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- PDB-4xfr: Crystal structure of a domain of unknown function (DUF1537) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xfr
タイトルCrystal structure of a domain of unknown function (DUF1537) from Bordetella bronchiseptica (BB3215), Target EFI-511620, with bound citrate, domain swapped dimer, space group P6522
要素Uncharacterized protein
キーワードStructural genomics / Unknown function / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI
機能・相同性
機能・相同性情報


D-threonate 4-kinase / kinase activity / carbohydrate metabolic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain / Four-carbon acid sugar kinase, N-terminal domain superfamily / Four-carbon acid sugar kinase, nucleotide binding domain superfamily / Sugar-binding N-terminal domain / Nucleotide-binding C-terminal domain
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / D-threonate kinase / D-threonate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Assignment of function to a domain of unknown function: DUF1537 is a new kinase family in catabolic pathways for acid sugars.
著者: Zhang, X. / Carter, M.S. / Vetting, M.W. / San Francisco, B. / Zhao, S. / Al-Obaidi, N.F. / Solbiati, J.O. / Thiaville, J.J. / de Crecy-Lagard, V. / Jacobson, M.P. / Almo, S.C. / Gerlt, J.A.
履歴
登録2014年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月13日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32016年8月10日Group: Database references
改定 1.42017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,1826
ポリマ－87,4132
非ポリマー7684
水8,593477
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0913
ポリマ－43,7071
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,0913
ポリマ－43,7071
非ポリマー3842
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area30860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.637, 77.637, 479.012
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-619-

HOH

21B-646-

HOH

詳細biological unit is undetermined, could be monomer or dimer

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 43706.688 Da / 分子数: 2 / 断片: DUF1537 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bordetella bronchiseptica (気管支敗血症菌)
株: ATCC BAA-588 / NCTC 13252 / RB50 / 遺伝子: BB3215 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7WHJ2, UniProt: A0A0H3LX82*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.4 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein (39.6 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT,); Reservoir (MCSG2(A9); 0.1 M tri-Sodium Citrate pH 5, 20 %(w/v) PEG 6000); Cryoprotection (80% Reservoir, 20% ethylene glycol)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→479.01 Å / Num. obs: 59286 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 20.1 % / Biso Wilson estimate: 28.75 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rpim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 24.1 / Num. measured all: 1194531 / Scaling rejects: 19
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2-2.058.80.8072.63560640250.7180.24694
8.94-479.0129.30.04468.9259528850.9990.00899.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→36.55 Å / FOM work R set: 0.8398 / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2433 2982 5.05 %
Rwork0.1883 56083 -
obs0.1912 59065 99.1 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 131.31 Å2 / Biso mean: 35.18 Å2 / Biso min: 14.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→36.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5696 0 67 477 6240
Biso mean--36.33 36.39 -
残基数----802
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0135830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4087977
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074958
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071065
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8932031
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2-2.03280.27871250.24392427255293
2.0328-2.06780.33651270.24652497262495
2.0678-2.10540.33971370.24412560269797
2.1054-2.14590.32141590.23732537269698
2.1459-2.18970.28281370.23732588272599
2.1897-2.23730.33251580.228326332791100
2.2373-2.28940.33661240.237126622786100
2.2894-2.34660.27311350.199826472782100
2.3466-2.41010.2421300.194326532783100
2.4101-2.4810.24441240.183226582782100
2.481-2.5610.27041470.185426552802100
2.561-2.65250.24621520.198526602812100
2.6525-2.75870.28161280.194626992827100
2.7587-2.88420.23871440.199526812825100
2.8842-3.03620.2791490.197626632812100
3.0362-3.22630.24841420.194427442886100
3.2263-3.47520.2321380.182227042842100
3.4752-3.82460.23921370.170827622899100
3.8246-4.37730.21331700.157927622932100
4.3773-5.51190.17971430.151228382981100
5.5119-36.55630.20141760.184230533229100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9136-0.4195-0.37553.7687-0.28361.84660.00990.57030.1066-0.5275-0.0112-0.41320.25680.0426-0.03140.26610.02080.04130.3797-0.03470.248751.095446.171113.7751
23.96040.201-1.4891.4171-0.01633.6908-0.21860.3344-0.15560.03960.00820.07220.424-0.40320.1080.2244-0.03160.02080.2081-0.05880.222137.492942.244525.3675
31.0257-1.8426-0.64455.68581.1790.4055-0.0645-0.00080.091-0.06620.0672-0.1207-0.1505-0.1076-0.0260.3025-0.0070.01510.3067-0.03230.265151.195522.005417.3007
41.28181.5879-0.02263.1137-0.05011.3899-0.0405-0.0066-0.03270.06440.06070.10230.0608-0.0199-0.02040.17040.0676-0.00380.2572-0.04550.222257.06138.678413.6408
51.60830.09830.21052.0075-0.40371.69740.09450.2151-0.2079-0.1929-0.0187-0.08950.24330.1682-0.05770.2110.0537-0.01850.2613-0.06340.213480.579120.548917.9602
62.1490.58830.89122.0380.32082.41940.1141-0.1576-0.04410.2855-0.1003-0.05230.0961-0.1173-0.00990.22750.0217-0.01710.2252-0.04210.176884.965727.378332.1681
72.8110.4017-0.26241.933-0.20242.20890.1725-0.36810.5170.2454-0.39110.2157-0.1566-0.12230.14780.2464-0.01740.05930.3785-0.14080.410372.200464.146122.5529
82.73050.98370.8453.1945-0.02541.33240.0618-0.26460.3424-0.142-0.15310.1429-0.1062-0.01930.07260.15720.03550.03860.2497-0.05210.248665.953552.558216.8217
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 4 through 62 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 216 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 217 through 245 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 246 through 404 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 4 through 124 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 125 through 232 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 233 through 309 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 310 through 404 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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