F	7105	0.06
52	2	I	7105	0.06
53	1	F	7114	0.05
53	2	K	7114	0.05
54	1	F	7102	0.06
54	2	L	7102	0.06
55	1	F	7141	0.06
55	2	N	7141	0.06
56	1	F	7120	0.06
56	2	P	7120	0.06
57	1	F	7106	0.07
57	2	R	7106	0.07
58	1	F	7108	0.06
58	2	T	7108	0.06
59	1	F	7121	0.07
59	2	V	7121	0.07
60	1	F	7157	0.05
60	2	X	7157	0.05
61	1	G	7057	0.06
61	2	H	7057	0.06
62	1	G	7088	0.06
62	2	J	7088	0.06
63	1	G	7051	0.06
63	2	M	7051	0.06
64	1	G	7070	0.06
64	2	O	7070	0.06
65	1	G	7041	0.05
65	2	Q	7041	0.05
66	1	G	7051	0.06
66	2	S	7051	0.06
67	1	G	7115	0.05
67	2	U	7115	0.05
68	1	G	7103	0.05
68	2	W	7103	0.05
69	1	H	7035	0.06
69	2	J	7035	0.06
70	1	H	7011	0.08
70	2	M	7011	0.08
71	1	H	7109	0.07
71	2	O	7109	0.07
72	1	H	7002	0.05
72	2	Q	7002	0.05
73	1	H	7016	0.06
73	2	S	7016	0.06
74	1	H	7042	0.05
74	2	U	7042	0.05
75	1	H	7021	0.06
75	2	W	7021	0.06
76	1	I	7384	0.06
76	2	K	7384	0.06
77	1	I	7217	0.06
77	2	L	7217	0.06
78	1	I	7327	0.07
78	2	N	7327	0.07
79	1	I	7394	0.07
79	2	P	7394	0.07
80	1	I	7325	0.07
80	2	R	7325	0.07
81	1	I	7343	0.06
81	2	T	7343	0.06
82	1	I	7403	0.06
82	2	V	7403	0.06
83	1	I	7392	0.06
83	2	X	7392	0.06
84	1	J	7099	0.06
84	2	M	7099	0.06
85	1	J	7117	0.06
85	2	O	7117	0.06
86	1	J	7041	0.05
86	2	Q	7041	0.05
87	1	J	7062	0.05
87	2	S	7062	0.05
88	1	J	7064	0.05
88	2	U	7064	0.05
89	1	J	7052	0.05
89	2	W	7052	0.05
90	1	K	7247	0.05
90	2	L	7247	0.05
91	1	K	7352	0.06
91	2	N	7352	0.06
92	1	K	7366	0.07
92	2	P	7366	0.07
93	1	K	7318	0.07
93	2	R	7318	0.07
94	1	K	7358	0.06
94	2	T	7358	0.06
95	1	K	7349	0.07
95	2	V	7349	0.07
96	1	K	7405	0.06
96	2	X	7405	0.06
97	1	L	7313	0.06
97	2	N	7313	0.06
98	1	L	7215	0.06
98	2	P	7215	0.06
99	1	L	7195	0.07
99	2	R	7195	0.07
100	1	L	7166	0.07
100	2	T	7166	0.07
101	1	L	7184	0.07
101	2	V	7184	0.07
102	1	L	7227	0.06
102	2	X	7227	0.06
103	1	M	7089	0.08
103	2	O	7089	0.08
104	1	M	7013	0.05
104	2	Q	7013	0.05
105	1	M	6993	0.06
105	2	S	6993	0.06
106	1	M	7017	0.06
106	2	U	7017	0.06
107	1	M	7077	0.06
107	2	W	7077	0.06
108	1	N	7356	0.06
108	2	P	7356	0.06
109	1	N	7284	0.07
109	2	R	7284	0.07
110	1	N	7278	0.07
110	2	T	7278	0.07
111	1	N	7305	0.07
111	2	V	7305	0.07
112	1	N	7341	0.07
112	2	X	7341	0.07
113	1	O	7046	0.04
113	2	Q	7046	0.04
114	1	O	7021	0.05
114	2	S	7021	0.05
115	1	O	7056	0.06
115	2	U	7056	0.06
116	1	O	7028	0.06
116	2	W	7028	0.06
117	1	P	7274	0.08
117	2	R	7274	0.08
118	1	P	7294	0.08
118	2	T	7294	0.08
119	1	P	7317	0.08
119	2	V	7317	0.08
120	1	P	7404	0.06
120	2	X	7404	0.06
121	1	Q	7009	0.03
121	2	S	7009	0.03
122	1	Q	7041	0.04
122	2	U	7041	0.04
123	1	Q	6998	0.05
123	2	W	6998	0.05
124	1	R	7247	0.07
124	2	T	7247	0.07
125	1	R	7320	0.07
125	2	V	7320	0.07
126	1	R	7290	0.07
126	2	X	7290	0.07
127	1	S	7049	0.05
127	2	U	7049	0.05
128	1	S	7008	0.06
128	2	W	7008	0.06
129	1	T	7304	0.07
