PDB-4xbl: Crystal Structure of Human Galectin-1 in Complex with Type 1 N-ac...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xbl

タイトル

Crystal Structure of Human Galectin-1 in Complex with Type 1 N-acetyllactosamine

要素

Galectin-1

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Complex / Human Galectin-1 / Type 1 LacNAc

機能・相同性

機能・相同性情報

galectin complex / lactose binding / negative regulation of T-helper 17 cell lineage commitment / plasma cell differentiation / myoblast differentiation / laminin binding / T cell costimulation / Post-translational protein phosphorylation / cell-cell adhesion / positive regulation of inflammatory response ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.931 Å

データ登録者

Hsieh, T.J. / Lin, H.Y. / Lin, C.H.

資金援助

台湾, 4件

組織	認可番号	国
Academia Sinica	AS-022316	台湾
Ministry of Science and Technology	103-2113-M-001-023-MY3	台湾
Ministry of Science and Technology	102-2113-M-001-001-MY3	台湾
Ministry of Science and Technology	102-2923-M-001-001-MY3	台湾

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: Structural Basis Underlying the Binding Preference of Human Galectins-1, -3 and -7 for Gal beta 1-3/4GlcNAc.
著者: Hsieh, T.J. / Lin, H.Y. / Tu, Z. / Huang, B.S. / Wu, S.C. / Lin, C.H.

履歴

登録	2014年12月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / diffrn_radiation_wavelength / entity / entity_src_gen / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_oper_list / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.2	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xbl.cif.gz	125.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xbl.ent.gz	96.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xbl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xbl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/4xbl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xbnC 4xbqC 1w6nS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4y1z-d 1slt-d 4y1u-d 1w6p-d 1w6m-d 3wud-1 3m2m-11 4q26-1 4q2f-d 4y1y-d 4y20-d 4y1x-d 1w6o-d 3m2m-10 3t2t-d 4y1v-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Galectin-1

B: Galectin-1

ヘテロ分子

34.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	43.265, 58.211, 111.401
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	CHAIN A
2	1	CHAIN B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ASP / End label comp-ID: ASP / Auth seq-ID: 2 - 134 / Label seq-ID: 22 - 154

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	CHAIN A	A	A
2	CHAIN B	B	B

#1: タンパク質

Galectin-1 / Gal-1 / 14 kDa laminin-binding protein / HLBP14 / 14 kDa lectin / Beta-galactoside-binding lectin L- ...

分子量: 17031.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09382

#2: 多糖

beta-D-galactopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 383.349 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

記述子	タイプ	プログラム
DGalpb1-3DGlcpNAcb1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2112h-1b_1-5]/1-2/a3-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Galp]{}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 0.2M Lithium Sulfate, 30% (w/v) PEG3350, TEMPERATURE 298 K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.97622 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月29日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→30 Å / Num. obs: 21733 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.056 / R_sym value: 0.056 / Net I/av σ(I): 29.67 / Net I/σ(I): 29.67
反射シェル	解像度: 1.93→2 Å / R_merge(I) obs: 0.246 / Mean I/σ(I) obs: 7.1 / % possible all: 96.4

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER	2.5.3	位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1W6N

1w6n

解像度: 1.931→25.363 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.26 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2349	1932	9.16 %
R_work	0.1957	-	-
obs	0.1993	21103	96.69 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.931→25.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2066	0	52	105	2223

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2164
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.207	2926
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.668	798
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	324
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	384

