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- PDB-4xga: Crystal structure of BamB and BamA P3-5 complex from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xga
タイトルCrystal structure of BamB and BamA P3-5 complex from E.coli
要素
  • Outer membrane protein assembly factor BamA
  • Outer membrane protein assembly factor BamB
キーワードPROTEIN BINDING/MEMBRANE PROTEIN / outer member protein / PROTEIN BINDING-MEMBRANE PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / 細胞接着 / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
membrane protein fhac / PQQ enzyme repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamA / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. ...membrane protein fhac / PQQ enzyme repeat / Outer membrane protein assembly factor BamB / Outer membrane protein assembly factor BamA / Pyrrolo-quinoline quinone repeat / PQQ-like domain / POTRA domain, BamA/TamA-like / Surface antigen variable number repeat / POTRA domain / POTRA domain profile. / Pyrrolo-quinoline quinone beta-propeller repeat / beta-propeller repeat / Surface antigen D15-like / Bacterial surface antigen (D15) / Omp85 superfamily domain / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Ubiquitin-like (UB roll) / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamA / Outer membrane protein assembly factor BamB
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Chen, Z. / Zhan, L.H. / Dong, C. / Gao, Z.Q. / Dong, Y.H.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2016
タイトル: Structural basis for the interaction of BamB with the POTRA3-4 domains of BamA.
著者: Chen, Z. / Zhan, L.H. / Hou, H.F. / Gao, Z.Q. / Xu, J.H. / Dong, C. / Dong, Y.H.
履歴
登録2014年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein assembly factor BamB
B: Outer membrane protein assembly factor BamA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0653
ポリマ－68,0252
非ポリマー401
水5,026279
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1800 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area22250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.035, 109.642, 49.488
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamB


分子量: 39882.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bamB, yfgL, b2512, JW2496 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77774
#2: タンパク質 Outer membrane protein assembly factor BamA / Omp85


分子量: 28142.543 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP RESIDUES 175-420 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A940
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1% w/v Tryptone, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, 0.05M HEPES sodium pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 3W1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月15日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. all: 33219 / Num. obs: 33219 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 29.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 35.8
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.295 / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3q54, 3q6b

3q54

3q6b


解像度: 2.15→30.357 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.72 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 1679 5.06 %random
Rwork0.1808 33165 --
obs0.1833 33165 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→30.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4003 0 1 279 4283
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084074
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.165540
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.5511461
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046635
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005720
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.20770.28431450.21832441X-RAY DIFFRACTION96
2.2077-2.2790.24571380.19622607X-RAY DIFFRACTION100
2.279-2.36040.25331330.19142611X-RAY DIFFRACTION100
2.3604-2.45490.25611280.18932604X-RAY DIFFRACTION100
2.4549-2.56650.25581430.19052573X-RAY DIFFRACTION100
2.5665-2.70180.26751380.19782614X-RAY DIFFRACTION100
2.7018-2.87090.2561340.2012641X-RAY DIFFRACTION100
2.8709-3.09240.2471660.20292593X-RAY DIFFRACTION100
3.0924-3.40320.23581440.18992629X-RAY DIFFRACTION100
3.4032-3.89480.22511340.1742666X-RAY DIFFRACTION100
3.8948-4.90370.19821320.14982696X-RAY DIFFRACTION100
4.9037-30.36010.19391440.16942811X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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