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- PDB-3q54: Crystal structure of Escherichia coli BamB -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3q54
タイトルCrystal structure of Escherichia coli BamB
要素Outer membrane assembly lipoprotein YfgL
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / Lipoprotein / BamB
機能・相同性:
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.004 Å
データ登録者Dong, C. / Hou, H. / Yang, X.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structure of Escherichia coli BamB and its interaction with POTRA domains of BamA.
著者: Dong, C. / Yang, X. / Hou, H.F. / Shen, Y.Q. / Dong, Y.H.
履歴
登録2010年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02012年5月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年9月19日Group: Database references
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane assembly lipoprotein YfgL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,3181
ポリマ－39,3181
非ポリマー00
水6,269348
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.150, 121.123, 133.294
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane assembly lipoprotein YfgL


分子量: 39317.723 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-392 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: ATCC 33849 / DSM 4235 / NCIB 12045 / K12 / DH1 / 遺伝子: EcDH1_1156 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C9QPR1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 348 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.24 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate monohydrate 0.1M BIS-TRIS, pH 6.5, 25%PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月30日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→89 Å / Num. all: 25190 / % possible obs: 78.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / % possible all: 60.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHELXS位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.004→29.196 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2316 1176 5.14 %
Rwork0.1722 --
obs0.1754 22899 84.17 %
all-25190 -
溶媒の処理減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 54.775 Å2 / ksol: 0.351 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1637 Å20 Å2-0 Å2
2--9.2124 Å20 Å2
3----3.0487 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.004→29.196 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2620 0 0 348 2968
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072667
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0713635
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.365927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074424
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004470
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0042-2.09530.3202810.2111541X-RAY DIFFRACTION49
2.0953-2.20580.2751990.19342283X-RAY DIFFRACTION71
2.2058-2.34390.25921490.21372573X-RAY DIFFRACTION81
2.3439-2.52480.2871420.20372808X-RAY DIFFRACTION88
2.5248-2.77870.28771390.19282905X-RAY DIFFRACTION90
2.7787-3.18040.24121920.19243022X-RAY DIFFRACTION94
3.1804-4.00530.20351830.15413224X-RAY DIFFRACTION99
4.0053-29.19870.2041910.14883367X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 10.7261 Å / Origin y: 39.0286 Å / Origin z: 45.0395 Å
111213212223313233
T0.0698 Å20.0155 Å2-0.0031 Å2-0.078 Å2-0.0107 Å2--0.0703 Å2
L0.8067 °20.5414 °2-0.0656 °2-0.7988 °2-0.1474 °2--0.3261 °2
S0.0561 Å °-0.0879 Å °0.1379 Å °0.0862 Å °-0.0375 Å °0.089 Å °0.0267 Å °-0.0147 Å °-0.0181 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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