129	2	V	7304	0.07
130	1	T	7328	0.07
130	2	X	7328	0.07
131	1	U	7052	0.05
131	2	W	7052	0.05
132	1	V	7366	0.07
132	2	X	7366	0.07
133	1	a	333	0.12
133	2	c	333	0.12
134	1	a	333	0.12
134	2	e	333	0.12
135	1	a	334	0.11
135	2	g	334	0.11
136	1	a	338	0.11
136	2	h	338	0.11
137	1	a	334	0.11
137	2	j	334	0.11
138	1	a	328	0.15
138	2	m	328	0.15
139	1	a	355	0.15
139	2	o	355	0.15
140	1	a	340	0.1
140	2	q	340	0.1
141	1	a	351	0.17
141	2	s	351	0.17
142	1	a	337	0.11
142	2	u	337	0.11
143	1	a	357	0.13
143	2	w	357	0.13
144	1	c	387	0
144	2	e	387	0
145	1	c	382	0.05
145	2	g	382	0.05
146	1	c	379	0.05
146	2	h	379	0.05
147	1	c	432	0.1
147	2	j	432	0.1
148	1	c	382	0.08
148	2	m	382	0.08
149	1	c	336	0.13
149	2	o	336	0.13
150	1	c	439	0.08
150	2	q	439	0.08
151	1	c	349	0.13
151	2	s	349	0.13
152	1	c	366	0.12
152	2	u	366	0.12
153	1	c	356	0.05
153	2	w	356	0.05
154	1	e	412	0.05
154	2	g	412	0.05
155	1	e	400	0.08
155	2	h	400	0.08
156	1	e	367	0.09
156	2	j	367	0.09
157	1	e	411	0.1
157	2	m	411	0.1
158	1	e	336	0.13
158	2	o	336	0.13
159	1	e	375	0.07
159	2	q	375	0.07
160	1	e	349	0.13
160	2	s	349	0.13
161	1	e	383	0.13
161	2	u	383	0.13
162	1	e	356	0.05
162	2	w	356	0.05
163	1	g	395	0.09
163	2	h	395	0.09
164	1	g	368	0.07
164	2	j	368	0.07
165	1	g	406	0.11
165	2	m	406	0.11
166	1	g	337	0.12
166	2	o	337	0.12
167	1	g	376	0.05
167	2	q	376	0.05
168	1	g	344	0.14
168	2	s	344	0.14
169	1	g	384	0.12
169	2	u	384	0.12
170	1	g	351	0.07
170	2	w	351	0.07
171	1	h	373	0.07
171	2	j	373	0.07
172	1	h	398	0.12
172	2	m	398	0.12
173	1	h	342	0.12
173	2	o	342	0.12
174	1	h	381	0.05
174	2	q	381	0.05
175	1	h	342	0.14
175	2	s	342	0.14
176	1	h	385	0.12
176	2	u	385	0.12
177	1	h	349	0.07
177	2	w	349	0.07
178	1	j	363	0.12
178	2	m	363	0.12
179	1	j	336	0.11
179	2	o	336	0.11
180	1	j	565	0.04
180	2	q	565	0.04
181	1	j	336	0.15
181	2	s	336	0.15
182	1	j	368	0.1
182	2	u	368	0.1
183	1	j	338	0.1
183	2	w	338	0.1
184	1	m	338	0.11
184	2	o	338	0.11
185	1	m	371	0.11
185	2	q	371	0.11
186	1	m	350	0.09
186	2	s	350	0.09
187	1	m	383	0.12
187	2	u	383	0.12
188	1	m	356	0.07
188	2	w	356	0.07
189	1	o	343	0.1
189	2	q	343	0.1
190	1	o	360	0.15
190	2	s	360	0.15
191	1	o	344	0.09
191	2	u	344	0.09
192	1	o	365	0.12
192	2	w	365	0.12
193	1	q	338	0.15
193	2	s	338	0.15
194	1	q	374	0.1
194	2	u	374	0.1
195	1	q	345	0.09
195	2	w	345	0.09
196	1	s	339	0.14
196	2	u	339	0.14
197	1	s	378	0.11
197	2	w	378	0.11
198	1	u	346	0.07
198	2	w	346	0.07

LS精密化 シェル

解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20

	Rfactor	反射数	%反射
Rfree	0.407	736	-
Rwork	0.396	13676	-
