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- PDB-5dtu: Crystal structure of the RNA-helicase Prp28 from Chaetomium therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5dtu
タイトルCrystal structure of the RNA-helicase Prp28 from Chaetomium thermophilum bound to ADP
要素Prp28
キーワードHYDROLASE / DEAD-box Protein / ATPase / RNA-helicase / DDX23
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleic acid binding / hydrolase activity / RNA helicase activity / RNA helicase / ATP binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. ...DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA helicase
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.199 Å
データ登録者Tauchert, M.J. / Ficner, R.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationSFB860 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of the spliceosomal RNA helicase Prp28 from the thermophilic eukaryote Chaetomium thermophilum.
著者: Tauchert, M.J. / Ficner, R.
履歴
登録2015年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年5月11日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Prp28
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,4153
ポリマ－52,9641
非ポリマー4522
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area710 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area21040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.500, 50.400, 65.800
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.40, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Prp28


分子量: 52963.598 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 238-709 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0054430 / プラスミド: pPSG-IBA25 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: G0SBQ7
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.36 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 200 mM NaCl, 20 % (w/v) PEG 4000, 100 mM Tris pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.91 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.199→45.7734 Å / Num. obs: 8454 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.58 % / Biso Wilson estimate: 68.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 9.17
反射 シェル解像度: 3.199→3.299 Å / 冗長度: 3.68 % / Rmerge(I) obs: 0.494 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. measured obs: 2660 / Num. unique all: 723 / % possible all: 85.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4nho

4nho


解像度: 3.199→45.7734 Å / SU ML: 0.53 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2878 677 8.02 %
Rwork0.2744 --
obs0.2756 8446 95.82 %
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.199→45.7734 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3138 0 28 0 3166
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0063218
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9924349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.4491217
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041497
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004560
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1989-3.44580.40521350.34231544X-RAY DIFFRACTION95
3.4458-3.79240.37081340.31991535X-RAY DIFFRACTION97
3.7924-4.34080.27441350.28381558X-RAY DIFFRACTION96
4.3408-5.46750.30551350.24881545X-RAY DIFFRACTION95
5.4675-45.77340.21671380.24411587X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -36.7276 Å / Origin y: 20.4106 Å / Origin z: 15.8747 Å
111213212223313233
T0.5573 Å20.036 Å20.08 Å2-0.4773 Å2-0.0695 Å2--0.2523 Å2
L3.6333 °21.5881 °20.4057 °2-1.0225 °2-0.327 °2--0.2481 °2
S0.0574 Å °-0.1325 Å °0.0319 Å °0.1063 Å °-0.0254 Å °-0.0377 Å °-0.1073 Å °-0.1622 Å °-0.0421 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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