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- PDB-4xbi: Structure Of A Malarial Protein Involved in Proteostasis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbi
タイトルStructure Of A Malarial Protein Involved in Proteostasis
要素ClpB protein, putative,Green fluorescent protein
キーワードCHAPERONE / CLP Chaperone / AAA+ ATPase / Refoldase / Protein Metabolism
機能・相同性
機能・相同性情報


apicoplast / protein unfolding / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / cellular response to heat / protein refolding / mitochondrial matrix / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal ...ClpA/B, conserved site 1 / Chaperonins clpA/B signature 1. / ClpA/ClpB, AAA lid domain / AAA lid domain / Clp amino terminal domain, pathogenicity island component / Clp repeat (R) domain profile. / Clp, repeat (R) domain / Clp, N-terminal domain superfamily / ClpA/B family / Clp ATPase, C-terminal / AAA domain (Cdc48 subfamily) / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / C-terminal, D2-small domain, of ClpB protein / Green Fluorescent Protein / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / ATPase family associated with various cellular activities (AAA) / ATPase, AAA-type, core / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Green fluorescent protein / Chaperone protein ClpB1
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Aequorea victoria (オワンクラゲ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.013 Å
データ登録者Egea, P.F. / Ah Young, A.P. / Cascio, D.
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2015
タイトル: Structural mapping of the ClpB ATPases of Plasmodium falciparum: Targeting protein folding and secretion for antimalarial drug design.
著者: AhYoung, A.P. / Koehl, A. / Cascio, D. / Egea, P.F.
履歴
登録2014年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ClpB protein, putative,Green fluorescent protein
B: ClpB protein, putative,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0447
ポリマ－86,5642
非ポリマー4805
水6,882382
1
A: ClpB protein, putative,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,5704
ポリマ－43,2821
非ポリマー2883
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ClpB protein, putative,Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4743
ポリマ－43,2821
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.530, 127.530, 92.570
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: タンパク質 ClpB protein, putative,Green fluorescent protein


分子量: 43281.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫), (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF08_0063, GFP / プラスミド: pRSF / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43(DE3) / 参照: UniProt: Q8IB03, UniProt: P42212
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.03 % / 解説: bright yellow hexagonal shaped
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2 M ammonium sulphate 100 mM Hepes pH=7 protein at 13-15 mg/ml
PH範囲: 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年10月16日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→70.946 Å / Num. all: 55948 / Num. obs: 55948 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 10.94
反射 シェル解像度: 2.01→2.07 Å / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.488 / Mean I/σ(I) obs: 2.68 / % possible all: 90.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2B3P, 4IOD and 4IRF

2b3p

4iod

4irf


解像度: 2.013→70.946 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 20.09 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2016 2804 5.02 %Random selection
Rwork0.1668 ---
obs0.1685 55908 98.62 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.013→70.946 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5817 0 25 382 6224
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0075988
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0358103
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2252190
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043908
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041039
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0131-2.04790.27681010.22892334X-RAY DIFFRACTION86
2.0479-2.08510.23041340.19422665X-RAY DIFFRACTION100
2.0851-2.12520.23641750.18762650X-RAY DIFFRACTION100
2.1252-2.16860.22971530.18462650X-RAY DIFFRACTION100
2.1686-2.21570.21841430.17622690X-RAY DIFFRACTION100
2.2157-2.26730.24551290.17742679X-RAY DIFFRACTION100
2.2673-2.3240.22421410.17232698X-RAY DIFFRACTION100
2.324-2.38680.21791400.16992680X-RAY DIFFRACTION100
2.3868-2.45710.21611430.17612661X-RAY DIFFRACTION100
2.4571-2.53640.22891400.17912688X-RAY DIFFRACTION100
2.5364-2.6270.21421430.18082667X-RAY DIFFRACTION100
2.627-2.73220.21751400.18472680X-RAY DIFFRACTION100
2.7322-2.85660.2191420.19432673X-RAY DIFFRACTION99
2.8566-3.00720.25191400.19872668X-RAY DIFFRACTION99
3.0072-3.19560.23921440.17732678X-RAY DIFFRACTION99
3.1956-3.44230.20741400.17252674X-RAY DIFFRACTION99
3.4423-3.78870.17771410.15632665X-RAY DIFFRACTION99
3.7887-4.33690.17431360.1412673X-RAY DIFFRACTION98
4.3369-5.46370.17181380.13912664X-RAY DIFFRACTION98
5.4637-70.98960.17141410.16522667X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.9742-0.2561-2.2691.7280.86643.94920.21340.0455-0.1475-0.4929-0.1958-0.0477-0.15830.1001-0.00380.68870.05610.08710.57220.01660.4939-0.117544.730965.0787
21.8032-0.26950.07191.420.11541.15570.0386-0.12730.07370.1259-0.04360.0339-0.1035-0.12610.00380.25780.0017-0.00980.2263-0.02440.196614.937527.910930.6248
32.3174-0.7186-0.20272.14570.36771.90280.0797-0.5530.7729-0.02590.0413-0.1463-0.0619-0.1495-0.12160.34240.00310.10630.5873-0.1260.702367.240127.06326.0582
43.2832-0.0204-0.13591.90130.28712.0313-0.03720.29330.367-0.09310.0653-0.1263-0.15220.266-0.05150.2933-0.0199-0.01540.27060.0110.296829.487446.136311.2314
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and resseq 7:148
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and resseq 149:382
3X-RAY DIFFRACTION3chain B and resseq 5:149
4X-RAY DIFFRACTION4chain B and resseq 150:379

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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