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	1124	X-RAY DIFFRACTION	6.036	TORSIONAL
1	2	B	1124	X-RAY DIFFRACTION	6.036	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.931-1.9793	0.3365	110	0.2477	1186	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9793-2.0328	0.2678	129	0.2335	1289	X-RAY DIFFRACTION	92
2.0328-2.0926	0.2323	130	0.2214	1311	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0926-2.1601	0.2718	134	0.2162	1324	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1601-2.2372	0.2652	134	0.2095	1322	X-RAY DIFFRACTION	96
2.2372-2.3268	0.2257	138	0.2054	1368	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3268-2.4326	0.3014	139	0.217	1377	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4326-2.5607	0.2729	140	0.2287	1368	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5607-2.721	0.2168	144	0.2081	1397	X-RAY DIFFRACTION	99
2.721-2.9308	0.272	142	0.2097	1401	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9308-3.2252	0.2286	144	0.2004	1416	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2252-3.6907	0.2218	146	0.1858	1431	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6907-4.6452	0.2134	147	0.1521	1448	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6452-25.365	0.2	155	0.1913	1533	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4725	-0.3142	2.523	4.2902	0.042	7.5132	0.1778	0.2392	-0.441	-0.3983	0.0928	0.3452	0.4379	-0.1187	-0.2035	0.2891	-0.0227	-0.0252	0.1394	0.0421	0.3109	6.931	-17.5147	-17.5574
2	4.0983	3.8035	4.9501	7.5928	2.2969	7.2822	0.2503	-0.2032	-0.7554	0.9707	-0.0141	-0.8541	-0.1206	0.0189	-0.2241	0.3825	0.0058	-0.0496	0.2391	0.0386	0.2648	15.9593	-11.1799	-3.4262
3	2.2314	-0.1677	-0.667	5.1948	-0.2996	6.3964	0.0722	-0.0696	0.061	0.1313	-0.0366	-0.1904	-0.6394	0.239	-0.0521	0.3157	-0.0325	0.0336	0.1625	-0.0004	0.1545	16.4374	-4.1912	-16.7817
4	2.4047	0.6081	0.7478	5.977	-1.2814	3.1587	-0.033	-0.1433	-0.027	0.5744	0.1234	0.2639	-0.5639	-0.3319	-0.1229	0.3631	0.0807	0.0842	0.2444	0.0035	0.235	7.9214	-4.0596	-9.5212
5	3.9881	1.218	-1.3777	0.9009	-0.1961	0.6744	-0.0605	-0.3966	0.2595	0.6029	0.4673	0.8042	-0.2307	-0.1946	-0.3211	0.6584	0.1854	0.0072	0.3299	0.0065	0.3003	5.2239	-4.9848	-16.3915
6	5.0006	4.9936	-1.0123	8.4416	-1.1638	4.8066	0.2888	-0.5206	-0.3497	0.7623	-0.1827	-0.403	0.0837	0.3565	-0.0254	0.3048	0.0412	-0.0006	0.2011	0.0549	0.2532	12.7438	-16.0494	-9.4549
7	8.8731	-4.5337	3.6572	5.5301	-6.8284	9.2262	0.1934	-0.2748	0.3041	0.4581	-0.2354	-0.3053	-0.0887	0.4065	0.043	0.3645	-0.0451	-0.0541	0.1612	-0.048	0.282	17.2039	-26.9908	-10.5707
8	4.5258	1.7588	2.5039	6.9682	2.8534	6.9559	0.3371	-0.2166	0.081	-0.4486	-0.2781	1.1793	-0.0841	-0.8272	-0.0277	0.3182	0.0641	-0.0728	0.2613	0.0048	0.3931	1.2983	-31.9618	-11.7788
9	4.9753	0.2654	-1.5438	5.6696	-0.5873	2.8392	-0.2067	0.1519	-0.1172	-0.4702	0.0278	0.4526	0.3512	-0.2502	0.1383	0.2789	-0.0212	-0.0199	0.1818	-0.0004	0.1592	9.3387	-41.5388	-15.5306
10	4.872	-2.8804	-1.3055	6.4489	-0.4202	2.6551	-0.4253	-0.1755	-0.0877	0.4895	0.2131	0.1151	-0.0245	-0.0814	0.2113	0.3425	-0.0068	-0.011	0.2289	0.0223	0.184	12.3863	-36.8086	-3.7939
11	3.4388	-0.7391	-1.5299	6.671	-0.162	4.4428	-0.0269	-0.1759	-0.1739	0.5973	-0.1278	-0.1767	0.0548	0.2154	0.2749	0.2703	0.0322	-0.0421	0.1545	0.021	0.1582	15.8356	-39.2069	-6.532
12	3.6264	4.7364	2.5652	7.4095	1.8366	8.9002	0.6401	0.171	0.3258	-0.5067	-0.3589	0.6611	-0.0314	-1.0162	-0.2866	0.3484	0.0587	-0.0524	0.3344	0.0133	0.2373	9.1177	-31.3302	-17.6811
13	6.8279	3.3414	3.5033	3.304	4.6286	7.6804	0.4431	0.1018	0.0708	0.1579	0.0762	0.334	0.5329	-0.0542	-0.3932	0.2993	0.034	-0.0071	0.2117	0.0094	0.2881	6.2111	-25.6891	-8.6655

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A and (resid 2 through 16 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain A and (resid 17 through 29 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain A and (resid 30 through 71 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain A and (resid 72 through 99 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain A and (resid 100 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain A and (resid 119 through 134 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain B and (resid 2 through 15 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain B and (resid 16 through 29 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain B and (resid 30 through 83 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain B and (resid 84 through 100 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain B and (resid 101 through 118 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain B and (resid 119 through 125 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain B and (resid 126 through 134 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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