obs	-	-	93.08 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°2)	L12 (°2)	L13 (°2)	L22 (°2)	L23 (°2)	L33 (°2)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å2)	T12 (Å2)	T13 (Å2)	T22 (Å2)	T23 (Å2)	T33 (Å2)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7357	0.4479	-0.0325	3.4904	-0.6981	0.8406	0.0118	0.1099	0.0973	-0.3832	0.0248	-0.1353	-0.1516	0.0375	-0.0366	0.1443	-0.0325	0.0727	0.1371	-0.0539	0.1887	14.9174	30.3158	-46.975
2	0.9219	-0.5305	-0.2957	2.9539	0.3534	0.4718	-0.0129	0.0019	0.0651	0.0267	0.0258	-0.5037	-0.1864	0.1196	-0.0129	0.1673	-0.0909	0.038	0.174	-0.072	0.4249	25.5758	39.8069	-35.4769
3	3.4799	1.113	0.262	1.4756	0.2048	0.9719	-0.0124	0.038	-0.1503	-0.0038	-0.0652	0.0662	0.0501	-0.0959	0.0776	0.1195	0.0673	0.0107	0.0592	-0.0132	0.0247	70.7802	-13.8625	87.9707
4	2.3384	0.9283	-1.1834	1.4643	-0.772	1.4328	0.0877	0.043	0.0818	-0.0819	-0.1968	0.1777	-0.0772	-0.1646	0.1091	0.1441	0.0908	-0.0123	0.1172	-0.0798	0.1283	57.2561	-2.3119	88.0746
5	2.6533	1.0696	0.3911	1.5516	-0.0524	1.1449	0.0346	0.046	-0.3972	-0.1906	0.0898	0.1694	0.4267	-0.3162	-0.1244	0.4077	-0.1283	-0.1568	0.3758	0.1387	0.2827	0.4767	42.5873	19.2896
6	1.7239	0.6512	-0.3266	0.8042	-0.5559	1.6499	0.081	-0.1415	-0.0715	-0.0981	0.0259	0.2801	0.2214	-0.4466	-0.1069	0.3541	-0.1391	-0.1936	0.5802	0.1414	0.3227	-15.6156	51.8904	19.7379
7	1.1916	0.9172	-0.1556	2.6746	-0.4207	1.0895	-0.0877	0.024	0.0285	0.1567	0.0476	0.0883	0.0227	-0.1495	0.0401	0.1195	0.1039	-0.0043	0.1583	-0.0238	0.0295	34.0481	75.5842	138.5505
8	3.1656	0.4368	0.8349	1.1919	0.2876	1.2666	0.0685	0.0357	-0.01	0.0014	0.0336	-0.0028	-0.0975	0.0347	-0.1021	0.1334	0.0524	0.0296	0.0263	0.0063	0.0125	34.0561	77.8966	60.6197
9	1.1189	0.7947	0.7562	2.1214	1.1533	1.6991	-0.1168	-0.0571	-0.0582	0.1144	0.0305	-0.0719	0.1424	0.0145	0.0863	0.1224	0.0937	0.0245	0.1275	0.0194	0.0739	45.5742	61.5574	138.0357
10	1.3199	1.0274	-0.0411	3.8876	-0.2683	0.9481	-0.0808	-0.0834	-0.1044	0.2556	0.0988	0.4128	0.2057	-0.189	-0.0181	0.1489	0.0405	0.031	0.203	0.0357	0.1235	14.7925	34.9018	68.8305
11	0.6632	0.8028	0.3968	2.7502	1.07	1.325	-0.0935	-0.044	-0.1667	-0.0256	0.1134	0.0064	0.3224	-0.1081	-0.0199	0.2313	0.0329	0.009	0.1802	0.0594	0.1226	28.225	23.3125	68.0557
12	3.261	-0.9337	-0.3109	0.9895	-0.0173	0.6652	0.0237	0.1672	0.0229	-0.0583	0.0715	0.0079	-0.2295	0.0463	-0.0952	0.2333	0.0188	0.0536	0.1092	-0.0184	0.0301	40.6607	89.8328	49.1724
13	1.7196	-1.2409	0.5475	2.7682	-1.0346	0.9628	-0.0031	-0.0547	0.0788	0.0635	-0.1154	-0.0701	-0.1752	0.0375	0.1185	0.047	-0.0201	-0.0105	0.071	-0.0544	0.0677	62.6304	13.0741	116.6771
14	0.6645	0.2159	-0.3707	1.5427	-1.3227	2.2741	0.0633	0.0229	-0.0811	-0.0647	-0.1446	0.1824	0.0216	-0.1051	0.0813	0.0687	0.0227	-0.0033	0.0751	-0.0907	0.1686	51.6662	7.258	103.9865
15	2.4201	-0.5164	0.8727	1.248	-0.45	1.2563	-0.1487	0.1585	0.0348	-0.1417	0.1087	-0.0901	0.1041	0.1721	0.04	0.3362	-0.0553	0.0269	0.1262	0.0195	0.0812	42.1713	30.7384	39.5331
16	1.4947	0.443	1.4407	1.028	0.6423	2.4158	-0.0857	-0.0137	-0.1877	-0.0982	0.1533	0.0542	0.2666	-0.1217	-0.0676	0.3263	-0.035	0.0192	0.1058	0.0458	0.1336	38.1797	19.0053	51.918
17	2.6615	-0.765	1.7171	1.4321	-0.7466	2.1902	-0.0436	0.0902	0.0999	-0.0602	-0.0572	-0.2637	0.0355	0.3844	0.1009	0.0785	0.0123	0.0412	0.1048	-0.0015	0.0818	62.2213	68.4375	110.0717
18	0.8822	0.3204	1.462	0.6403	0.4391	2.7524	-0.0345	-0.0546	-0.0024	0.0933	0.0029	-0.0684	0.0941	0.0724	0.0316	0.1307	0.0757	0.0225	0.1155	0.0052	0.1128	55.8495	56.7677	122.3171
19	3.6201	0.4379	0.7968	1.5726	0.0706	0.7177	-0.0104	-0.443	-0.0428	0.283	0.0697	-0.3204	0.0238	0.1274	-0.0593	0.2107	0.0489	-0.0738	0.1624	-0.0621	0.2105	10.5465	32.4483	-6.7374
20	3.2676	-1.6013	-0.4789	1.934	0.1209	0.2483	0.0096	0.0111	0.1808	0.0875	0.0931	-0.5367	-0.0812	0.1415	-0.1027	0.2307	-0.0292	-0.1223	0.1854	-0.1109	0.4675	20.9149	43.5746	-17.0226
21	1.5207	-0.2111	0.5506	2.3079	-1.89	3.232	-0.098	-0.0929	0.1436	0.2594	0.3719	0.3541	-0.5215	-0.7225	-0.2738	0.111	0.0961	-0.0007	0.449	0.058	0.1864	-9.8176	69.4725	47.2268
22	0.1277	0.3018	-0.3393	2.6767	-2.7188	3.7358	-0.0417	0.1025	-0.0414	-0.2276	0.4966	0.6003	0.2326	-0.8037	-0.4549	0.1225	-0.1002	-0.1502	0.7181	0.2339	0.4575	-21.5893	61.5073	35.8572
23	0.8146	0.1198	0.1733	2.9567	-0.8961	1.4726	0.0676	-0.0028	-0.0044	-0.0886	0.08	0.1314	-0.0637	-0.1736	-0.1476	0.1141	0.0093	0.0204	0.2181	-0.0135	0.0227	34.3336	74.1168	21.0746
24	1.6839	-1.1226	-0.1674	2.1771	0.3136	0.7612	0.0358	0.0195	0.0993	0.0402	0.0949	-0.0906	-0.236	-0.0034	-0.1307	0.1956	-0.0172	0.0594	0.2326	-0.0077	0.0335	44.252	85.8344	30.6526
25	15.4239	4.8662	-0.835	12.8938	9.2991	8.1265	0.3921	-0.4278	-0.2694	0.488	0.9785	-1.8723	0.4371	0.9262	-1.3706	0.6682	0.0543	-0.0118	0.3941	0.0351	0.6818	26.5426	1.4602	-38.222
26	12.9581	8.659	-10.8757	7.9084	-0.1528	33.3462	-0.1469	-0.0365	0.6878	-0.5706	0.5577	0.3489	-0.9978	1.7963	-0.4109	0.4597	0.1576	0.1069	0.3038	-0.0141	0.6889	94.8749	8.0609	79.9629
27	13.5556	-0.9297	-6.8289	6.2827	0.9976	29.2081	0.6324	0.08	1.0295	-1.3805	0.1809	0.2393	-1.1258	0.585	-0.8133	0.3543	-0.0599	-0.0049	0.4417	0.1595	0.4585	17.3889	67.8085	9.5436
28	5.7154	5.2214	-4.0314	21.6318	14.9246	35.753	-0.0622	-0.8348	0.2102	0.7702	0.5022	-1.5099	-0.1642	1.0469	-0.44	0.4249	0.1582	-0.1632	0.419	-0.1171	0.5905	56.2546	97.2532	147.4589
29	11.7752	-2.6958	-5.5615	7.5601	5.9062	5.7263	0.0217	0.3011	1.7101	0.8778	0.3531	0.2745	0.5709	0.0574	-0.3748	0.6981	0.2079	-0.0284	0.7696	0.1683	0.6605	2.9808	84.5199	54.0481
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精密化 TLSグループ

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